GgaINT0092984 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011439 | RBMS3
Description
NA
Coordinates
chr2:39530150-39537629:+
Coord C1 exon
chr2:39530150-39530196
Coord A exon
chr2:39530197-39537532
Coord C2 exon
chr2:39537533-39537629
Length
7336 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGA
5' ss Score
8.91
3' ss Seq
CTTTTGTTCTTTGTTTGCAGATT
3' ss Score
11.7
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGGCATGGCTTTGACTTATGATCCAACAGCTGCTATACAGAATGG
Seq A exon
GTAAGAAATGCATGTTTTCTTATGCCTTTTTAAAAATTATTTTGAATACCATATTCTGTTTTCTCTTTCTGTGGTGAAACTCATTCAGAAGCAAATTTACTCAGTCATATTTTGTCTGCAGCATGTGATGCTATACAGTCAAGTTCTTCTTTTAGTTTCCCTTTTATTTTTATGCCCTTTTGTTTGTAATATCCATTTGAATGGGAAGTTGTTTTTCCTAATAGTTTCCATCTCTATTTGGCAAATGCTAGCAGTTGTTTTTTTAATCTCTTTCTCTCATGAAATGAAAACCAGTAAAGTTTCCCTTTACTGACTTTGCTTTTGTTAAAATGATCATTGAAGATTCCAGCATATTTTGGATATTAGAGCTGTTACTTAATCTGGGTCTTCTCTGCTGCCTGGATGGCTTCCATGGCATTGTCTGAACAGAAATGCCAAACAGTGCAAAAGCCTTATATCTGCATGCAAGCAGATGGGATTCAGGAGTAGAATGTAAAACAACACTCCTTTTCATTGCCCAACTACAGCCTGCTGAAGAACTGAAACTTTTTTCAGATTTGCAAAGAAGTTACATCACCATATTATTTATGTGCATGATTACATTTCCAATTATTTCATGAAGTAGAAAAACAGATCCTTGAGATCCAGCTACCCTTTCAGACAGATCAACAATAATTTGAAGAGAAGCAGGAGGCTCAGCCCTGAACTCTTTGACAGTCACTCTTTGATCAGAGTGATGTTTGATATGATTATTCTATGCATATTCCCATCTGCACTTTGCAGTGGAAGGATTGAATGTATTGATATTGAGCAGAGTGGATTTATTTGTTAAATGCTGTTTAGGGCACTGCTAGTTGAAGCATTTAAAAAACCCGAACAGTGAGAGTAGTTTTAAAAAAATCAACAGTAATAGTTTGCATATTTTACTTAATTGCCCTTCGTAAGCAATATCTTTGTAGGACTTGTGATACTCTCACATTGTGGATGAAGCAGCCAAGACAGAGCAGCTCAGAAAAGAAGTGTTTTTTTTAATATATTTTTTTTTCACGCAGCTGTGATTTCATAATCCTCTGGTCTTGCTTCTCTGTTCTGAGCCACCTAAACAAGTCTTTCTGCTCTATCGTCTTATTTTTCAGCTCGTAACATATTGTAGGCTATAAGTGAAACCATCACCAGTTCATAATCCACCAGTGTTTCATCCAGACAAATGGCTTTTATTGCAACGGATTTCTCATATGTTGGTTGCATTAAATATTTGGAAACTGTAATTTGAATAATCCCTTGAGATTAATATCATTTTACTTTAATAATATATTTTTTTAGTTATGGAACATAATCTAGATTAATACATACTCAGGTGTTTAGGATGCTTAGGGGGTTTGGTCACTCAGTTGTTTGAACACGTTGTAATGATCTTTTGAAAAAGAAATAGTAACCAATGGAGGGTTTTAGCTCGTAGGTTTTTAAACATTATTTTATTTTCAAAGCTTGAAAAACATCAGCATTGCATATTGTTGTAAGAGTGATAATTAATTACTGCTTTGACATATCTCTTCTTTCTAGAGCGTCAAAATATTTCCTATTTCATCTGGACAAAATCTTATTCAAATGTTCTTTCACTGAGATTTTTTCTGACCTCATGCACTATCAAGAGGAGAAGCTCTTACTAAAAGGACAACATTGATTTATCCTCCAAAAGTAACATAGCTGCTATTCTATTCTCTGGTTACATCTTGAAAATGCAGTCTCCTGAGGATCACCAGGACCCTTTGTTTACATGTATTTTTTTTTTTAACTCTCCAGACATTCACTTAACAGTCACTATATATCTTGTTGTTATATTTTTTTTACTATTTTTCATAAGCTCTTTACTTGCAAGTCCATGGGTTTTATTTTAGCTAAGTCTGAGAGCAACTTGGTGCATTGCTTGTAAAATGTGCAAATGCGATTTGTTGCTCTCAACATAGCAGATGGGATCATAGCAGGTGTGTGGCCATGGTAAAAGAGAATTAATTTAAAGGCCCTTATAAACTATGAAGTGAAACAGGTCAGCTTAAACATCCAGTGAAGGTGTGTTAGGCAAGCACATTGCTCTTCACAGTGAGGACAGTCTGGAACTGAACACAAAGCTGATGCTTGCAGCCCGCTTGTGTTCATACTGTGTGGGTAAAATGCTGCATAATGCTCTGCAGTAAAGTGGAGCAAGTAGATAAGTTTTGCATGGGGGAATCTATATAACAAAGTTGACCTCCTTGTAATAGGCCTATTCAGTGTAAGCTGGTTAAGTGGGTGTTTCCCCTTCATGCAGCTCAGGATTTGTTGGTAGGCTGTGATAAGCATTAATTACTCAGTCCTTCAGGTGCCTGTCAGCACAAAGTGGACCAAGGCTAGAGATGAGAAACATCAAGACACGTAAGCCAAGGTGAAGATTCGGAGTAGGTATGAGTTACTAATGAAACTTAAGAATGACCCCATTTATTAGAATCCTGTATAAGATTGCTAGATGTATTTCATGCATTTTGATGCGTGTAAGTTGCTAAGTCCATGCAGGATATATGGTAGTCTATTAGTGACATGTGTCACTGCATGTGTCATGAAGAGGTATTTAAAATTTCCATCTCTAAGAGATTTGGATTATACTGGTTTGTTTTGGGGCATAACCAAGCCTCAGGGAAGAATTTGGATTCTTAAATGCTCTCTGGATGAAAATGCAGGTTCTTGTTGCTCTCAGAGTAGTACTATCACTTTTATTATAGTATAACTGCTTATTTGCCTAGAAAATCTATGACAGAAATAAAACAAAAGAGAGAGATGGAGACATTCACTAAAAATAGCAAAGGCTTTTTCCCCACAAAGAAATAGATTTTTTTTTTTTTTTTTGGAGTCTATTGCCTTGTAAGGCATGACTCCCCATTTCATTATATTGCTTTTATGCCCATGTAACTCTGTTTAAGCATCCACTGGAGTTGTATCAGCATAAAACTGGTGTAATGGACTGGAGAATCTGGCCCAGCATATACTGTAACACTGCAGTATGTGTTACTGAAGATGTGGTAGTCATACACTTCAGTAGATAAGCTCTTTTCCCCTGCCAATTGTTCCATGTCTTTTTTTCTTTTATAATCAGCCTTTTCTGAATTGCATTTACAAAAGAAGTTGGGCCTTATTCTGGGGAGCAGCGTGCCTTTTGTAATATGCTACTGATTTTTCAATTTGTGATATTAATATTGTTTTAGTGGTTTAATGCACTCATACAAAGAACAGAATAAAGCTCTTGTATTTGCACTGTAAAGATGCTCATTTAAAATGTTGCTGAGGCTTGAGTTCTCCTGGCTATTTGACTAAGATCGCGATGTACTGTATCAGTTTAATATCTGATATCTGGGGGACTATACTGTGCATTTGCAGGCCAATGGGCTCAATATTCAGATAGGTCTTTTTCATCTCAAACATCTGACTCTGTGGCTTATTGCAACAGAAAATTGCTGCTCTGATAACGCTTGGTAATACTCCTACATTATGTGAGCCCCAGGATACTATTTATGAATGTAACTTTTTCAGTATTGCCTGCAGGCACGAGGCATGAGCAAATGGTGTTTATTGCAGTGCAAATAGGGTCTTGCTCTTGTACAGATTCTGTGTGGAAGCTTGCACATTCTCCCACAGGATGGGAACCATATGGATTTTTTTTGTCTATTTTTTGGCAGGGAAATAGCGACCAGACGCTCCAGATAATGTAGTCCCCAAATGCAGAGGGAGGGTTGATGTAGGAGTGGAATGTGTACTTTTTCTGTTAAGCAGCAGACACTTTTCTTAAAGCCTTGCCTATGCGTGCTGACGATGTACTAGGGAATGTGGTTCCTTTAACATCTCATAAAAATATTTTCTTTTGAGTTCTTCATAAACCCTTCCTCACGAACATTCTGGAAAATCTTTTTGTCTCCTAGTGAACAGTTTTTCTTATTCTTACAGAATCCAGGCATGCTTAAAAGGGCTATTTGAAATGCAAGGGAAATATCTGTTTTGCCTCTTCCCTCCCACCTGCCTCTCTACGCTTTTGCTTCTAGCAAAACAATTGCAGACGAGGAACAGGAATGCTGGCTCACACCTGCCAAAAAAATAATAATAATAACAAGACCTGCATGGGCCACTGTAAGGATGTAAGCTGCAATTGCACAGCATGCAGCTGAGCCTTCTGGAGAACTCTCCTTAGAGCCTCCACGTCAACTACCACAAGGTTTACAGCTCTGAAATACAGTACCAGAAACTGATACTATACATTTCAATGCAAGCAAACACGGGGCCATAACGGAACTGTATATCTAAAATGAGTCAAAGCTAGTATAATTCATATCTCTTTTCACTCCTCTTTCTAATGTGCATATTCCAATGACTGAGAATCCTACATCCCTTTGGACTTACTTACAACTTCCTTCTTCCACCTCATTTCACTTCTCCCTGGGCTTGAAGGAATGTTGATTAGGTCAACAGCTGTGGATCTTCTTGGGGTGCCTGAGATGTTTATATCAGAGCAGGCCACTCTTGCATTTTGGATCCTCTTGTGTGTTTTTTTGAGGTCCACAGTATGCTACTTATGCCAGCTACATACCAGGACATTAGCCTGTTTGCATATAAATGTAATATGGGAGATGCCTCCACATCCCATGGGCAAGAGCATGGTGAGCCCTCCTTTTGAGCAAGAGCCACTGGGGATGTGGCACTGCAGCACTGTGGCAGGTTGAGCATCTTGAAGCTGGGAGATGTTCCTCTTGACCTTTTCCTCATCATTCCACTGTACTCTATATGTGACAGAGACAGCTTCAGAATATACTTGTTCAGTTCTTGCTCTGTTGAATTTCCTCAGGCAATATACAAATGCTTTTTTTTATAGCCCTTCCAGCACAAATAATGCTGTGGCAGGAAGGAAAACCTTTGTCTCCAGGTACAGAGAATTCATGATCACAAAATGTCTGACCTACAGCCTCACACTGACTCAGATT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Seq C2 exon
ATTTTATTCCTCACCGTACAGTATTCCAACAAACCGCATGATTCCACAGACATCAATCACGCCATTCATTGCTGCTTCCCCTGTCTCTACATATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011439:ENSGALT00000018654:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.208 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]