GgaINT0116818 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000015842 | TIAM1
Description
T-cell lymphoma invasion and metastasis 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11805]
Coordinates
chr1:103813402-103824218:-
Coord C1 exon
chr1:103823994-103824218
Coord A exon
chr1:103813506-103823993
Coord C2 exon
chr1:103813402-103813505
Length
10488 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATTG
5' ss Score
7.76
3' ss Seq
ACACATCTCAATTTCATCAGGGC
3' ss Score
5.87
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTGAAAGCTGGTGATGAAATTGTGGAGATTAACAAGAAAGCTGCTGAAGATCTGGACTCAGCTTTGCTGAAAGACGTCCTCATTCAGCCTTCACTGTGTCTTACTGTGCGTACTTACCCTGAGATAGAGGAAGGGCAAAAATTAACGCAGCCACCACCACGTCGCTTGGAAAACCCATCTGACTTGAGTGACAGCACACTGGTGTTTTCTGGGAGCAACCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCATTCGCTTTGTGGCGACCCGGACAGCTCTGTTGAGACAGCACCAGAAGAGGCAGAAGCGCAAGACTTGGAGTCATCCGATGAGGCCGATAAGATGAGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000015842:ENSGALT00000025542:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.382 A=NA C2=0.914
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0059519=PDZ=PD(46.2=48.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]