GgaINT1006101 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016083 | ANG-1
Description
angiopoietin-1 precursor [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001186376]
Coordinates
chr2:130962708-130988805:-
Coord C1 exon
chr2:130988639-130988805
Coord A exon
chr2:130962839-130988638
Coord C2 exon
chr2:130962708-130962838
Length
25800 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
GTTTTCTCTTGCTGTTTCAGGCT
3' ss Score
11.02
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016083:ENSGALT00000025915:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(25.6=100)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(20.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]