GgaINT0099684 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011995 | CLASP2
Description
cytoplasmic linker associated protein 2 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001170856]
Coordinates
chr2:45286766-45292211:-
Coord C1 exon
chr2:45292104-45292211
Coord A exon
chr2:45286873-45292103
Coord C2 exon
chr2:45286766-45286872
Length
5231 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TTTTGTTGACGATTTAACAGGTA
3' ss Score
5.58
Exon sequences
Seq C1 exon
CACGAGGCAGCCGCATTCCTCGGCCTAGTGTGAGTCAGGGGTGCAGTCGGGAGGCCAGCCGTGAAAGTAGCAGGGACACGAGCCCTGTCCGCTCTTTTCCACCCCTTG
Seq A exon
GTAAGTACTGAGAGCCCCTTGTTGTGCATGGCTGTCCTTGCCCTTCATTATTTGCACCTAACGAATCCATGCCTCCTCCATGTAGCTTGTAGCAGGCCACCGTTATTTTCCCTTCCTTGGCTCACTCACCATTTACTTGGATGGAAAATTGACCAGCGTGTGAATGGGTTGCACACTTCAAAAATACTTTGGTAGTATATTAGCCTTACCTTAAAATCTAGCAGCTTGGAAAGATGTGTGATCCATAGCACCTAGTTGTTTGTTGTTGTTTAAAGGGTGATTCTGCTTTTGGAGGGTTTTTTGAAATTACTTGTTTATCTTTGTTAGAGTATTCATTGCTTAGAAACAGTTAATCAATTTGAGCAACTAAAATGTAGCTCGACTGTCGTCCTGCACCTTTCCCTGCATCAGCTAGAATCTGTTACTACGTGAAATGAAGCAGATTTTGTTCTTAGCTATCCTGTCATCAGAGCACCCCGTGCCGTTAGAGGGAGTCATGCAGTGGTGCAGATAAGGGACCTCTGTGGAGGAGTAACTGTGTTCTAGGCTGCCTTCAGTTTGCTACAAATGAACAGGGCACGTCGTAGAGTCCTTATCCTAGTACGTGAACCAAAGTACAGTTCTGTAGTTTATTTTAATCAGAGTAGAAAAAATGATTATAGAGTAGAGAAGTAATTGAACTGTGTTTTTACATAGGACAGAAGTTGAAAAAGTTGAAAACATACACACATATAACATAACCGCTTTCAGTCCTAGAGTTGCTGTAAGTTTTGCTTTTGCTGAGTATTTCAGTTTGTTGTCCTGACACTTAGATGATTTTGTATATTTGTCAAGTCGGTTTGTGCTTCTGAAAAGTGAATAAAGAATTGGGAAGTTTGCTTGTAATTATTCTAACATGCTATGGATCAGGGAAGCTTCCTGTATCCTTGTCAAGGTTGCTACAAACTTGGTAGCAAATGTTGATGAAAGTATCTTACGTGCTAGATTTTTATTTTTTCAGCAGTACGAAACTCTCTCCATATGACTGTCTGAACAGTGTAATTTTGTAGTTTGCAGTTTAAGGTGATGTGATTTTAGCCATGAAATATAGAAAACCTCTGGTTTCTCTCTCAGATGAAGCACCTGACTGTACTCCTCATTAGCACTGGAAGTCTGTTACAGTCTGTTAAGGCAGTGTGCTTCCTGTCAGCCATGGTTTTTATTGGGGAAGTATGGATTAATTGAATGAAAGCTGTTTCAGTAACTAATGCTAATCTACCCAGATGCTGTTTAATTGGGAAATTCAATTAAAAGTAGACATTGTACAGGATCCAATAATAAGCTTGTCTCCCTTACTAAAACACAGCAGGTGGACTGTATTGTAGCATACACACATCTTTTCTTTTGAAAATGAGATCTTTCCGGTTCTTTTTGTGCTGCTTTTGCTGCTCTACACCTTGAATTTAATTACATGCATGTAAGATCTGATTTACATTTGATTTTTTTAATCAAATGCTGTTAATTTAAAAAAAAATCCGTGTTCAACTAATAAAATAGTAGTGGGCCAGATGCTACTTGAGATTTTATTTTTATAGATGGAGTTTAATTATTGTATTACATTTCAGAACAAATACCTGTACAAATACAATAGGTTGAATGACTGATAGCATGGAGAATGCAAAGTAGCAAGTATGGGAGTTAGAATTAAAAAACAAACAAACAAACCTGTATCTGAAATAAACCTGAAATCCTTCTACTTATAAATTTTAAATGTCATTCAGTATTTTGTTAGACCAGCTTTGTTTTATGGGATGTTAGGGATTTCTCTTAAAAATAGTAATAATAATAATGTTTTTCAAGGATAGAATTAGAAGACAAATCAGTCTGTCTCTATATCTGTAAATAGAAATAGTTAAACATGGGATTGGGGAAGGGAGGAAATGTTGTTTGTATTATCTCTTTTTCAGCAGAGGAAGTTTTGCTTACAAGTGCTAAACCATTCAGGATGTAAACTGATGCAGTTGTTTTATGGTTGCTTCTCTGTGTGAAGTGCTTCTGTAGCCTCGCACCTTAATGTAAGACCACAAAGGGAGAGATAACAGCCACTCTTGAGTAGCAAGAGATTGGTAGCTAGTATGGAAGGGCCAATTTTTCTCTTATATGCAGCTGATATTAAACAGGAAGCCAGTGTAATCTTCTGTACTGTAGTCAAGAAATATGTTGTTATTTTGAGTCCTTTTAAAATAGTTCTTATTTTGATTAATCTTACAAATAATTAAAATGAAGAAAGATAAGTAAATACAGTACTTCTGCTGTTTGAAGGGTACAAAAAATATTCTTGAAAATGCTTTTTGAAATGAGATACATCCAAAATAGTGCCTCCTTTCACCATCCTAGAAAAATTTCCAGCATAATTCAAATGTACATGGAGACAGGATCATCTTGAATTGTATGGCTTAAGTTTACCTTTAATTTTCAGGGCTTGTTGATGGAAAATAATGAAAAGATTTACTCCACTGTTGCGTGTAGTTCCAGCTATATCACTCTCAATGCATATGTTTTGACATATTCTGTTCTGTCTCCTTTTCCATACTGAGACGTGTGTTGTGAAGAACCAAGTATTCCATAAAGTATTATTTGCTTAATAAAGCTACCTAGCTAAACATTTTCATGCAGATTTCACATGGCATAAAATACTTTGCTGTACCTCTGCAAAAAGCAGAGAAAGGGGAAAAAACAGAGTTGTTTCTGGGGTCTTTACAGTGCTCAGGATCATTTTGGAGTTCACTCAGGTTAAATGATGTGTTCTTCCTCAGATGTGATTTGACCTATGTTGGAATTACTATATTGAAATCAGGCTCTTAGATTACATATGATAATCAGAGTAAACGATGATTCATTTAATTCGTGGTTTCTATTTTTACTGCTTTATGTATCTTGAAAGTGTAAAATATTTGCATTTTCAGTTCTTTATTAAATTATAGTATTATATCCAGGATGCAAGTCACTTTGGTTAGACTTCAAAGTTTTCAAAGCCAGTTTCAATTACATGATTGTAAAATTCTGCATTAAGTAAACTGAAGAAGGAAACTGACTTGTTAAAAAATATTAATGTTGCTTGATTTAAGAAAGAAAATACTAGCAATATGGTATAGGCCAACTGTTTTAGAATCTCTGAAAGACCTTTTTTTAACAGAAACATCAGAAAAAAAGAGGGTGCTCCTTTTTATTCAGAAGTCCTTAAGGATCTTTGCTTCCAACGTTCCGTAACTTCAAAGGATTTTCAGCAGCCACAGTAAATGCTCAATTTCAACCTGTCTCAATTTCACATTTTACTTTAAAGAAAACGATCATAGAATCATAGAATGGCCTGGGTTGAAAAGGACCACAGTGATCATCAAGTTTCACCCCAACTGCTATGTGCAGGGTCGCCAACCACCAGACCAGGCTGCCCAGAGCCACATCCAGCCTGGCCTTGAATGCCTCCAGGGATGGGGCATCCACAGCCTCCTTGGGCAACCTGTTCCAGTGTGTCACCACCCTCTGGGTGAAAAACTTCCTTCTAATATCCAACCTAAACCTCCCCTGTCCCAGTTTAAAACCATTCCCCCTTGTCCTATCACTATCCACCCTCATAAACAACCGTTCCCATTCCTGTTTATACGCTCCCTTCAAGTACTGGAAGGCTGCAATGTGGTCTCCCCAGAACCTTCTCTTCTCCAAGCTAAACAAGCCCAGTTCCCTCAACCACTCCTCATAGGAGAGGTGCTCCAGCCCTCTGATCATCTTAGTGGCATCCCTCCTTTGGACCTGCTCCAAGAGCTCCACGTCCTTCCTGTACTGGGGGCCAGGAACAATAGAAATATGGAATGTTAATTACATTGACTTCCTTTATTTTTTTAATTAAAATTGAATAATTTTAACTTTCACTTGTAAAGTGGTGATTTTAAGTAAGGTTAGCTTATTTGTACGTGGGAAAGAGCTTAAGCTAATACCAGTTGTCAGCTGCTAACACAGTTTGTGCAGTAGTTACTTTCTTACAGATTGTTTGGTATGTGAGCTCTGGCTTTTGAACATGTAGAATCAAATTAACTGCAATGGGAAAAACAGTATTAGTGAACCTTTTCCAGTATTTTTGAGGATTCTGTTGTGTGTGTTTGTGTGTGTATGTACCTACGCTTTCTTTTTTCTTTGAACTTGAACATATTTGCTTTTAATCTGCTCTTAATCCTTTAAATTAAAAATAAAAAATCATGCATGAAATATCCAGTGTACATAAACCTCTCTGTTCTGCATAATCAAAAAACGTGTCTGAATTTTTATCCTTCTGTGTAGTATTCATTTTCTTGTGCTAAAGCTGTATCTTTTTGACAAATGTGCTTTTGTTCATCTAAGCAACTATTGCAGCTCTTTGATTCCATGGTAATAGATAGGGTTTGTATGATCCTGTTATTGCAGCTTCCAGACATCACTCCAGATCCACTGGTGCCCTCTACGCTCCTGATGCTTATGGGGCTACAGGTGAAGGATGAGTACACTTTGCTGTCATCTGTGCAGTCATCCTGGATTTTTTTTCCTTCACCCACCCACTTGGTTATCCTCATAGTTCAGTTGTAAAAAGCATTATTTACATTAATTTCCGTTCTGTGGTTTTAATAATCCTGATAGATGTGTTTGTGTTACTAGATTTTGTCTCCACCTTCATGCCCCAGTGATAATCTTTTCCTTCCCTAACAACAGTCACTTTATTTTTTCCTTGCAGAGGATTTTTTAGTTTTCCATTTTTTCAGTATTTGTAGCGCATTCCTTATGCATGTAGTTTTTTCATCAGTAGTCTCTATGACCTTCCTATTATTTTTGCTTTCCTTTGAAATGAAAACAAAAACCCAAAATGAAGATGTTAAACAAACAAACCAACCAAAAAAAAAACCAAACCAAAAGGGCACTACTGAGTTCTTTTAGTTGAAGTATTTCGTCTGTTGTTGTTTTTTTTTTCTTCTGTGATACTGGAATAGAATCTT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Seq C2 exon
GTACCAGCTTTGGAATTAGTCAGTCGAGTAGATTGTCCTCGTCAGTTAGCGCTATGAGAGTTCTGAACACGGGTTCTGATGTGGAAGAGGCAGTAGCAGATGCTTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011995:ENSGALT00000019569:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]