RnoINT0150908 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000021569 | Tiam1
Description
T-cell lymphoma invasion and metastasis 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1307455]
Coordinates
chr11:29967593-29980669:-
Coord C1 exon
chr11:29980445-29980669
Coord A exon
chr11:29967697-29980444
Coord C2 exon
chr11:29967593-29967696
Length
12748 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGC
5' ss Score
9.37
3' ss Seq
CTTCTGCTCTTGTGTGGTAGGGC
3' ss Score
8.4
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTGAAGGCGGGGGACGAGATTCTTCAGATCAATAACCGTGCCGCTGGTACCCTGAACTCATCTATGCTCAAAGATTTCCTCTCACAGCCCTCTCTGGGCCTCCTGGTGAGGACCTACCCTGAGCCAGAGGGAGGAGTGGAGCTGCTAGAGAACCCACCCCACCGAGTGGACGGCCCTGTGGACCTTGGCGAGAGCCCCCTCACCTTCCTCACCAGCAACCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCACAGCCTCTCCAGCGAGCAGGGCAGCAGTGCTGAGACAGCTCCGGAAGAGGGCGAAGGACCGGACTTGGAGTCTTCCGATGAGACAGATCACAGCAGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000021569:ENSRNOT00000046486:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.496 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0059519=PDZ=PD(45.7=48.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]