GgaINT0111132 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010342 | OTOGL
Description
NA
Coordinates
chr1:41727045-41731396:+
Coord C1 exon
chr1:41727045-41727090
Coord A exon
chr1:41727091-41731316
Coord C2 exon
chr1:41731317-41731396
Length
4226 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGT
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
CTTTTTCCATATTTTATCAGGCA
3' ss Score
7.95
Exon sequences
Seq C1 exon
AATGGAGGAATTGTGCAGACGTACAATGATGGCTGCTGCAAGACCT
Seq A exon
GTAAGTGATGAAGGCTGCAATATGTGCTAGTTTAGCTTTGGTTTGGAGGGCTGTGTTTTTTAACCTCTTGCTGAGACAAAGATAAGGGAAAAGCATGCGGTTCCCCCCACAAATCAAATAAAATTGTTATAGTTACTTAACCACTCTTATTAAAAGTTCTTGCTTTGTTTGGCTGCTGTCTTGGTGGTTTTTAACATTATTGTTCTGGAGTATAACCAATTTCTCCAAATATAATCTTTGGAAAATGAAAAATTACATTAATTAAAATAGTGAAAAGATTACATTTATTGCTAAGTGGACTGTGAAATATTGCCTATATGATTTTCACCATGAAAGAAAAGGATTTTCTCCCCTAAAATATATTCTTAATTTGATTATCAGCATCCAAAAATACAAATTCATTCTGTTTTATCACACTATATTTTCTCAGGTCAAAATACCGTAAAACTGAAAATTGAAATAAAATATTTTTAATTGGAATCGGTTTATTTCCACTGTAGAAAATATATTGAAAACCCAAGTGAGGAAAAGTTTTGGGGAGTTGAATAATATTAAAGCTAACAACCCTTAGATACAAAATTGACTTTTTGATATCTGGGGATTCACTTTCTCTGAGTGTGTCACTTTAAAACATTCTTAATGAATTGTAATGCAAGTCTGCATGAAGTTGTCATAAGCTATGCAAGTTTAAAAGCATGCTGCAAATGCACTCTGATGATCTCTTCAGTTTTGACTATGAAAAGTTTTCTGATCGAGTTCTCTAATTATCTGTACTTAAAAAGAAAAATCTGTAATATGAAGTTAACATGAATATGAATTCATATGAAATCTGAAATTAGCTATGTAGTGCAAGACCTTGTTGAATGCCATAGAAATTACTTTCTCCCTTTTTTGACCTTTTTGTGCTCAACATCAGAATTAGAATATTCCGAATAATTAGTCTTTGGGATTTTTTTTAAAAGTAAATCTTTAGTTAACAATACTGAATAGGAAGTCTTAATATTTATGTTTATCAGAAATAGCATTGATCAGTGTTCTAGTTTCTATGCTTTGCAAAGCCTTCAAAGAGATCTGTAAGTACTGTTATAGTCTATCATATGCAAAACATAGAAAATAAAAGCTCTTTTAATAAACAAAATGCCTTCTTTTTAATTATAGTCAATAGAGAAAATTAACACATCAGAATTGTGCTAATGTTATACTTCAGAAATTCTTGCTCAAGTGGCTGCTAAAAAAAATGATACAATTTATACGATTCTATGTTATTTTATTTTTATTCTGTTTTTTAACTACAAGCATGTGCCCAGTGGTGAAGCGGATAAAAAGAGTATGTATAAATAGAGCTTGCAACACCTTGGGGTTTTAATGGGAACAAATAGTCTTTCTGGAAGAGCTTGATTCTCTGCATGCAAAGTGACTGCATATATTTAATTCTTACCTTGCCATAGAGAGTTGCAAAAGTTTGGTTTACAAGGAAGTATTCAGTTTTGTGTTAATCAGGAGAGTAATAAAGTTTAGGCCGTCTTTAGTAAGACTTGAAGCAGCTGCACCATTCCTAAATTTGGAGGACTATCAGGAAAGGTCATCACCTTTTGCTAAAAGAAAAATTGCAGTTGGCAGTGTAAGAATTAATGAAATGTCATTTATATCAACATGTTTTTTTTCCATGAGAAACTTATATTCCTAATGGTTCTGCCAGGTTCTGGATTGGGTCTATTACCCTTTGCCATTAGTCCAGTAGTGCCTACTGGTAGTATTAATTGTGAACCAGGTATTATTTTTAATAATGTATTTTCTTATTCTAGTAATTTAGTAAGCACTGCTTGTTTATATGCATATATCTGTCATCACCACTAAATGCAACCATGCATTTAATGGAATTTGGCCTGATACTGAGAGATGCTGATATCCTGCTGGTCTCCCAGATGAGTATTTTCTAAAGCTTGATCAGGGTTCACTGCTCAGCACCTGTCAGGATTAGGTTCATTGATTTACAGTATATGCTGTGGGTGGTTCTTCCTCCTGTTCATTTCTTAAATTGGTTTTAATACATACACTTACTGTACTGGGTAGCTATAACAAGAAATGATATTACTTATAAAAATATCATCATCCTAAGTAATGCTACCATGAGATTTTATGATCTTGTGTCTCTGAAGTTAATGTCTAAACTATTTTTGCCTTTAAATATAGCAGAAGTGCCCATTCCTGTCTGATCTCATCCTTGCAGATATGGATTAATGTTGTACTTCTTGTCACAAATAAAATGTTTACAAAGTAATGAAAATGTTGGGGGAAAAGAAACATACAATCCTCAAAGTATGATCATGTGTTAATACTCCTTAAAATAGAATTCTTAGTGATTATAGAACTGTTGCATTATGATAGTATTTCTTTGCTTTAAATGATAGAAAAGTTGCAGTAACTGGAGTAGGATCCCTTACTCAAATAAGGAGCAAAGAAAGCAAGCACACCTGAAACTGAATGCAGATCTTTTTGACAGTTGAAGACTGAAAAGTACAGCAGCAGGGAAGTTTTCATTAGATGTTGGTACCTCATATGCTGAAATGTCATAAAACATTGAATCAGAACCACAGAATGGCTTGGGTTGGAAGGGACCTGAAAGTCCATCTAGTTCCAAGCCCCTGCTGTGAGGAGGGTTGCCAGCCACCAGCTCAGGCTGCCTAGAGCCTCATCCAGCCTGGCCCTGAATGCCTCCAAGGATGGGGCATCCACATCTTTTCTGGGTAGCCTCTGCCAGCACATCACCTTCTGAGAAAAAATTTCTTCCTAATGTCTAATCTATATCTCCCCTCTTTTTGTTTAAAACCATTTCCCCTTGTCCTATCACTATTAGATCATGTAAAAAGTCATTCCCACTCCTGCTCTCTTTTCAGTACAAGTGGGCCACATAAAGGTCTCCCCAGAGCCTTCTTTTCTGCAGGCTGAACAAGCCCAGCTCCCTCAGCCTTTCTTTGTAGAAGAGATGTTCCAGATACATCTCTCTATGACTTGTAGAAGTACAAGGATTGCATTGTCTATGCACATTTATGCTGGCAAATGCTTTCCAATGGAAAAAAATAATAGTAATTCTTTTTGTCAAGTATTGCTGAGGGAAGAGAATCAAGATATTACAGGCAGTCATCATCTTCTAGTTTCACAGTAGAATCCTGTTTGATCCTGCAACACTCAGATTAAAATCTAGTTGAATATCTTGCTTACTCAGAGCTCACTAATCTTATAAAAGTGCACAAAAGGATTCTGGAGGAGAGAAAAGTTGTCCTTTATTTGTCCAACTAACCACACAGGCATGTGCTGATGGTGAAGAGGCCCTCCTGAACAGTGGTTGTTCTTCTATATGCTGGATGCCCAGAATATAGACAGTTTTGATGGTTACTGGAATTTGAGATCTAAGTAATTTCTGTTACACAGATATCGATACTAAATAGCCTGATAGGGACTGCAGCATGGAAAACTTTATTTCAGTATTATATTATTGTTTTTATTATGTTAAATATGGATTCGCACTGTACAGCTTTATTTTTCAAACAAAAGATCTCCTATAAGTATCTCCCAGGACGTACTGAAAATGTAGTATTTTCATAATCCTATATCCTATAAATGCTACATACTTCAGACCTAGGTAGTAAAAGCATGTAGCATATTTAGCAAATATTTTCATCTTTCACTTTCAAGATCCTTTCTTCAAGGATCTGTTTCTCCAAAGGATGTTGAATTTTGTTGTTCTGTTTAAATTTTAAGCATTCAAATTAGCATCAAAATTGTAATCTCATTCACAGCTTTATCTTCTCAAGTGTCAAGTTCAAGGATGTGTAGTATCAAAATCATAATTTCAATATTCCCATTAAAAACAGAATTAATTCTAATACTATTCAAAATCTATGCATCTTTCTTCTAATTACTATAATACTTGCTATATGGGTAATTTAAAATCTTATTACTGTTTTCATATTTATAAAATTTGTATAGCTTAATGCACCAGTTGATACTTCATGTGCCAGCTATAAAATTGATAATTCCCCACAGGAAAAAAATGAAGATTTTTTTTTTTTAATTTTATAGGGAAGTAGTACTATCAGTATGTACATAAATGAAAATAGTGCATAATCATTAAAATTATTGTAATATTTTCATGTTTTAATTATCAAAAATATGGTACAAAAGGTATATCAATTCAATATGCATCTTTTTCCATATTTTATCAG
Seq C2 exon
GCAAAAGGGAAGAAAGGATTTGCCAGAAAATGACAATCAGGACAACTATAAGAAAAAATGACTGCATAAGTCAAAGCCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010342:ENSGALT00000017091:58
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]