HsaINT0122724 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000148459 | PDSS1
Description
decaprenyl diphosphate synthase subunit 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17759]
Coordinates
chr10:26709638-26720359:+
Coord C1 exon
chr10:26709638-26709768
Coord A exon
chr10:26709769-26720217
Coord C2 exon
chr10:26720218-26720359
Length
10449 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGAGC
5' ss Score
8.69
3' ss Seq
CATTGCTTTCTGTTAATTAGACA
3' ss Score
4.79
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACTGCTTATATCAACATCAGAACTTAAGGAAATGTCTGAGTACTACTTTGATGGGAAAGGGAAAGCCTTTCGACCAATTATTGTGGCGCTAATGGCCCGAGCATGCAATATTCATCATAACAACTCCCG
Seq A exon
GTGAGCTCTTTTTTTCATTCCTTTCTTGTTTTTATATTTGGGAAGTCTTTCTTCCCGGGGTTACTTACTGTTTCATTTCCCATTTAAGAATTAGCATATACCGGCTGGGCATGGTGGCTCATGCCTATAATCCCAGCATTCTGGGAGCCTGAGGCGGGTGGATCGTGAGATCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAGACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCAGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGTTTGAATCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCACGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCTTGTCTTAAAAAAAAAAAAGTAGCATGTACCTAAAAATTCACTTTGTGATGTTTAGATTCTGACTTTAAGTCACTAAAGTCACTCAGGAATCTAGTCTGGCATCTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCGGCTCACTGGAAGCTCTGCCTCCTGGGTTCACACCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCTGCCACTGTGCCCCGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGTGGTCTCAAGGTATGAGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGAACTCATGTGATCCACCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCCAGCCCATAAAGCTCTTTTTTGATCTGGGTTCTTTAATAAAATGAGCTTGGGTTTTGCTGAGCTCTGTTGCAAGTTAGGTTCTCCAGGAGGCAGACTCTGAGATGAAGTTTAAAGGACAGGATGTTTATTCGGGATTATCCCCTGGGATTACTGACACCTGAGGGAGGGGGAGAGGATACAGGACTGGGTAGCAGGAGAAGCTGAGCTGGAATCAACAGCCTGAAACACCCTCTAGGGTGTGCAGGTAGAATGGCCCTTCATCTATCAGTCCCTGGATGTGGGCTGCCTCCCGAAGGGGCACAGCCTAAGGTGAGAGGACTCTTTGTAGCCAAGGCAATCCTTGAAGAGGCTAAGAAATGAAGGCCAACAGGTACCAACCATACCTGATACAGCAGCTGGGGCAGAGTCATGCACTGACGGGGGATCTGGGGGCATGTCTCAGAATCCACCACAACTCTGTTTTCTGGACGTGTCAAGTCTGAGTTATCTGTTGCATGGACTCAGTCTCAAAAAAAAAAAGTTTTTAAAATAAATTAATGAAATGTCTTCACAATTACATCATATAATCTATTGATGGAAATTCCAGTAGACCATGATGTACTAATACATCTCCCTAGTGTTGAACATTTGTATTATATTTCCCCTTCTCAGTAGATATTTAAGGAATGCCTAAGATTTGTCAGCACTGAATTTAATGACGCTGTAAGAATGAGTGTCAGATATTGCTTCTTAGTGGCTCCTCTCCTCTGCCCACAGCTTTCTCTGCCCTGCTGCTGGCCCTGCCTTGTCCAGTACATATTGCCATGCCCAGGTCTGGCTGCCACTTTAGCTGGGCTTTTCAAAGAGCTCTCAGTATATTTGTAGCAAGCAGTGAAATCTCTGGCATTGACCTTTAACCATTGTCAGGACCACTTTCACTTTACCGGAAGGCAGAGCAGCAAAAACGCTCCCTCTGAGCCAAACTTGAAATAACATCTCCTGCAGTCCAGAGCAGAGTTCCGCAGCCTCGGGACTGTTGAAATTTTGGGCCACATTGTTCTTTGTTGGGGGTCACTGGGGGCTGCCATGTGCATTACAGGATGTTTAGCAGCATCGCTGACTCTACCTACTAGATGCCCCCGAGTTGGTAACAATCAAAAATGCCTCCAGATACTGCCAAGTGTCCCATGGTCCCACGCAGCGCAGATTCGCCCCTGGTTGAGAATCACTGGTCTAGAGAATGTGTTTATATTTTTAATTTCTCTCTTAATATGTAATACAGTTCATTGCTCTCAGAAATAAACATGGGAAGGAAATTTTTTTTTTTACTGCTTTAAGTACTATCACCCACTGTCCCCATAATTGGAAGTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCACAATCCCAGCTCACTGCAACTTCCACCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGATGCACGCTACCACGCCCAGCCAATTTTGTGTTTTTAGTAGAGATAGGATTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACACCTGGCCTCAGGTGATTCACCGGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCAGCCAATTTGAAGTTTTTTCAGCCTGCCTTATGGAAACTGTATAAATTGTTAGTTGCAGAAAACATAGGAGAATATAACAAAAGCCATTGCTAGTTTAAATAGTAAGTTCACTACTGCCCTCTCCAGGGAATGTCAGAGCTGCAGCCTTATTCTCCCTATAAGTGATTGGAGCAGGGCTTAGGAAAGTCACAGTGCAGAGACAGCGTCCGGCATGGGGACAAGTCACGGTTGTGGCGTGGGTTTGGGTGGTACAGTACCCTAGCAATTCTGCTCTCCAAGCCCCAACTTCCTGACAATACTTGCTTTCTGTGGACTCTTCTGGATCGGGCACTTAAAGGACTAAATATGTAGGTATTATTTCCATGCCACTTAAGAAGAAGGGATGAGGCTTCTGGAGAGCTGGGCCATTTGTGATTTTGCTTTTGCTGAGAAAGGCTTAGGACAGTAGGGGGAAATGGCAGCTAAAGATTCAGGAGCAGCACCATCCATGTTCAGTGCCAAGAGAGCCCCTCCAGCCTCAGTGGCCCCAGATCAGTGAACCTGACATTGAACCTGACAGGCTTGCTTGTTGGTGATGTCATAATGGAGGGATACTGTTTTAAACCTTTGACAATCAAAGTTTAATGGCTCTTAGGAGGCTTATCAGATGCTGTGTTTTTTTGTTTTTTTGTTTTTTTTTTTGCTTCTGAGGTATGTATTAAATTGGGGATTTTTGCTGGGCACAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGCGGGTCACGAGGTCAGGAGATCAAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCACGCACCTGTCGTCCCAGCTATTCCGGAGGCTGGGGCAAGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCACGCCATTGCATTCCATCCTGGGAACAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAACCAAACAAAACAAAAAACATGGGGGATTTTTAAAACAAAACTTTGGAGGGGATTTTAATAAACGATAGAAGGTATATCTTAAGAAACAGAGCACGAGGGAGAAACTACTACTTACTGATTTTTATATTTTCCTTTATTAAGCTTTTCAGTTGTCCATTAAATGTTCCCTACTAGATTACGGGGAGTTCTTAACTTGAGGTTCACGGGAGTTGTGGGATGTCTGTAAACAACTTGACATTGTATGCAAAATTTTGTGTATATTTGGATTTTTTGGGGAAGGATTTCTATGGCTTACAGTTTATTCTCAAAGGGAAGTAGGGCCCTGAAAAGCTCAGGACCCCGTGTTTGTTTTCTCTCTGAATCTTGCTAACCATGGTGTCTGGGTAGAGAAAGTAGGAATCCACACAACAGTAGACTCAGACTTGACATGTCCAGAACACAGAGTTGTGGTGGATCCTGAGACTTGCCCCCAGATCCCCCGTCAGTGCACGACTCTGCCCCAGCTGCTGTACCAGGTATGGTTGGTACCTGTTGGCCTTCATTTCTTAGCCTCTTCAAGGATTGCCTTGGTTACAAAGAGTCCTCTCACCTTAGGCTGTGCCCCTTCGGGAGGCAGCCCACATCCAGGGACTGATAGATGAAGGGCCATTCTACCTGCACACCCTAGAGGGTGTTTCAGGCTGTTGATTCCAGCTCAGCTTCTCCTGCTACCCAGTCCTGTATCCTCTCCCCCTCCCTCAGGTGTCAGTAATCCCAAGGGATAATCCCGAATAAACATCCTGTCCTTTAAACTTCATCTCAGAGTCTGCCTCCTGCAGAACCTAACTTGCAACAGAGCTCAGCAAAACCCAAGCTCATTTTATTAAAGAACCCAGATCAAAAAAGAGCTTTATGGGCTGGGCACAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGTGGATCACATGAGTTCAGGAGTTTGAGGCTAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACAAAAAATATAAAAATTAGCCAGTCGTGGTGACACACACCTATAAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGGGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCAGAGATTGCGCCACTGCACTCCAGCCTAGGGGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAAGAGCTTTATGATAGATTTCTATAAAATTGCTTCACTCACTGAATGCAGCACAGTTATAGTGTCTGCATGTTTCTCAGACAAGCCAAACCTACCTAGCCTGCTCAGCTGCCTCATTGAAGACACTGTTATCACTGGCACCTGGATCTTGGCACCATCCATTCCTGTGTGAAACTCTTTTAGTTCTAAGAAGTGAATATCATTGCCAGCAATCAGGATAACAGACTACCCAAATTGTGCTGTACAGAGATCTGTTGATATCAATTTTGCAAATAGCC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Seq C2 exon
ACATGTGCAAGCCAGCCAGCGCGCCATAGCCTTAATTGCAGAAATGATCCACACTGCTAGTCTGGTTCACGATGACGTTATTGACGATGCAAGTTCTCGAAGAGGAAAACACACAGTTAATAAGATCTGGGGTGAAAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000148459:ENST00000376215:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0034812=polyprenyl_synt=PU(13.7=81.8)
A:
NA
C2:
PF0034812=polyprenyl_synt=FE(17.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development