GgaINT0108931 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012890 | DGKI
Description
NA
Coordinates
chr1:59591190-59600308:+
Coord C1 exon
chr1:59591190-59591289
Coord A exon
chr1:59591290-59600212
Coord C2 exon
chr1:59600213-59600308
Length
8923 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTAGGT
5' ss Score
4.15
3' ss Seq
GTTTAACAATCTTTTCTTAGGAA
3' ss Score
7.2
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCAGGTCAGGCCTCCAGCACTTGGCTCCTGTGCATTCCCTCAACATTGCAGTCTCCAATGGACCTGTGAAGGAACCAAGGGCAGCCTTAGAGTGGACT
Seq A exon
GTAGGTGTTTGTTTCTATGGCAATGTATCTCTGGCTAGTGCTCCCTCCAACCTTAAAACAACATTAGACGTTGCATTGCTGTCAGAATTAGTGCTGGTCATTAGGAACACGCTTCCATTATGAAATCAAGCAGAAGGCAGAGACATGATAATGAGCAATGACTTGAGCAGCACTGGGCAGAGCTGTTTGGACTTTCCAGTCTTGGGAACTGTCTGGCTACATTTGCTCACTGCCTTCTTGACAAGGACTGCTATCCAATGGTGATTCAATTTTAATGTTGCAGGATTTTGTAGTTTTGATTTATGGGCCAAAATTTAAGGCTGAGCATTCACACTGGGTTGACTGGGTCTGTGGCAACATTTGCTCACAATGCTTTGCAAGCATGGCAGAACTTCTGGGCCCAAGCTGGGCTGGAGACACAAAGCATCTGTTTCTTTCCCCAGTCTTGCTTTTACTTCTGTTTTTGGACCAGTTCAGAAAGGGCTGGTAATGCATTGTCTGCACCATCTAATGTGGTTATGTGTTAGTGCATGTCAAGAAATTGATCCTTAAGCCAGCAGGTGGAAAAAAAAAAAAAAAGTCCCATTTAAAGCAAAGTATGCAGTGGATTTTTACACTGGGCTCTCAGTAAGGAGCTGGCATTAAGCCAGCAGTCACCCATCTGTCCTTTGGATAAAGACAACTTCTGTTTTGATGAGTATGGCTTATGGTTCATCTCAGATGATTTTTATACCATGACTGAATGGCTTTCTAGATGGTGTACAGCTGTAACATTCGAAGTTTAATGGGATAAAATTTTACAGGCTGCATTGCAAGAAACTAGTTTGGATTCAGTCTGATTTTCTACATTATAGTAAAGCGGAGTGTGTTAGAATGAGTTTGAAAGCACACATTAAAGAGCTTGTGTTGAGAATATCTCGATCTTTATGTGCAGGAAACTTGGGTCCTGATTAAGCAAGGTGTTAAAACACATGCCTGCTTTCAGTGGTCTAGGCTTTCTGAATGATCCTCCAGATATCTGTTTCTTCAGAACGCAGGCTAAGTTAAACATCTTTTAAAATTGTAATAATGATAATAAAAAAACCAACAACAAAACAAACAAACAAACAAAAACCCTGTGAAATCCCACAATTTATCTTTCTTAAAAGTGACATTCTTTGCTACTGATTGAAGAGGTGAGGCAACACTGCGTCATGTGGGGAAAGGGATGTGAGTGGAAGACCTCTGAGGTTGGGAGGAGCCAGGACTGAGCAGCTGTAGTAACTCATGAATGCAGGGGGGAAACAGGATTTCTGCAGATTAGAGATGCAGCATGAGTAAAAGAGAAGGGGTTTGGAGGTGTGAAGAAGATAAAATGGATCAAAGTTTATAATGGGTAGTGAATATCGATTAAAAAAAAATAGTAAGCTTTAAAAACTGATATTTATTTCCAGGTGTATATTTGGTAGAATGAATGGTTTCTTACATTAAGATGTATTAGAGCCAGAGAGGAAGTCTTTGTAGTGAGTCACTGGAAGGTAGAATTAATCAGGACATGTTGCATCCCAGTATGTGTAAGCCTTCAGCATTTCCAAGATGGTTCTCCAAGGACCCATGATGGGAGACCTTTCCAAAGTTTGATGAAATTTCCAAAGTTCCAATGAACAGAAGTTGTCACTTGAACTTACAGTAGGAGATGCAGTAGAAATCTGTCCTTGTTGCCTTCACAATAGTAACTGGAAAGAATTTCCTGGCTATAGTCTCCATTTTTGGTAACTTTTTGCAGATGATTTGCCATTATCAGACGGCCTTGTGAACAGGACGCTATTCAGGGAGTGAGATTTCTGTTTCTTGCTCTGCCACTGACCTTGTGAGTTAGTTCAGATTAATTGTTTTGCCTTTCAGTAAACCAGCCTATTTAGCTGTAGAATGGAGGTGATAATTCTGGTGTTTTTTAAGACCCTTTACATAAGAAAATACATATTTTAATGTTGTCATAACTGTCTGTCATCCCTGATGCTTGTTTTCTCTTACTTTCAAATACTCAATTTCATCCTATTTTCTACATCTAATTCAAGTTAACTTGTAGCTAATTTAGTAATATTTATTCACAGCAGAATCTTACAGAATATATTTTCAGGAGTAAGTGATGCTATAGCTACAAAGCAATGCAGAAGTTGCCTTGCCAAAAGGATCCACCTTGAATGCCAGTCCCTGTGATATATTTGTTATTCTCAGCCTCTTTTCTCACCCTCCGCCAATTCAGGCAACACTCCTACATGTTAAATGATGAAATAAGCAATTCTAGCCCAGATCCTCAAATAAGCGCAGGCCAAAGCACCTCATATAGTGCATGTGTACCACTGAGGACCTTGATCTTTCTTTATTTTCATACTGCCACATTTTCCCAAGAAAATAACCATAACTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGAAGTCATCCTGTATTTCCATTTTACGTATTACCTTTTTTAGCTTCTGGTACCTACAAAAATCTTGACAGCCACTAGGAAATTAGTGTGTTGAGCTTCCTACTGGCCAAAGCTGTCTCATTATTTTTTTGGTTTTGTCCACCGTGTATTTGTCTGATGATGCCAGTCTCTTGTTTTCTCATTAGTAGGTGTTTATGGCCTGTGACCACACAGTCTTAGAGCCCTAGTTATGTCTCTGAAGGGATATCTGAAAATGTGCAGCTTTCATTCCTGGAATTCAGTGAAAAAACTTGAGACTGATCTGTTCTTTAAGAACTATTAAAGCACAACTGAGTTATCTAGATGCAAGCTGAGTGTTCTTCAAAGGAGAGATATTATAATTTTGGACAAAAAATTATACATGTTAAAAAACCTCTGAAACATTTAGGTCTTAAGAAATAAACATCAAAGCTTTGTGATAGTACAAGTTAAAAATTATAGCGTTTAGTAATATGTGATAACAACCTATAAAATTAATTGGTTGAGAATGTCTATTACAGAGAGAGCGATGAGGTGCTGGCACAGGCTGCCCAGAGAGGTTGTGGATGCTACATCCCTGGAAGAGTTTAAGACCAGGTTGGATGAGGCCCTGGATAACCTGGTCTAGCACCAGATCTGGAGGTTGGTGGCCCTACCTTTGGCAGGGAGGTTGGGACTTGATCATCCTTGGGGTCCCTTCCCACCCAAGGCATTCTATGATTCTAATCCATTGCATGGGACGTTTTAACAGGAAAACATTTGTTCTTTCTACTAAATAGTAGAAGCTTTCAGGCTGAGATCTCTTTGGGATCATAGAGACACAGTGTAATAGCACATGCAGCTGGAGTGTCACAATGCATGGATGAAGACTTTTTTGGGAAGGTGAGGCCAGGATATTGAGTAGGGGAAGTTTTCCTTCAATGTAAGAGCAGCAAGAATGCTTGAAGCTCTGCTGTGGAATGGATGATAAGACTGTGAAGAGCTTATGGGTCTGGATTAGAGAGCAAACCAACACAGGTGATGTTGTGGTTGCCTGCTACAGATGTTATGTTTAGGAAGTAGATGTCTGAAGATCTCATTAATTGGAAGAAGCCTCATGTTTGAAGGCCAGGGTCCTCATGTGTGACTTAGACTAGTTTGATGTTTACTGGAAGAACAGCAGGACACAAGCAGTCCAGGAGGTTTCTGTAATATGATGTTGATAACTTTGTTACACAAGTGATTGAGGAGCTTGATGAAGGAAAGTGCTCTTCTGGACCTTGTATTACAAACAAAAATGAACTCGTAGGAACTGTGAAAGTCATTGGCAGCCTTGCCTACAGTGACCAATGAGATGGTGAAGTTCAGGATCTTGAGAAGAGGAAACAAAGCAAACATGGAATAGACTTGGTTTGTTCAAGGATCTGTTTGGAATTAAAATGTGTATGACTGAACAGAAGCTCCATGCGTACTTCTAAAACTTCTGAAATTTTGTGTGTGGATGACTTCTGAAACACTGTGTTCAGGCTCTGTAATTCTACATTGCCACTATGTTTTTAATGAATGTTTGAGAACTTATGATCTTCCCAGAGAGAAATAAGAGAAAAAAGGAGGGCTGTCATGTTCCAAAATGGTGTCCATTTGTATGTTTCCAGAGGTATGGAGGTTTCAGTGATATTACAGAAAGTGCTTTTCCTAAAATATTTTTTTCAATTGCTCCCAGAAGGACTGAAGTTAAGCTGTTGTCAGACAAGAAAATGTTTCATGACAGCATAGGGAATCATCATCTCAGTTGATAGCATCTAGATGTTGCTTATCCATGAAGACAAACGTTGTTGTTCTGTTTCTGTGTACAGATGATTTTTTTAGATGATAGTAACAACAACCTCCAAAGCTCAGCAGAGAATATAGGGATGGGCAATGGATGCAGGGATGTGGGAAAGCCTGGTGGGGGTGTGGAAATGAGAATGGCAGAAAACAGCTGGAGAAAGTAACAAACCACGATCTAAAAGTTGAACCTCTCTCTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTAGAAGTAATTATGCAATATCGTGATTCTGTGATGTTTTCTGTTTTGTGTTCATTACACTCATAATAATTAAAGAAAAGGTGATTTTTGTATGAAGAATTTTCTCAAAATGTGAAAATTTGTAGTTAAATTCATATGTATATACAATCAAAACAATGTTTAGGATATTATTTATAACATGAACATTACAGACTCTGGAATTCCAGAGTTCAAGGTAAAATATAAGCAAAACATAATAGAGAGGCTTTCAGGAAAAAGACATCCAAACAAACTTGTTTCTGCTCAGTAGTGACCTTGAAAAAGAAAGGGCTAAAGCTAACCATTTTTGCTTACAAATATGTTTAATTAAATTTGTGTTGATGAACACTAATTATATATTAATCATAACTTTATCACCCAAATGTGTACTTGTAAGAAGACTCATCTCTCTCACTGTAGTGTCAACAAAGGGAAAAAATTCTTCCTAATAGTTCAATTTAGAAATCTAACAGATTCTTTTTGCAAAATGCTAGTCATGACAGGTT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Seq C2 exon
GAAAATGCTGTTAACGGAGAGCATCTATGGTTGGAGACAAATGTTTCTGGGGACCTCTGTTACCTGGGGGAGGAAAGCTGCCAAGTGAAATTCTCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012890:ENSGALT00000021020:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.091 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0013017=C1_1=PU(42.9=75.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]