MmuINT0099329 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026743 | Mllt10
Description
myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia (trithorax homolog, Drosophila); translocated to, 10 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1329038]
Coordinates
chr2:18107845-18118327:+
Coord C1 exon
chr2:18107845-18108023
Coord A exon
chr2:18108024-18118209
Coord C2 exon
chr2:18118210-18118327
Length
10186 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
TTGTGCTTGTTTTCATTTAGGCA
3' ss Score
9.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATTTATAACAGCAATGATGTAGCCGTATCCTTTCCAAACGTGGTGTCTGGCTCAGGATCTAGTACTCCTGTCTCTAGCTCTCATATACCTCAGCAGTCATCTGGTCATTTGCAACAGGTGGGAGCTCTCTCCCCCTCAGCTGCGTCATCTGTAACCCCTGCTGCTGCTACAACTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCAAATACCGTTTCTGGATCTTCTCTCAGTCAGGCACCAGCCCATATGTATGGCAGTAGATTAAATCAGAATCCATCCATGGCAGTTCTCATAGCTCAGTCTGAAAGCAGCCAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026743-Mllt10:NM_010804:14
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.783 A=NA C2=0.850
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs: