GgaINT0100230 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006652 | DIP2C
Description
NA
Coordinates
chr2:9936073-9943822:-
Coord C1 exon
chr2:9943712-9943822
Coord A exon
chr2:9936197-9943711
Coord C2 exon
chr2:9936073-9936196
Length
7515 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
TTCATTTTGACTTCTATCAGGAT
3' ss Score
7.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAACACTTGTATTCCCTAACAATGATCCTGCTGCTTTCATGGTAGCATTTTATGGCTGCCTGCTTGCGGAAGTTGTCCCTGTCCCTATTGAAGTGCCACTTACAAGAAAG
Seq A exon
GTAAGGAACCAAATTTCTTCTCTATATTGCATTTTAAAGCTTGCCAGAATGAATCATGACCGAGCCTAAGTTTTGAGTGTATTTTCGTGGTTAACTAGCCCTGAATGTACAGCTACAACGATAGTGTTGTGTGGTGAGTTGTATATAGTTCCTTCTTTTTTGTGATGGCAAATCTCAAGATGTGCCTGCAGCTTCAGCAAATGCAGGAGGGCTGCCTGGGAAAGGAGAAGAAAATTTTGCAAGAGAACAGCTCTGCCAGCCTTACATGGAATAATCTTTGCAGCCTCTCTAAGCATGCTGATGTTGGCTACTGACAAAGAATCACTGGCAGCAACTGCTGATTTTCCACCTGTCCCTGCAACCAAAGCTGTGTTATAATGCCACCAGCTCTGTGTATGCAATTTCAGAGCATTTAGGGAAACGCCTTCTCCTGTGTCTGTATCTGCATTTGTATCCTCAAGCTTCTGTCACCACTGTCATCTCTGCCAAGGGTCGCCTTTGAGCACAATGAGTTTGGGAATTCTCGTCACAGAGCCAATTCATAACCAAAACTGACCACAGCAAAAAAGCTTCTCAGATGCAGCATTGGTCCAGATTCCACTGTTAGTGCTTTTGAAGGTGTTAGCAGTCAAGTAGGGCTGTTTCAGATTGAAGATATGCTTGGGGGCAGTGAGGGGAGGGGGCTCAGTGGTGTAGGTGAGCCACAGCTGGGAAGCTTACGCTGATGCTGATGAATATGCATTTTTTCTGAGGATGCATACATTTGAAACTATAAATATAGCAAAATATATTTATCTATTTATTCCAAGCCTTTTTTGTCATGTCCTCTTAAGTTTAGCATGGCTGGAAGCAAAGTTTGTTCTAAGGTTCTCCTAAATATCCCTTATGTAATGCCTTTGTTCTTAGTTAGCACTAATAATGCCTAACTTTAATAGTTTGGTCTGGAATTGTCCATGCAAAATGTGTTCTTTAATCCACTTTGAGGTATAAGCTAATGCTAGTTAATTTGTAAAATGTTATAGGTCCACTCTGAGGAGTGGACTTGACTGTGGAATGATCTTAGCAGAAACATGCTGCATTTGCATCATGCTATCACCATGCTTTCACATTTGAGTGCATCACTTTAAGGTAATTTGAAGTATTAACATAAAGTGAGCATTATTTCTATAACGACCAGAGATTTTACATGCATCAACAAAATAAGGCAAGTAGACTGCATACATTGGAAGGTCATATAGAACATTCACAAAGGAAGCTCTACTTTCATTCCACAAAAAAGAAGCAATGTGTCTTTTAGGGATAGAGACATCTAGTATGTCTTTCCTTGTTACTTATTTTCCTAAGTATAATCGCATTTTAAAAGACATGGATAGATGTAAAATGTATTTATTTTAGAACATCTGATACCATATCCATCCAGTAAGCTATAAAATCCAGCTGTCCAAGCAACCTGATCTAGCTGTGCATGCCCCTGTGCATTGCAGGGAAGTTGGACTAGATGACCTTTAAAGATCCCTTCCAACTCCGAGGATTCAATGATTCCACAATGAAATACCCTATGTCGAATTAATAACTTACCCTAATTTGGCTTAACCCCGTGTTTTTCTTTTAATATGTGCATATGTATATGTATAAAAATAGGCACTTTCACGTGTAGATACATATATATTTATATAAGGCAATAACTACAGACTCGGTCTGTTTAACTATTGCCAGGATCATTCCATAATGTTTAAATATTGCATCGATAAAACAATAACAAAGATGTCAGCAGTATAATTAAAAAGCAACATGATATATCATCTATAAATAAAACTATGCAATCTCACAGCATATACTATTACAAATATTCCTGCATTTGTTTATATGGAGCAGGAACTGGAGTGGAAGCAATGAGATGAAAATCATGTTCTGAGTAGTCCCAGAAGGAATACCTCTGCTTGGTCAAATGGCAGCAGATTGCTTCTGGCATCCGTGGGAAGATGTCATTTGTGTCATCACACGATGGCCTAGGCTGTTCTTTTATAACTTACCATCATTTGTTCTCTTTTCTTCACACTTCAGTAAGTTCTGGCAGTGTACATTTTTTGGTTTGTGTTTTGGAAAACAAATGCAAACCAACAAGTAGACCAATAATTATATTATAGACTATACAGCCAATACCAATACCAATAATTATATTATAGGCTAATACAGACTTACAAAGTAGCAAGTCGATGTAGATGAGCTATTTCAGGGAGTTATATTATGAACTCATCTTTAATATTAAGAACGTGAGTTTATAGCTTTAATAGCTATAGTAGTAGCTTTAATAATGTTCTGCATTTTCATAAGGAAGAGTTTTTCACAGCTCTTTGCAAATGATGCTCGACAATTCAAAATTGAGCAATAATATTTGCAGCCAGGTAGCATTTTTGGCTTATGTATTACTTTGCAGGCATCTATGCACATATGAAAGTAAAGCCTGCAGCCCAGATATTTTGTGTGTATTCCCTATGCATCATGAGTGTAATTTCTTTTAGCTTTTGACAGTTTATTTTCAGGTTCATTACTAGCTGAGGGTCCATCTCATGCTCTTTCCTTCTGTATCACATCTTTGTGCTGACCTAGAAATAGTTCTCTGCTTCCCCAGAGAACTTCAGGAAATGTGTCTGACATGGCAGCTGGGATGGATTGCCTGGATTCCCAGCCACCACGTCTTCAGTTTTGTTTATTCTCAGAACACTTCCTGGTCTTTTGCAGGGATCCAAGGGTTGGAGTTCGTGTCAGCATGGTTTGGGCTCTTTGCAATCAGGAAATCAGATCTAAAATTAAAAACTGCAATCCCAGGCTTTTTTTTTTTTTTTTACATGAAGACTTACTCTTTATTCTAGATGTATTCAGGCATTCGACAGTCATTGTAGCAATGGAATAAACATCGCGTTTTATTTTTTAATTTAATTCTGTCATATTTATTTAAAAATACGTTTCTTATTTCTTTTTCTTCAGATTTTGCAGGATATATTTTTTTCCATTTGATGGGCACCATGAAAGTTGTTATTCTGCTACTCTGATACAGCCAGGGGAGTTAATCTGTTTTAATCTTAAAGTAACATTTTTGCTCTCCAAGCACATTCGTAATCATGCTCAGTCATACGCTATGAATATATGAATGGTGTTCCCACAAAGATCCTTATGGCCTTCTTGTTGTAGGTGGTGAAGATTTGTAGCAGGTGATGACATGAAAGCATATAAAAATCTATTTCTCAGTCACTGTTCAATAGCCTGTTAGGCTTGACGCTAATCGTGCTTCTCCAGATGCTGGCTGACAACACGATTTTAAAGTACACTTGCTTATTGTCATAGCAAATTTGGTGATGCCCACTCCAGGACAGTTCTTTTTTTTAAAAAAAAAAAACAAAACAAATGGATGTTTTTTGAAGAGTAAAAATGGTATTTCAGGAGCTCTTTATAGTAATCCTGAAAACTTCAATTATTAAAGCTTTAACAGCAGCCAGAGGGTGATATCTTTTTAGAGAGGGTGAAGTTGCCCCACTCTTTCATTTGACAGCAGGATTTTATTCCAATGGAAATATGCCTCAGTGTCCTTCCTAGTATTCAGACATCTTCAGGACTTGAGATATAATGTGTTTCTTCTCTGCTTTAGTTTTTTGCGCTGTGTCTGATATACTGCTATGTATACAATTCTGTATGCAACGTCTTTTGACAATGCACCTTCCTCCACTGGATGTAAAACATGCATCAATTGTTATATTTTTCCTTTTGGTGGCACAGCCTTCCAGCCCCAGCTTCAGCCCCAGCCAAACCCTGGTGAACTCTGCTGGAACTGGATCAGCACTGTGCCCACCCCCAGCTCCCCATGTCCTTCAGCACTCAGGCACTGGGCACAGGCCCTTGCTCAGCTGGCCGCCACAAATCTGTGGTCCCTTAGAGTCTATACGCTACCAAGTTTATTGGTAGCATATAAAAATTGCTACCAATTGCTCTAGGAAATTGTAATTTCCTAGAGAAAAACAACATCTAACATTTTTGGAGGAAGTCTTTCACTCAGAGGTTGGTGACACGCTGGAACAGGTTGCCCAAGGAGGCTGTGGATGCCCCATCCCTGGAGGCATTCAAGGCCAGGCTGGAAGTGGCTCTGGGCAGCCTGGTCTGGTGGTTGGCGACCCTGCACATAGCAGGGGGGTTGAAACTCGATGATCATTGTGGTCCTTTTCAACCCAGGCCATTCTATGATCCCCTGCCAGAAATAACTGTTGTCCTGCTTTTATTAAGACTTTTGGACATAAAGACCACTCGTAGTTGAAGATTTCACATGCAAATCATAGCCAGATAGCAAAGTGCTCTCTCCGATGAGACAGCTGTTTTCTTCCTCTTAAAGCCAGATGTGAAAATTGCATCTGCTTTGTGTTTAATGTTTTATTAACGTCTTTGATGGTTGTATGTTTTAAATGGAGGGTTTCCTCGATTCGTTTTCACTTTTGTTTCTGAAGTGCTGGTGCACCAGAAGGATGCCCTGTTTGTTCTTTGCCAACAAATGCTTGTCAGAGTAAAGGCAAATGGAGTTCAAATAAGCATTGTAATAAAACACAAGATTAGTTCAGTTTGCAGTGTGTTGCCTCATTTTGAAACCAGTCTGGAACATGAAGTGGACAGGAGTAACTTTTGTCAGCCCAGCTTTTGCATTGGCTGTCTCTTCCTTCCTTCCTTCCGTATTAGATAAGGACGTGTGCTCTCACTTGCAGAGTGGAACATAATTGTTTTCCTTCACACAAATCCTCTCACAAAGCGTTTCAGAAATGACATTAACTGCATACTGAAATGCAGCCACACGTGGGATTTTTTTTATCCTGACAATGAATTATTGCTCTCTGCAACAGCAAGACAATTTGCCTCCAGGTAGTGGTGAAAACCTTCAGGGAACCTTTAGTAGAAGTCTTTAGAGAACTTTGAATGGCTGCCTACAGCAGAGAGGGATTCCAGCTTGCTTCATCTGAAGG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Seq C2 exon
GATGCAGGAAGTCAACAGATAGGCTTTTTGCTTGGAAGCTGTGGAGTCACTGTGGCCTTGACAAGTGACGCATGCCATAAAGGACTGCCTAAAAGCCCCACAGGGGAGATACCACAGTTTAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006652:ENSGALT00000010760:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.054 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0050123=AMP-binding=FE(7.5=100)
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=FE(8.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]