HsaINT0007976 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000091879 | ANGPT2
Description
angiopoietin 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:485]
Coordinates
chr8:6532332-6563409:-
Coord C1 exon
chr8:6562647-6563409
Coord A exon
chr8:6532488-6562646
Coord C2 exon
chr8:6532332-6532487
Length
30159 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
CTAACACTGTTCTTTTCTAGCTT
3' ss Score
8.62
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGGTTGGAGGGCAGGCATTCTGCTCTGATTTTTCCTGTTGCCTGGCTAGTGACCCCCTACAGGAAGATAACGGCTAAGCCAGGAGGGCGGAGCAGCCCACTACACATGTCTGGCTGCTCTTATCAACTTATCATATAAGGAAAGGAAAGTGATTGATTCGGATACTGACACTGTAGGATCTGGGGAGAGAGGAACAAAGGACCGTGAAAGCTGCTCTGTAAAAGCTGACACAGCCCTCCCAAGTGAGCAGGACTGTTCTTCCCACTGCAATCTGACAGTTTACTGCATGCCTGGAGAGAACACAGCAGTAAAAACCAGGTTTGCTACTGGAAAAAGAGGAAAGAGAAGACTTTCATTGACGGACCCAGCCATGGCAGCGTAGCAGCCCTGCGTTTTAGACGGCAGCAGCTCGGGACTCTGGACGTGTGTTTGCCCTCAAGTTTGCTAAGCTGCTGGTTTATTACTGAAGAAAGAATGTGGCAGATTGTTTTCTTTACTCTGAGCTGTGATCTTGTCTTGGCCGCAGCCTATAACAACTTTCGGAAGAGCATGGACAGCATAGGAAAGAAGCAATATCAGGTCCAGCATGGGTCCTGCAGCTACACTTTCCTCCTGCCAGAGATGGACAACTGCCGCTCTTCCTCCAGCCCCTACGTGTCCAATGCTGTGCAGAGGGACGCGCCGCTCGAATACGATGACTCGGTGCAGAGGCTGCAAGTGCTGGAGAACATCATGGAAAACAACACTCAGTGGCTAATGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTTGAGAATTATATCCAGGACAACATGAAGAAAGAAATGGTAGAGATACAGCAGAATGCAGTACAGAACCAGACGGCTGTGATGATAGAAATAGGGACAAACCTGTTGAACCAAACAGCGGAGCAAACGCGGAAGTTAACTGATGTGGAAGCCCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000091879:ENST00000325203:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.008 A=NA C2=0.096
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development