HsaINT0167064 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000156299 | TIAM1
Description
T-cell lymphoma invasion and metastasis 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:11805]
Coordinates
chr21:32537279-32554962:-
Coord C1 exon
chr21:32554738-32554962
Coord A exon
chr21:32537383-32554737
Coord C2 exon
chr21:32537279-32537382
Length
17355 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGG
5' ss Score
9.99
3' ss Seq
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GGCACAGCCTTTGCAGCGAGCAGGGCAGCAGTGCTGAGACCGCTCCAGAGGAGACCGAGGGGCCAGACTTGGAATCCTCAGATGAGACTGATCACAGCAGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000156299-TIAM1:NM_003253:16
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.421 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0059519=PDZ=PD(45.7=48.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)