GgaINT0092982 @ galGal4
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
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Coord C1 exon
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Coord A exon
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Length
50214 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
CCCCCACTGAGCCTTTACTGTGCAAATTTGCTGATGGAGGGCAAAAGAAGCGCCAGAATCAAAGCAAATACACACAGAATGGAAGGCCGTGGCCCAGAGAAGGAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011439:ENSGALT00000037692:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.107 A=NA C2=0.833
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007617=RRM_1=PD(32.8=78.6)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]