GgaINT0098074 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007559 | E1BZW8_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr2:16016997-16025039:-
Coord C1 exon
chr2:16024909-16025039
Coord A exon
chr2:16017139-16024908
Coord C2 exon
chr2:16016997-16017138
Length
7770 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
AATCTTGTTCTTTATTTTAGGGA
3' ss Score
10.23
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTTACTTGTATCTACTGCTGAACTTAGGGAAATGTGTGAATATTACTTTGATGGGAAAGGAAAGGCCTTTCGACCAATGATTGTGGTGCTAATGGCGAGGGCTTGCAACATTCACCATAGCAATTCCAG
Seq A exon
GTGAGTCGGTTGCTCTTGAGTATACGGACTTACATCATACTTGAAATGCGTCACTTCTGCATCTCCCCAAAAATCTGTCAGTATCTTTATGGAAATAAAATGTTCCTCAATAAAGCCTGCGCTTAAATTCCATTTTTCAGATGTATTTTTGAATTTAGTAGCGTAAAGTGGACTACTGGTTTTATTATGTGCTTGGAGGTGAGAAATTAGGGGCTGTACCTCCGTTGTAACTGGTGATGGAAAACAATGTTGTCACCTTCTGGTAAGGCTTTTAGCAAATTGTACCTTCTTACATAAATGGTTTGTTAGAATCTGTAACACTTCTGGAAACTATATTAACTGTTTTTCAGTTGTGACCACTTTTGTAGCTGTTAAACCCTTGACCAGATGAGAACTTTGTTGCAAGAAGGGACTTTCATAATGTGTATTTGTTATTACACAGAAAAGCCATCAAGCAGGTGATATAATTGTATTCGATGCTGTGGGACAATGAGACAGTCAGAGGTTCCCCCCTCTGGGGGCAGGTTTGTATGCTTTAATGTCAGATTCTTTATTCAAAGAACCTGCTGTTATTCCCATGATCTTCAATTTGAGGAGTTTAGGCAGAGTAGAACGTCACTCCTTGCTCTGCCCGACAGCAGATACTTCTTTCCACATGTTCCTATCAGTTTTCTTTGTGTTTTGAGGTAAAATGTTGGCTGAAGAGCTCTCTGCATTCCAGTTGTGTTTCTGGTCTTCCCTCATAGAATTTCAAGTATGAAATTTTTGGTCTGTAGCCAGAAGTGTCTTGACTAATTTATTGATCTTAAGGGATTTCCCAGCTACTGCACCATCACCTCCTTAGTGATAACTTAGTGCCTTGTTGCCTTTGATTTTTGTACCTTACAGCACAGCTTATATTTTGAGGCTTGATATGGCACCTTTCCCAGTATACCAGTGACATTTTCTCCCTTCTTGTGTGAATATAATTTCTAATAAGAAAGAAAAACCTGACTGGCATTATCCTGTCCTGTGTGTGCCAGTTTGTCGTGGACCAGTGAACTTCACTTCAGCCTACTTCAGTTTTCTGTACAGTACCACTCTGAGGCAGTGACAAAGATGTAAAAAGAAGAAAGAATATTTCTGAAAGTCCTCAGGGACATCCTTTGTTGCAGCACTGATTTGCTTAATATTTTTACAAGTGCTCTGGGCATGAGTGTGACAACGGCACTTTCTCATGACAAAGACATTCTTGATGACTTGCCATCTGTGGTGGAATGAAAGGTAGAACAATGAAACAAATATTTCTGTTTGAGCTTGGAGGTTCACAAGTGTCCCATTAGGGAGTAACCTCAGTGAGATCTGCAGACACCTTCTCTGTGAAAAACCTCGAAGTGATCCTCATGTGCATCAATTACAGAATATCCAGTTCAGCTAACGAAGGGCTGATACTGTACAGTGCTTTTTGAAATCGTCAGTTCTTGTGTTTAAAGAAAGATAACTTGTGTTTAAGATTCTTGTGTTTAAAGGAAGAAAACTGCAGCTTAAGGATGGAATGCAAGGATAATCAGGGAGAGTGCAGGACTTGTCTGCAGATTTGTAAGGAATGGGGAAGAAAGCTATTTAAGGCAATGTACACTGTTGTTAAGAGTAAACATGTTTGGGATGGAAATTTAGGAGAGTTTTAACAATTGGAACAGTGAGTTTTTGGAACAGCCTTCTGGTCAGAATAACGGAGAAGATCGTTCTATCTCATTCTAATGTGTTGTATGAGAAGCTTATCAATAAAATTATTTAGTGCCCTGGCAATACTAAGAAATCCAGAATTGATGTAAAAAAGCATATAGCATCAGATGTGATCAGTGAATCAAAGACAGTAAGTAGCCATAGGAAGAACTGCATTTGCTTTTATTTGCTCAAATCATATTTGCTGCCTTTTAACACGTGTATGCTCATGCAAATATATTTGTCCATGCATTATGCTGTCTTTAAACAGTCAGGACTACTTTGACATCTTCCCTGTATGATAAGAAAGCGTGATCTCAGACTCTGAATGCTACATATGCCGAAGTCAAGTAGCCAACCCTCAGCACCAACACTGATTTATCTTCTGTACGTCTCTTGCAGCTTTTGTCAGCACCTCCAGACTAAGCTTGATGTTTAAAAGTCTCATTAATTTAAGTGTACCTTTTACGAGAAGAGGCTGAGGCACCATCTCTGTCACATCTGTCATGTTTGGGGTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTGGTTTTTTTTTTTTAGAAGGAAATTCTGAATAGGGAGAACAGAAAGGTATCAACAAAAGAAGAGAATGAAATCCCAGGGTATTTACCTTCCTCTTTGCTTCATGTCACTTTTCTCAAAGACTGTGATTGTAATTGAAGTTCACATGTGTTTATGTGAACCTTTTGGCTACTGCATGATGTCCAACATCTTCTGAGAGTTGGTAGGCCATACGAAAGAATATGCTTTCATATTTTGCATACCTACTTACTGTGGATTGATGAAGTTTCATATGCATTTTCTTCTCTTTGCTTTTAGATTTCTTGAGGCAGGCTGCGTGATAACACCTGCTTCATCTATATGTATACTTCCAGCTCACACTGACAGTAATTTTGTTATTGTTGCTTCTTACAGAATTACTGCTTCCAGGTGACAGATTGTTCTTCCATCTTTTTACTGTTCATGAGGGAAAATGTACACATAGAGAAGAAAACACTGCATTTTTGCTACTGTACTACTCTGATGTAGATCTGAGAGGGGAAAAAACAACCCTTGCTTTCCATTCTGCCTCTCTTGTTGCTTGGTTTTTTTTTTTTTTTTAGATGTTTCTCCTCTTTCAACTTGTCATTTCTCTTAAAGCATTTTATCATGCTTTTGCTCAGTTAATATTGATTCTTTTCCCAGACTTGTTTTACTTTGGTTCCCATACATGTAGTCAGATACTGGACAGAACATCTGTAGACTTGTGGGGTGAGCCCATTTCCTATGCTGTTTATCTTTTATGTTTAACTTCATTTTATTTTATTTCTTTTAATTCTGCCTCAGACTTGTATGACTGCTGTTGAATTTCTGTTTCATCTTAGAATCATAGAATATCCTAAGTTGGAAGGGACTCATAAGGGCCATCAAGTCCTGGCTCCACACAGCACCACAAAAGAATCAGACCATATGTCCTGAGAGCTTTGTCCGGATGCCTCTTGAATTCCAGCAGCTTGGTGCCATAACCGCTGCCCTGGGCAGGCTGTTCCAGGGCCTGAACACCCTCTGGTGCAGAACCGTTCCCTGACCCCCAGCTGCCCCTCCCCTGACACAGCTCCCTGCCGTTCCCTCGGGCCCTGTCGCTGTCACACAGAGCAGAGCTCAGCGCTGCCCCTCGGCTCCCTGTGAGGAGCTGCAGCCGCCATGAGGCCTCCCCTCAGCTCCTCTGCTCTGGGCTCAGCACACCCAGGGACCTCAGCTGCTCCTCATGCCACTCCAGACCCATCACCATCTTTGTTGCTTTTCTTTGGACACTCTGTGATAGTTTTATGTCTTTTTCATACTGTGGTGCCCAAAGCTGTGGCCTGCTCAAGCTAAGGCCGCACCAGTGCACTGTAGAGCAGGACAGTCCCTTCCCTCACCCAGTGGCTGTGCTGTGCTTGATGCACTACAGTGTGCAGTTGGCCTTCCTGGCTGCCTGGACACACTATTGACTCGTGTTCAACTTGCTGTCAGCCAAGACTCCCCAGATCTCTTTCAGTGATGCTGCTCTCCAGTGCCACACCCCCCAGTCTGTACGTAATTGCCAGGGTTGCCCCTTTTCAGGTGCATAATCCGGCACTTGCTCTTGTTAAACTTTGTGTCGCTGGTGATTGCCCAGCTCACTCATTTGCCTAGAGGCCTGCAAGGCCTCTTCACCCTCAGTGGAGTCAACGGCTCCTCCCAGTTTTAGTATCGTCAGTAGTCTTACTCAAAACACCCTCTATTCTTACATCCAAATCATTTATGAAGACATTAAAGAGAACTGACCCTAAAATGAAGCCCTGGGGAGCCCCGTTAGTGACTGGTTGCCAGTCTGATGTAGCACCATTTACTACAACCCAGATCATGCTGCCCTTCTCAGCTGTCCTATAATTTGCTGGATCCAGCATGCTTTTGCTGGTTCTTCAGTTGTTTTTTGTTGTTTCTCTAGGTTGTTTTTGTTTTTGTTTTCCTTTCCTACAATACTACTTGAAAGGGTACTACTCCTCCTTGTTTGGTTGTTAACAGGACACAACTTTATAAGGATATGGGTCCTGATCTTTTGAGGCAGTCCACAGAGACCTCTCTGTCTTCACAGAGCCCCACGAGATTGAATTAAATTTCTCAGGGGAATGGAGACAGATACACAGATAGTTCTGCTTACTAATTAAGTGACATGATCTTTTGAGTTTAGATTTGAGAAGGTTAGCTATTTATAATGCCCCTAGCAGGTTAGCTGGCATTCTACAGTGAGGTTGCTTTGTTTTAGTCATTGTAAAGAGAATGACTTTTGTACAAGGCCATAATGAATCCAAAATATTGTCAAAAAATAACTATCCAAAGAACATTCAGGCTGTACTGTGCTAGTATGGTTTTATTTTTCTCTTCCCCTTGAAGACCCAATTGTCAAAAGCCCAGCTCTGAGTCTTTGTTTTTTTTGTTGTTTTGTTTGTTTGTTTAATGACAGCAACTTATCTTTGTGTGAGAGTGAAAATTACTGTAAAGAGTTGAAGCTGAGGTCATTCAAACCCTCAGTTTCACACATGCTCTGACATTTCTTCACATGACACCTGTGTGCAGAATTTCACAGAATTATCACTTAACCCGATGGGACCTCTGTTTCTATTTAGGATATATTCTCCAGAGGTGTTTGTAAATAGGAATTTTTGTCTATTTCTGCAACTGAAATGAGAGACAAAGAGAAGGCCAAAGAAGTACAGAGACATCTCAATAGAGAAAATAGTGAGCACAAAATGTTTAGGGAGGAACAAAAAGGAAATAAATCTATCAAAATGGTAAGAGAAATATTTAAATATAATGACATAGCCAAACTAGAGTGAATATTTCCTATCATTTGGGGATCTGCCAGCAACCCTAGCCCTCTTTGCTTTCCTTCTTCATTGTCAGATGCCTGTACTGTTTGCTGTTTCTCAGTAGTTCTGTAATTTGTTCCTGGTTAACACACCCCTTCTCTATGCCTCCATTAGTTTGTAGTGTCCTTCTCTGTCATAGGCTGTTTCTGAAGAGTTACTTTCTTTTAGCTACGTGAACTTAACAGCAGAAATGTACTTTGAGGAGTGTGATTGTACAACAGAAATTTTGCAAGTTCTGTTGCAAGTTTCCTGCCTTTTAACTGGCAGTATTTACCTACTGGCATACACATTGCAAAGCACCTTGTTGCAGCTGTTAATATTGTGTTGGTTTGGAGGCAGAAGTTTTGTTTAGTTTTTGTTTACCTGTAACATCAGCCTTGATTGTGCTCAGTGCATTTGAAACAAGTTCTGGTTCCCTGTGGTACTGTGTGCCTATAAATGATTGTTGCAGAATCAAGCAGGGGATCCTATTGAAAAATAGAGTGTGGTCAAGGACTTACACGTGCATTATATTCATTTCTAAAAGATGAAGTTATGGTTACGTAGAATATATTTGTAATATATACCATCTTCAGGTGCCTTTATTCTGAGAGTGACCTAAAAATGGCATCATTGCACTTAACAGACTCTTGGTGATCCAGTTACCTCCTGACCTGAGTTACTGCTGGTACCTTTTGCTTTTGTTTTGCAGGCGGAGCAGAATGAAAAATGGCAGGGAATAAGGAAGATCCCATTTCTTTTGTGTTTTCCCTAAAGTAGGCATGCTCTGATTCCAATTTTTTTTTCCTCACAAGGTGTTTGTAGGAAGGTATTGCAAAATTTCTGGCCAGAGATGGGAAGAACCTTGCTGGAGAACTTCCAGAAATAGCAGATTTATAAAAAGCCTCCAGGTTGAATTATCACATAACATACAAGAAGCCAGACACATTAACCTTGCTGTCCAGTGCCATTTTTGGTCATTGTCAGAAATGAACTGCACTGTAAAACAGAATTTTCAAAACCTGTTTTTGAAATGTCTGTGCTTGTGCTGCATTCATACTACTGAAAATATTGGCGTGTCTGTGAGTGTTGCCCTTTACTGCTACTTCCCAGGAGGAAGTCCAGTCTGCTGACATAATTAATGAAAAAGGGAGTCCCCAAAAGGAGACCCGTGCATGAAAGAGGCTGGAGACTTTTACAGTTGTTTGAAGGTAAGTTCTCCTACTTAGTAACAATATGTTTTCTTGAAAACTGCTTAGTCTAAACTAGCACTTGACTAAATTACTAGTCCACAGTGAAACTTACCATCAAACAGCCATGAAGGTTTCCAGCTATTATTTTTGTGTTACTCAAAAGCTACATTTTCATAGCCTGTGAGCCACACGTCCTGCTATTGTTCAGGATGTAGAACTCCCACTGACAGCAATGCATAGTTCTGCATGGAGGTAGGTGTCAGAACACTGTGTTATGTCAGCAGACTGCAAGATGTTCTTTCATTTTTGATTAATCACTAGATTGTAATAGACTAGGCAGTACAAAATTTTAGATGATATTCAGTTGAGCTGAAATGATTAACTTCTGCTTTAACTCACTTCTTTTTCTCACTTCTTTTTCTTTTCTGCTTGAAAATAGTGCTATTTCCTCTGTTAATTGTATACCAGAAGTAAGGTGTTTATATATCAGAAGTAATCTTACCTGTTCTATTTTTTTCTCAGCCATGTGGAATTGTTAGGGCTGTAGGGCAAGGCTGACATGGGTAGCATTTCTGAGATCCTGCGTGCAGCTTTTGACAAGACCAGAGACAATAGCAGATAATAAAACAAGGCAGAGGCAGTTGGGTAGTAGGATAGCTGGTGCTTTTTCTGAGCTAGGACAGCTCTTTTGCGTTCGTTGTGCCAGCCTTGATCCCTAGGTAGTTGTTTTTATGTTCTTTCGCGTCTTTATCACCTAGTTTGAAAAATAAAGCAGATGTTAACTACTGAGAGTTGAATCTTCAGTGTTGGGTCTTCCCAAAGGCTGAATTTCCTTAGGTGTTGGGTAGTTCGTGTTTACAGCCCTCAAATAATTGCAGTATAATTCTGATTAATTCCTCAGGCTTTTGAAGAACCTCTGAAGTCTTAGGATAATCAGATAAGATAAAAGGATAAGGTCAGCAAATTATGAATTCAGATGTAGAATAAAGGTTTTCTTTGTCTGCTGATCTCTCCAACTTCCTGGTTCGTAGTGTTAACCAGCTTGGGAGAGTTTGTGGTGCTGCATCTTATAGCAGAGTGATGGGGAAATGAGGAAAAGTTTAAGCTCTGCTACAAAGCTTCTTGGCATCCTTTCCTCTGCCCTTTTCCTGATTTCTGTCTTCTTGGAATGAAGCATCCTTAATGCTGTGCTATTTATTGCAGTCTGGATTTAGCAGGATTACAGTCAGTAACTGAGGAGTTTCGCAATGCTGTTAATGCAGCAAGACAGAAAAGAACCTAATAAGGATGGAAACGTTGCGTTGTGCTTATTGTACTAACATAATCTTACTTTCTCTTGTCTTCCTAATTTCAGGTTTGAAAGATGGGGTTCAGACCATGGAAAAGCTGCAACAGCTGTATTCAGCAAACTATGTTTTTGCGTGGTTTTAGTAGAGATTTCTTGCAGTTGCATTGCAGCACACAAAATGTATTTAATTAAATGTCAAATCTTGTTCTTTATTTTAG
Seq C2 exon
GGAGGTGCAAGCAAGCCAGCGCTCTGTGGCCATAATTGCAGAGATGATCCACACGGCTAGCCTCGTTCATGACGATGTTATTGATGATGCAAATTCTCGCAGAGGAAAAATGACAGTCAATCAGATCTGGGGAGAGAGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007559:ENSGALT00000012224:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0034812=polyprenyl_synt=PU(13.7=81.8),PF073076=HEPPP_synt_1=PU(5.3=15.9)
A:
NA
C2:
PF0034812=polyprenyl_synt=FE(17.9=100),PF073076=HEPPP_synt_1=FE(35.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]