BtaINT0048624 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000019980 | DGKI
Description
diacylglycerol kinase, iota [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2855]
Coordinates
chr4:102167270-102182929:-
Coord C1 exon
chr4:102182819-102182929
Coord A exon
chr4:102167366-102182818
Coord C2 exon
chr4:102167270-102167365
Length
15453 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGCGTAGGT
5' ss Score
5
3' ss Seq
GGTGTGTCTTTTCCCTCCAGGAA
3' ss Score
11.32
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAAATGCCGTGAACGGAGAGCACCTGTGGCTGGAGACCAACGTCTCGGGAGACCTGTGCTACCTGGGAGAGGAGAGCTGCCAAGTCAGATTTGCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000019980:ENSBTAT00000026616:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.378 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0013017=C1_1=PU(42.9=75.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]