GgaINT0109129 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008309 | CCDC146
Description
NA
Coordinates
chr1:13727220-13756769:-
Coord C1 exon
chr1:13756603-13756769
Coord A exon
chr1:13727303-13756602
Coord C2 exon
chr1:13727220-13727302
Length
29300 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATCA
5' ss Score
6.35
3' ss Seq
TGTCTGTTTCTCTTCCCTAGCTA
3' ss Score
10.3
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.615 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]