DreINT0125524 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000044574 | rbms3
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060929-244]
Coordinates
chr16:39726254-39732289:-
Coord C1 exon
chr16:39732246-39732289
Coord A exon
chr16:39726351-39732245
Coord C2 exon
chr16:39726254-39726350
Length
5895 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGA
5' ss Score
9.84
3' ss Seq
TTGTATTGCGTTTCTTCCAGGTT
3' ss Score
10.23
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTGGCATGGCGCTGACCTATGACCCCACCGCAATGCAGAACGG
Seq A exon
GTAAGACTCATTTGTTGTTTTTGTCCAAAGGTAAACGATGTATAAGCTACTAGCAGTGGATTCTGCAATAGACATGCAATCATTAGCATACAGTGTTTTACTAGTCTATGGAGTCAATCTAGGGCCATATATACTTGCAAAATAAAAGAGTTTTGCAAACCAAAAATAAAGAATGGAGCAAAAAATGAAATAAATACATGCAAATCGCAAAAAAATCACAAAGCGAAAATAATTTTTTCAGAAATAAAAATTAATTTTGCTTCTAAAAATTAAGAACTGCAACGGGAAAATTACATTTTGAGAAATAAAAACAAACAACGTGCAAATATATATAAAATATGAAAGTCAGTAATGCGGAAATGGAGTGTGCTGCTAGTAGCGGAGATGAAAAAAAGATGGAAATGATCGAACCTAAAGCGGGTGTTGTCGCCGCGCGCGTGCTGAATAGCGGTGCTGTCGCGCGCGTTCTGATCAGCTGTGTTGTGGCGCGCGTATTGTAAAGCGACGAGGGGGGGGGTTGAGCGCGCATACTCAAGAGAGGTGTTGTCTCGCGCCTACTGAAGGGCTGGACTGGACGGAGGTTGTGTCGCGTCGCGGGGGCACTTTTGATCGTTTTGGAAGGGCATTTTCTATCCAAGACTAAAAAGGGCATGTGCACTGCACAGGTTGAGCCCTATGTGTGCACGTGCCTGCAAGTTGGGGAATACGACTAATAACAGTTATGGGGACTGCAGAAACACAGCACACTGTTCAGATTGATGCAGACATTGACTTGTACCGCAAAGAGATCTCTATCTCACTCATGGTTTGTCTTCTCAAGTGGGGGAAAGACAATGCACAACGTTACCCCACTGCTGTCAACCTGGGCCAAGTCATATCTCTCTTGTCCCAGAAACCTCAGTCCTAAATGAGAGGGGTTTTTTTCTGTTGCAGGGGACATTGTAAATACCCAGAGATACCAGCTTTTACCAGATTATAATTATATGATAATTTTCCTTTAAACCCATCTCTATCTAAGTGAGTGAGTGATTAAATGTTGAATGTGATGAGTTTTCAACAATACTAAATTGAAACTTTATTTTTTTACATGGTTTAATAATTTTTTGTTATTAAAATTGAAGTTAGTGTTTCAAAGCTTACAGATAGATGGCTAATTTGTATGTCATTGACACTTTTGGCACTTTTTTGGAGTATTTTCAAAAGTTTTTTTTTTTCCGGAAAATGATTCAATAAATACCGTACCGTGACATTCATACCGAGGTATTACCGAACCGTGAAATTCTGATACCGTTACATCCCTAATATATATATATATATATTTATATATATATTTGACAGGGGGCAGAGTCAAAAGAATGCAATAAACGCCCAAGTTCCCTTGACTCCACCCTCTTGTCAAATCAGTATCACAAAGTGAAACAAGCAGAAACATGAAGGGCACACATGGGGTGTATATATTGTTTTTTTTGTATTTTGTATTTTTTTGTTTTTATATTTATATTTATATATTAGTTTTTTATTGCACTGTTTGATTTTTATTTGCAGTTTTTTGTTTTCAAATTTCAATTTTATTTCTCAAAACTTAATTTTCCCTTTGCAGTTCTTTATTTTTGTTTGCAAAATCTATTTTTATTTCTCAAAAATGTATTTTTTTGCTTTGCGATTTTTGGAGATTTGCATATACTTATTTCAATTTTTGCTCAATAATTTATTTTTTGAATGCAAAACTTTATTTTATTTTGCAAGTATATATAACCCTAGACAGACCCTATTCTTGTCTTATAAGTCATCTATTGTGAGACGTTTTATGGAATTTATTCATTGATTAAAGACTCTTATTTACAGTGTCGGGGGTAACGCATTGCAAGTAACGCAAGTTGCATAATAATATTACTTTTCTAAAGAGTAAAGTAACATTTTACTTTTCAAATTTAAGCAGTATTATTTGAGTTACTTTTTTAAAATTTGTAAAATAAGTTACAAAAACAAGTTCTGATGCTAAAAGTAGAAAAAAAACGTAACTCTAAAGTAACATAACATATTACTTACCAAAACTAAGTTACGCAATTAGTTGCTTTTTTGGGGAGTTGCTCAATATTGTAATGCATTACTTTCAATAGTAAGTTTCTCCAACACTGCTTATTTATACCTATGCACATGTATTTGATTTATTCATCTTTGTTTCTATAGCGCTTTTACAATGTATGCTGTATCAAAGCAGCTTAACATAGAGGTTCTAGTAAATTGAAACTGTCAAACTAGTTTTCAGAGTTGAATTCAGTTTAGTTCAGTTCAGTGTGGTTTAAAATTCACTGCTGAAAGTCCAAACACTGAAGAGCAAATCCATCAATGCGCAGCTTCACAAGTCCCAAACCAAGCAAGCTAGTGGCGACAGTGGCAAGTAGCAAACTTCACCAATTGATGAAAGTGAAGGAAAAATACCCTGAGAAAAAAAAGGCTCTAATTGCAATAAATGCAATAATGTTGTTAAATAATTTATTACCATTTTAAGTAGCTGTTTTCAGTTTAAATAAAAAATGTCTTCCAGTAATGGAAAAACTTTATTTTCAGCAACTTTTTTTTTAGCCGTGATCCTTCAGAAGCAATTTTAATGGGCTGATCAGGTGCTCAACAACATTTTATTAGATTGTCAATGTTTCAAAGAGTGCTGTCAAACAATTTAATTGATACTGATTCTTTATTGGGAAAAAAGGGGTAATAAATGCATTTATTTTAAATATTTTATAAGATTTTAAAATGGCTTCACTCTGACCTTTGATCTATGTAATGCATCTTTGCCGAATAAACATGTATTTATTAATACAAAATACTATAATAATATATTTTACAAAAATTATGCTTTTTTAAATTTATTTTAATGCAATTGTTTAAATGTTTAATTCAATCATCTTTTGTATTATAGTGGACATAACGGTGGATGTTTGGAAATACATTATAATGATAATAACATGCATCAAGCAAACAATTCACAAGAACATATGTGTATGCCAACAACACGGAACGTTTCACAATTGGTAAAACAAAAAAATAGAAATCATTCCACCTCCTGAGGGTCATGGATAATCCACAAGGGGGCAGAAGACATGTTTTACAACATATACACTATTATTTAGAGGATGTTATTGATAAATACTGGTCAACTAGTTTCCTTAACTAATTAGCCAGCTTCCCAGCAGCTGAGTTAACAATGTCTGAGATGCAGTGAGTAAGACTTAACTTTACAAAGCTGTCTTATACACTGGTGTGCACACACACATACACACCAATACTGTCATATCCAATCTGCATTTTGTGCTATTGTTGCAGCGAAGGCTGTAAGTGTTTCGTCAGGTGCTGGTTTCAGGGCAGGGAGATGGGTGCTGGGATAGGGGAAATAAAGCCTTTCTGTCTGTCCACTCCAGTGGACGGAGTGCCCAGGGCTCTGTCTCAGATCCAGCTCTCCTGGGAAACAGTCACAGTCATACCTCAGCTACCAGCTCCGGCTGCTTCTGCACCCCTGACTCAGCAGGAAAAAGGGAACGAAATAAGGAATGACAAAAATATGCAACGGGGGAAAGAAGGGCAGATTCTGAATTGTAAATAAACGAGCTGACTCGAAAGATGCAGAGGAATAGAACGCTTATTTGTATCCTTTCTACTCCTCATCACTTTGGACAGATTAGCATGTATATATAGAGAGTTCATACAGTCTTAATTGTTTAATGGCCCGTGCTGTCTCAATGTCAGTGCACTGAAGCTAATAGCCGGCATAAATACACCAGAGAAGATGCTACGCTAAAAAAAGGATTGCGCGGCTAATGTAAACCGATGTGTAAAGCTTCACATTTTGAAGCTCCTCTGAGATATTGTGTTACCATCTTCCTGGACGTGTTCTCACTCAGGTCATCTTGTGTGACTGTGACATAAGGGAGCATGAGCTCTCTGGGGCAGACAGCATTTCTTTCCCCACGCTCCATTTCTCAGCTACCAGACAAGCCGATCAATAAAGCCTAGCAACGGAGCTTGCAGATGAAACATGTCCGCAGTAGGTACACAATGATAAATAAAGTCCAGGCCGAGAACTGTAGCTATTGGAAAATGTTGTTGCTCGGGTAACAAGGAGGAATCAACAAATGAACTGTTGTGACAAACCTATGCAGATAAAAACACACAAATATACAGCTAAAACTCAGACACGATACTTTTATTAATCTGTGTGTGGTGTATATTAAACAAACACTTCAACAGACATGCAGTAAATTACTCAATACTGACAATATTATAAATGATTTGTTTAAAATGCATGCAGTTCTTAATAATGTTTTGTTCTTTGTGATGGGACATCCCAAATGGGACATGTTCCTGGATTAACATCTATGTTCATCCTGGATAAACATTCCAATCAGCCAATCAGAATTAAGTGATTTGTTTACAGTTTATGTTTAGGCCTATGGTTAGGTTTATGCACTTTTACATGATACATGATTTTACATCATCAACTATTATTTCCCTCTGATTTGGGGAATAGTTTACAGTTATGGTCGGGTTTCGGAGTAAGTGTAACGTGACCCTAACAACAGGGGTGCGGATCAAAATGCAGGCTTATTAGAGAGGTCAGGTAAGCAATGGTCAACACAGGGGCAAACAGATGTGTATGGGCAATCCAGAGTCGTAGTCAAATAAACAAGGCGAGGATCAAAATACTTCAAAGAAAGACAAAGGAAACACGTTGTAATGTGACTAAACAGTAAACAAGACTCAGCAATGAGTGTCTCAAAGTGAGACATATATATGCGTATGTAATCAGTACTTGAGCAGCATCAGCTGTGTGTTTGCAATCAGTCAGCATCAGGAACCGGTTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGGTGCATGACTATGGCTGTTTCTCAATATGCGTTCTTCAGCGGTCTTGCGTCCTCGTGTTCTCGTGCAACGTCATCATCAGCTGCCTAAGTTCAGTTCCAATACTCAAGACCGCAAGTA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Seq C2 exon
GTTCTACTCCTCACCCTACAGCATCTCCACAAACCGCATGATCGCTCAAACGTCAATCACTCCATTCATCGCAGCCTCTCCTGTCTCCACATATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000044574:ENSDART00000138388:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.400 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]