GgaINT0102642 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007928 | MLLT10
Description
NA
Coordinates
chr2:17851932-17868078:-
Coord C1 exon
chr2:17867900-17868078
Coord A exon
chr2:17852050-17867899
Coord C2 exon
chr2:17851932-17852049
Length
15850 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAC
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
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3' ss Score
10.66
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GCAAACACCCTACCTGGATCATCTCTCAGTCTGCCTCCATCCCATATGTATGGCAATAGGCTGAATCCAAATTCAGCAATGGCAGCACTTATAGCTCAGTCTGACAACAGCCAAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007928:ENSGALT00000012873:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.650 A=NA C2=0.850
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]