MmuINT0014998 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022309 | Angpt1
Description
angiopoietin 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:108448]
Coordinates
chr15:42438275-42459833:-
Coord C1 exon
chr15:42459667-42459833
Coord A exon
chr15:42438406-42459666
Coord C2 exon
chr15:42438275-42438405
Length
21261 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGC
5' ss Score
8.89
3' ss Seq
TTCTTTCTGTTTTACCGCAGGTT
3' ss Score
11.31
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTATATTTAAAAGGTCACACAGGGACAGCAGGCAAACAGAGCAGCTTGATCTTACACGGTGCCGATTTCAGCACGAAGGATGCTGATAACGACAACTGTATGTGCAAATGCGCTCTCATGCTAACAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022309:ENSMUST00000022921:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(25.6=100)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(20.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types