GgaINT0099682 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011995 | CLASP2
Description
NA
Coordinates
chr2:44746720-44753330:-
Coord C1 exon
chr2:44753314-44753330
Coord A exon
chr2:44746829-44753313
Coord C2 exon
chr2:44746720-44746828
Length
6485 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGTTGAAA
5' ss Score
-4
3' ss Seq
TAACTTAATGCAATTTTTACATT
3' ss Score
-2.95
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGTAGAACTTCCAAG
Seq A exon
TTGAAATTCAGCCATCGCATAAGGAGAGTTAAGGAATATTGGGCATGTTTTCTTTTTAGGCTGTCCTTAACGTAGGGGTGAGATTCAGTGTTCACTGCTAGTTTTTTCTTCTCAAGCTATGTTTTGCCACCAAGGAGGCAAGTTGTAGTTGTGATATCACCAGTCGTGGTCACAAGAGAGGCAGAGAAATTATATTAAAAAAAACCAACAAAGCAAAACCTTGACCTTTTCAGTCTGTGTTGAGTTTTGGGAGATGTTAGGATACGTGTAAGCTATGTTAATCGATGTTTTGACTGTGTTTTTAGTTAGGTTAAAAACTATTCTAAATGAGCTGCTTCTTTTGTTGTCAGTGCCTACTTGAAGTGGTTTTGAACCACCATTGAATGTGGATCCAGTGTGTTTGCAATGCTGCTGAAAACGAATGCTACTTGGAGCAGGACTTTAGCATAGGGGTGTGGGCTCCCTCTACTGCCCACACGGGGAATCTGGGAAGCTGAAGGACATACTCTGTTTCTTAGATGAAGCTGGAGATGACTCATAGGAAAACAAAAGTGATAAGAAACATAGCAGTAGGAGGAGGAGAAAAGTGTAAAGTGGAAAGCAAAGAGATAAATCTGTTAGTGTTTATTCATTGTGAAACATAGGGTTTACTTCATCATTATAAATTTCACAGAAATTTAGCTCCTGGTTGGAATACTGGTTTGCTTTCAGAACGTCTTAAGCCATGTGTACAATTCACGCTTAGAATTTTGGAGGCAGGAGTTAAGGGCACAGAGGTTGTCAGGGAAGTAAAGAGTGGAGGTTTTATGCAGGGAAATACCAGAGATAAAGAAATAGCATGTTCTCATTGGAGTTAGTAGATGGGGAGTGGTGAATACGTGGTCTGTAAGTCCATGTCAAATTCTTTTGAGGGATTTGAGTAGTTGGAAAGTTTTGCCTTGCTGGCGGATGCGGTGGCTTATGGAGAAGAGTATAATGTTGAGTTGAAATGGTAATATAATGTGATAATAGTGATAGATAGAAAACTTGAATGCTGTTATAGATGGATTGTATAAAGGTAGTGATGGTGAAGGAGGCCTAGGTTTGTTTACAGTCACACAAAAGGAGTACTTCTCAGTTGGGTCCTGATTCATTCTCACCCTTACTTAAAGAGTAACGTCTACCTTTTTATAAAATAATTATTAAAAAATTATAAAATATATAAAATAAAATGTAGCAAAATGTAGAGCCTAAGAGAACAAGTTCATGAGTGTAGTAATGTGTATTTGTCTCTGTCTCTTAGCTTATTATTATATGAAGAATTCTTGCTTGTATCTATATGTGTTTTTTGTTGTTTTAAATTATTTTTATTTGTTAGTTTATTTTAAGAGTCTTCTAGATGCAGGAGGACATTCTTCAGTTATTCTGAATGTTGACTAGCTTTGGCTTTAGGTAATAGGTAATGGCCTATTGAGGAGACTTGAGCTGTAATTATATCTGTCTCACATTAAATATTTTAATTCAGATTGCTACTGTCAGAATAAGCACTTGCAGCTGAACTTGTGAATCTTTAATGCTTTTAAACCTGAGTGGATCTTTGTCCCATTTTGCTTCTGTTTTTATTGTGATGTCTCTTCCCCTCCTGTCCCTTAGCCCATCTTGAGTAGCATATTTCATAAGATATTGTAGTTCAGTAATGACACAAATGTATATTGATGCTGAAAGCCAAGCATGAAACAGTAGATAAATATTTTACTACAAAGGCTTGATCAAATCTGGGTAATACAGAGAGATTTAGCGTCCCCATGCAGGGTACTTACTTGTACCTTGTTCTGTAATATTATTGTACCTTGGGCTGACAGAAACCAATTTTACTTAAGTTAGCTTATACACGCACAAGTTAGATAGATGTGTCTACAGTATTTAATATTAATGTATTTTCCTTAATTAATGTTTTATGACTCTGCTGTGAACACCTTTATTCTAACACACTAAGTTTTCCATGTTTCTTTGCCTGCTTTTTCAACAAAGAGGATACTTCTGACAAGATGGATGGTAAGAAATTGTTTAGTCTGTCCTCTAATTCTATTAATTATGTTAAAGTGTCTTTTATGTAAAATATTTAATGTTTACTATATTTGTCTATTGCTTAACATGTACTATACTATTTTCATTAACTCCTATGTAATCTTAGGGTCTTAATATATATATGTTGTTTATATGTATTTGTCAACGTTTTGAATGTATCAACAACAGAAGCTTTTATCAGAATTTTGTTATTACTTCAAATAAGAAAAAAATTATGGAGCAATTCTGTAGTTAAATTCCTTTTTGTAACAAGGTCTAGTTTCATTGCATTCCACAGTTCTGTCTTTGAAGTCAGCTTTTTTGTTTGGTTGTTTTGCTTTGGAGTTTTTGGCAAAATAGCCATTGGAAAACAGAATGAGCAGATAATTAACACTTTCTAAAATGAAATTAAAATTTTCTCTTTAGAAATTACGCCCATCACAATCTGGTCTAGCTACTTAATTTTACATTCCTGTAAGTCACATAATCCAATGCGATTCTATTAAAGAATAGTTTGTTGAGGAGTCCTACCTGTTTAAATAGCTTACCAAGTAGTCCAGCTATGCTTTAGCACTGACTTTTTCTAAGTTCACTATGCATGGGAGGGGGTTGGCTTATGTTTTTGTCATAATTGCAGAGCAATTGAGAGTCAGGTTTCTCATAGTCCTTGTTAGACTTCTTCAGGTGTGTGCAAGCAATGCTTCCCATGTCGGTATCTGGTAGTGGTAATTTCTTGTTGGGAAACACTTTACAAGTCAATTACAGTTGCTACTTAATTCATAACTCTTGTCATGTGCATTTTAACAGTGCACGTTTAGAAGATTGAGTAGTTTACTGAAAGCAGAGCAGGTGATGTTTTTCCTTTCATAGACAGTATACTGAGTCTCCTGAGGGAAAGAAATACACAAAATATGCACAGAAATGAAAATAGTAGGAAGGTAGGTCTCTACAGTGCTGAATATCGAGCGCATGTAGCTACAAGAGACATCCTCTGGGAAGAATTTTAGCTATTTTGGGGTGTTGCAGGTGGCACGTCTACTTCAATTAAATATGATTTTCTGGTAAAGTATTTTACTATCTTTCTCACTTATTTCCACATCAGATTTCCTTGCATTCCATATAATAGGATTTAGTCTGTGCTGAGCACATGCTGTGTGCATTTTGCACATTGTCACCAGGGATTTCTTAAGGACTCATGTCGTAACTCGTGGAGGTGTCCCATGCATCTGTTTAAAAGGAGAAATGCTCTACAGTTGATGAGGGCAATGATTTTTTTTTTTCAGTGGGATAATCTGTAGAGGTGATATGAGACAGAATGAACACATCTTAACTCTCAGGCTGTAGTTTATCATACAGCTGCTCTGATCTAACTGCTTCCTGCTAATCCTTCGACTGCTAATCATGGCCTCGTTTCTACGCCTTGTTTCACTAGTGCTTTGTAGTACCCTATGATGAACTATTGTAGGTGAAGAAATTCCAGAAAGCTAATTACATAGAACAGAGTAATAGTATTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTAATCTCTTGAAACTGGCTGTAGCTGTTCAGACAGGTTGGTTGATGTGACAAAGGTGGAGAAAAAAGAAGCAGCACCACTCCTCCTAGGATGAGCTAGCTCTTAGCCTGGCTTAGATGTTCCGAGATCGAGCTCTGAACGAATGTTGGGTTTTCTGTCCTTTTTTTTGTTCGTATATTTTTTCTTAACACGAACTGGCAAATTTGATTTGAGAAAGCTGAGGCCCTCCCACATGTGTATTTCTGTAACTGATTTTTGTGAAGAAATTTACACTGAGTTAAAGTTTAGAGGGAGATTTTAACAGTACAGATATTGTATTAACAGTATAAAGATATTACAGTATGAAGAAGTCATAGTCAGATATGCTGGAACAGTATAGAATGGAAAGAAAAATGGAATTACCTTTTGATTATTTACTTTTTAAGGCCATTTAACTTTTAAACTTAATTATCAGCGTTAATGTATGTATATTTTTCTATCATCATCAGATCTGTTTCAGAGGAGCTCTGTATAGATAGCTTCTCACTGATTCATACGCACTGATGGCCACATTTGTCCCACTCATTTTGTCGTAGTCCAGCCTTGCTTAAGTTGACATAATTGTTCAAGTGTAATCTTGTTTCAGCAAGCTCCTGTTATATTTGCTTACTTCTCTGAACAAAACTTAATCATATGTAGGTTTTAAAAGTAACCATGGACTAATAATTCAGAGAAATTCTCCTTGGTGGAGTTTCTAATGAGTTATAACTGTCCAGTGTGTGAAACACTGTTCTTGCGATGTGTTCTTGAGCTTGCATTAGAATATTTACAGAGTCTGTTCCGGTCAGGATCTCATTTAATTGTCATATGTATTTTTTTTCCTTGTGTTTTTGTGACAAGTTTGGAAGGCAGTGCTGTATGTTGCATTCCTGTAAATCACTGAAAGCGTGGAATGGGTGTTTTTTGATAATTCTGCTTCAGTTCAGTAATGGAGTTGTAATACAGGGTTTAGACCTCTTCCTGATTTGGTAAAATTTGTCGAGATTCCTAAAATTATCTCAAAAAAGGAATTGAAGGCGCACACTGTTGTTTGGAATATCATGTATTTTGTTATTTTTTCTGTTTAGGAACAGCTTCTGAAGATGGTAAGAAAATATTTTGTTAGAATAGCTAATATTTTCAGCTTAATATTTTCATTGATACAAATTAAGCTTTGAAAGTAGAATGTGGTTTTCTTGGGGTGTTGTGGAGATTCGTAACTCCAGATAGTTTATGCATCTTATACTTGGTTGTCATGTAGTATTCTTTAATTCCTTTTAATTCTCAAATACTCATCTGCAATAGAAGTATCATTGCTTAACATTTTCATTGTGAAAATATAGGAGCTTTATAGTTTTGTGTGTTTATTTTATTTTTAAAGCAAGTCACAGATAATCTCA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Seq C2 exon
ATTATAGGTCGTATACGAACAAAGCTTTCAACACCTTCTCTTGGCATTGGAAATTCTAAAACAGATTCCAGAGGACGGAGTAGAACCAAAGTGGTCTCTCAGTCTCAGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011995:ENSGALT00000019569:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]