GgaINT0100454 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016083 | Q70UN6_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr2:136962014-136989948:-
Coord C1 exon
chr2:136989782-136989948
Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
27637 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
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3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016083:ENSGALT00000025915:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]