RnoINT0092921 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000022249 | Mllt10
Description
MLLT10, histone lysine methyltransferase DOT1L cofactor [Source:RGD Symbol;Acc:1310874]
Coordinates
chr17:84956892-84966172:+
Coord C1 exon
chr17:84956892-84957070
Coord A exon
chr17:84957071-84966054
Coord C2 exon
chr17:84966055-84966172
Length
8984 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
GCTTCTTTCTTTTTGTTTAGGCA
3' ss Score
9.16
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATTTATAACAGCAATGATGTAGCCGTTTCCTTCCCAAACGTGGTGTCTGGCTCAGGATCGAGCACTCCCGTCTCCAGCTCTCATATACCTCAGCAGTCGTCTGGGCATTTGCAACAGGTGGGAGCTCTCTCCCCCTCGGCTGCGTCATCTGTAACCCCCGCTGCTGCTACAACTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCAAACACCGCTCCTGGATCTTCTCTGAGTCAGGCACCGGCCCATGTGTATGGCAGTAGATTAAATCAGAATCCATCCATGGCCGTTCTTATAGCTCAGTCTGAGAGCAGCCAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000022249:ENSRNOT00000034157:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.790 A=NA C2=0.844
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]