HsaINT0029140 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000135205 | CCDC146
Description
coiled-coil domain containing 146 [Source:HGNC Symbol;Acc:29296]
Coordinates
chr7:76796975-76866346:+
Coord C1 exon
chr7:76796975-76797141
Coord A exon
chr7:76797142-76866263
Coord C2 exon
chr7:76866264-76866346
Length
69122 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATAT
5' ss Score
7.3
3' ss Seq
CCTTATGTTCTCTTTGCTAGTTA
3' ss Score
8.1
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF039618=DUF342=PU(14.7=38.5)
A:
NA
C2:
PF0226314=GBP=PU(14.0=50.0),PF039618=DUF342=FE(19.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)