RnoINT0047021 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000026705 | Dgki
Description
diacylglycerol kinase, iota [Source:RGD Symbol;Acc:735049]
Coordinates
chr4:64660388-64681930:-
Coord C1 exon
chr4:64681822-64681930
Coord A exon
chr4:64660484-64681821
Coord C2 exon
chr4:64660388-64660483
Length
21338 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGTGTAGGT
5' ss Score
3.31
3' ss Seq
GGTGGGTCTTTTCCTTGCAGGAG
3' ss Score
9.14
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGAATGCTGTGAATGGGGAGCACCTATGGCTGGAGACCAACGTCTCGGGGGACCTCTGCTACTTGGGGGAGGAGAACTGCCAAGTCCGATTTGCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000026705:ENSRNOT00000033268:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.595 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0013017=C1_1=PU(42.9=75.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]