HsaINT0007973 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000154188 | ANGPT1
Description
angiopoietin 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:484]
Coordinates
chr8:107264221-107284848:-
Coord C1 exon
chr8:107284682-107284848
Coord A exon
chr8:107264352-107284681
Coord C2 exon
chr8:107264221-107264351
Length
20330 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGT
5' ss Score
9.66
3' ss Seq
TTTTTTCTTTTTGACTTCAGGTT
3' ss Score
9.98
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGTATTTAAAAGGTCACACTGGGACAGCAGGAAAACAGAGCAGCCTGATCTTACACGGTGCTGATTTCAGCACTAAAGATGCTGATAATGACAACTGTATGTGCAAATGTGCCCTCATGTTAACAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000154188:ENST00000517746:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(25.6=100)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=FE(20.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development