HsaINT0007976 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000091879 | ANGPT2
Description
angiopoietin 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:485]
Coordinates
chr8:6389853-6420784:-
Coord C1 exon
chr8:6420168-6420784
Coord A exon
chr8:6390009-6420167
Coord C2 exon
chr8:6389853-6390008
Length
30159 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
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3' ss Score
8.62
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTTGAGAATTATATCCAGGACAACATGAAGAAAGAAATGGTAGAGATACAGCAGAATGCAGTACAGAACCAGACGGCTGTGATGATAGAAATAGGGACAAACCTGTTGAACCAAACAGCGGAGCAAACGCGGAAGTTAACTGATGTGGAAGCCCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000091879-ANGPT2:NM_001147:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.010 A=NA C2=0.096
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0149614=V_ATPase_I=PU(19.8=37.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)