HsaINT0035762 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000163539 | CLASP2
Description
cytoplasmic linker associated protein 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:17078]
Coordinates
chr3:33617661-33623420:-
Coord C1 exon
chr3:33623313-33623420
Coord A exon
chr3:33617768-33623312
Coord C2 exon
chr3:33617661-33617767
Length
5545 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTACGT
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
TCCTTCTTTTGATGAATTAGGTC
3' ss Score
7.07
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCGAAGCAGTCGTATTCCTCGACCAAGTGTGAGTCAAGGATGCAGCCGGGAAGCTAGTCGGGAGAGCAGCAGAGACACAAGTCCTGTTCGCTCTTTTCAGCCCCTCG
Seq A exon
GTACGTATTCGGGCAGGTGTTATGTGCATTGCTTATCCATGGTGTTATCACTATCTGTTAACTTCAGCATACCTGGGATTTAGCTTTCTTTGTCGACAGATCTTTCTCTCTACCCCTTTTCTGTCATTTTGAGGAAAGGAAATTACATGTTTGGGAAATTCCTTTGACTTGATTTACATGTCTGAAATGAATATGTTAGTCATTGTATTAACAGATTGCCTTCATAATCAAGTAAATGTCACACAGGTTTAAACTTCAGAATATTGAAGTCTAGATCTTTCTTAACAAGTAAACCTGCAAATTTAAAGATATTTAAATATTTAATCTCAAGTGAAATGCGGACTAGTTTGATAAAATACTTTTGTCTTTTTCAGCGGAAATGTTAACATTTCAGCTTAGATCATTTAACTTAGGTTACTAAAAAGAATGCCACAAAATAACATCTGAACTACTTATTAATGGTAGGGATTAACATTTTTATAATATTTTACAGTTTAACAGTCATTTCCTATGAGCTAATGCTCTTGTCACTGCGGTAAAACTTGTTTGTCCCCAACTGTATTGTAACCTTGATTGTAATACTATATTTACCTCAATTATAAAAATATTAAATGATTTTTTAAACATTCAGTATTAGGATAACTGGAGAGGTACAGTTTTGTATGTACATTGAGAATCTTTAGAATTTCTGCGTGATCCTTCAGCATTTTAACTAGTATTTTGTTTAAATGCACAAGCCTGTAGCCATTTTAGATTTTTTTTCTTCTTTTTCTTTTTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCACCCAGACTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCTGGGTTCACACCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCTGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTTGTATTTTCAGTAGAGACGGTGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCGCCCGCCTCGGCCCCCCAAAGTGCTGGGTTTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCAGATTTTTTTTCTTTAACACAGTGTAGTTTACTGTAATACTTAGAAGGTTGCTCTTTGGACTTTGGAATGCTCAGGGAGAACCTAGTTCTACTTATCCAGTGGAATTCTTATTTCCTCAGATACATATGGTAGTATAGAATTTCTTTCATTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGAGGTGGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTTCCAGGTTCAATCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCCACCACCACACCCAGCTAATTTTTCTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCATGATACTGGACCAAGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTACCTCGGCCTCCCAAAGTGTTAGGATTACAGGTGTGATCCACTGCACCTGGCCAAGAATTTCTAGTGGTTAATTTCTCATTCTCTGGGCCATTTGGCTCAAATATACTAGGCTTTTTTGTACTGACCTAGAAAACCCCATTAAAGCTAGAATCACAGGAATATGCCCAACCCTTGTTTGTGTTCCAGCCCCAGGTGCCAGAGAGTTTCCCTCTTTCTTTTCCCTCTGTGGGGAGGTGCCAAAGTAAAAAGAACTGTTCCACATCACTAAGGCTGTGTGTGGCAGGTACTTTGTCAGAGATATTTTTAGTTCATATGCAATAGAGTTAGTCTGCAGAATGTCTGTATGTGTGCATGTGCATGCGCATGCACATATACGTGGTGCATCCTCATGGATATACATTTAAAGAAATGAAATAAATCCTACATGTGTATAAAATAATCATCCTACTTTCAGGAGTGGAGGGAAGTGGAGTTGGGTGTGTGGTGGTTTAAGAATGTATATCATAGGGTCAGGTGGCCTGGGTTCATTCCCCAGCTACGTAACCTTTCTATGCCTGAGTTTCCTCATCTATAAAACAAGGATAATAATAGTGTGTACTTCTTAGGATTGTTTTGGAGACTCATAAATGAGAAATACGTGAAAAACTCCCTCAAGGCAGTGCTTGACACATAATGAGCACTCAGTTATCATGGTCATCATGGTCATCATCACTGCTACCACCACTGCTGCTGCTATTACCACTCTACCTCTTCCCCCTGAAACTCTAATCACTTACCCTAGAAACAGTTAAATTACACTTCAGTGGGAAGGATCTCAGATTTCTTAATGGCACCTGCATTTATATAATGTTGATATTGCACGTTCCTAGAAAACATATCAAGAAGAAACCAAAATGTGTTTCTGTACTTTGTAAACCTGTACAATAGTTAGAGATTAGAGGACCTTTATAATCTACTACTAATTACTGTGAAAGTAAACATTGTTTAATATACCAGTTCTTAAAGAAATATTTTGTCTAGTCATTAATATTCTAGTTCATCTCAAAGCTTCCATTTGACAATTTAAAATTACTTAAATTTTAATATTAAAGGAAACAGTTTTCCTGATTCTCATGAAAGTTCCTATTTGCACTGAAGATGACTAAACCTTTTAGTCATAGTTTTAGAAGAATTGGCTTTTTTATAGCCATTTTATTTACATATGGGTACTGCATAGCAAAGGCAGCAGATTAGCCCTGTTTGTTTTGCAGGGATGAAAGGTAGCATTCCCAGAGATTAAGTTGTTCTTGCTATTCCCATTCTCTGCTACATTTGCCTACATTCTTTGGTCCTTTCTATTATTTGTTTCTTTGGTGGAATCCCCTTGTTGCTTATGGCTGGATATTGTTATTCAGCAGATGAATCACAAGTTTAGCCTGAGGGCCCTAAAGCATCAGAAATAAATTAGAGCCGAGCAAAGTTTAACTTCTCTGGAACTTGCACCTTTAGTTTCCATGTATTTCTGGAACCAAGATATTTCAAAGGCTTACTTTATTTCAGACACCTATTATCTTCAAGTCACAGATAACTATTGATTCTGTAAAGTGTTTCAAAGATTTTTGTCCACTAGACATTTTTAAATTTGTTCAACTCCTCCTCATCATTTTAGAAATTATTTCTGTTAGGTAAAATTAAAACTAACAATGTATTTTAGTTTATTTTTCTAATGATACCAGTCACCTTTCGGGGCTAACTAAACATTTTGTGCAGCATTCTCTTAGTTTACATCCTCCTTTCTTTCAGTCTTCCTGTTTATTAAGGCTGTCCTGTAGCAAACAAAAGAGTGACTCATGTTAAAAGTATTTTAACTGCTCTAATATATCTGAGGAAGAATAACTTTCTAAATTAAAGTAATGTATTTTATTAAATATTAAAATGCATTTTTTGGCTATTCATTTCTGTATGTAAAAGAAAAGTTAACTTTATGGTGTTATGCAAAATATGCTAAATTTAGATTTTAGAGCAATATATAGGGAGATATGTCACAAATTTCTACATTTTGGTTAAATTATTAGTATTTTTTTGTATTCAAATGTGCCTTGATATTTAAATAATATACTGAATGCAGAATTTATGTTATGTGAACCATTATGGAAAATGTTAATGTTAACAAAATGAGGTGTATTGACTTTTCAACAATGTAAATTAAAGATGGTACATCTACTGTTTAAGGGCAGAGGAATTAAAAGAGTATAGATACTGAAATGTATCACTTACTAGTAGTGTGGCTATAATCAAATTAATTAATCTCTCTCTAGGCTTTAGCTTCCTCATCTTAGTTTGTTCAGGCTACTGTAACAAAATAACATAGATTATGTACTTTTAAATGACAGAAGTTTATTCGGCATGGTTTGGGAGACTAGGAAGTCTAAGATTAAAGAACCAGCAAATTTGGTGTCTGATGAGGACCCATTCCTTTGTTCACAGATGATGCCTTCTCATTGTGTTTTCAAATGTTAGAAGGAGCTAGCTAGCTTTCTGGGGTCTCTTTTGTAAAGGCACTAATCCCAGTCATTAGGGCAAATTGGCTCCTACAGGCCCCACCTATCTCCTAATACCATCACCTTGAGGATTAAGATTTCTACATATGAATGAAGCAGGTGTTGTAGAAGGTCAGTCAGTTAGACCATAGCACCATCTGTAAAATTGAATAGTAATTTACTGCCTCATTGGATGTCAGGATTAAAGGAGATAAGATTTTATTAGTTACTAGTTACCATAGTGGTTTTTTTTTTACACTATAATGTTCGTTTTTTTGTTTCATGCTTGTACCTTCAACATTTCCTTCCATTTGAATACTTCTTTTGTCTCCTGTAGGCCTGTCTGTCCACTTAGGTGTAAGATGTGTTTTTGTGTCAGGAATGATGGTGCAATGCTAATGTTCCATTGCCCTATTTGGCAATACTCTGATCATTAACTATAAAGAATAACACCAGTGTTAACTAACTCTCCTTGCCTGACAGTAGTGCTGCCACTATTCCTTGTTTCTGTGGTAATAGATGAGGTTTGTATGGTCCTGTTATTCCAGCCTCCAGACACCATTCCAGATCAACTGGTGCCCTCTACGCCCCCGAAGTGTATGGGGCCTCAGGTGAAGGATGAGTACATTTTCACTATCATCTGGCATTCATCTCAGATTTTATCCTTTTCAGTTTCCATTAAATAATATTCATGTTTTAAAATTGATTTTTTATTATTTAAATTTAATTTGTTGGAGAATAAACTTTTTTTTTCTTTTCTCCCAAGTAACGTTTTCCCCTTTAGCAACTGTATTGAGCATTTTTCTCACTGGTATATGGACATTTTTTTGTATAACCTGTTGTGTCATTTTTAAATATAGAATTGTTTTTATGTTCTCATCTTTGTATATATGTTTAAAAAAAAAAAAACCAAAATGGTGGATGAAGTGTTTTAATTGTAAATGATGGTATAGAAAGCAGTTGAGGGGGAGAATTCATCTCTGGTTTGTCTC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Seq C2 exon
GTCCAGGTTATGGGATCAGCCAATCAAGTCGACTGTCGTCTTCTGTTAGTGCCATGCGAGTCCTGAACACAGGTTCTGATGTGGAGGAGGCGGTGGCAGATGCCTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000163539-CLASP2:NM_015097:23
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=1.000 A=NA C2=0.981
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)