GgaINT0092982 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011439 | RBMS3
Description
NA
Coordinates
chr2:39469635-39520587:+
Coord C1 exon
chr2:39469635-39469714
Coord A exon
chr2:39469715-39520480
Coord C2 exon
chr2:39520481-39520587
Length
50766 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
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3' ss Score
9.23
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CCCCCACTGAGCCTTTACTGTGCAAATTTGCTGATGGAGGGCAAAAGAAGCGCCAGAATCAAAGCAAATACACACAGAATGGAAGGCCGTGGCCCAGAGAAGGAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011439:ENSGALT00000018654:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.060 A=NA C2=0.759
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007617=RRM_1=PD(32.8=78.6)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]