GgaINT0121128 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000019254 | A2ML1
Description
NA
Coordinates
chr1:79195389-79200819:+
Coord C1 exon
chr1:79195389-79195443
Coord A exon
chr1:79195444-79200735
Coord C2 exon
chr1:79200736-79200819
Length
5292 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAG
5' ss Score
9.06
3' ss Seq
CTTACACCCTCTGGTATCAGGGA
3' ss Score
6.62
Exon sequences
Seq C1 exon
CCAGAGGGAGTGCTAATAGAAAAGGCTCACAGTTCCATCCTGTGTCCCAAGAAAG
Seq A exon
GTAAAGAGATTGTTTTCTTCTTTTACTCTGCTCATCTCACCATTCCTGGCAATCTCCTGGGTCTTTGCAGTTGTTAAAGTATATTTCTTTGTCAAACATAAACAAGGTACAGAAGCATACTCTAATTGTGTTGCCATCAGGAGTTTCCTGGATAAGGGTGAGGAAGGATGTCAAAGCTTTTAGCCTCCATATTCCTGATGCTAATATGACAGCCTGAGGACTTTTTTGCCTCTAGTAATAACCATTCTACTGAACAGGGTGAGGCTGGAGGGTGTGACTTAAGATTGCTGCTCCTGTTTTTGAATTTTATGGTGCATTGTGGGTCTATTTGCAGCTTTTTTGTGAACACTAGATGCACTGAGAAGACATACCTGTAACTGATATTTAGAATCATAGAATCCTTAGAGTTGGAAGAGACCTCTGAAGGTCATCTAGTCCAACGCCTCTGCAACAAACAGGGACACCACAGCTAGATCAGGTTGCCCAGGCCCTGATCCAGCCACACCTTGAAGGTCTCCAGGGACAGGGCATCAACCACATCACTAGGTAACCTGTTCAGTGCCTCACCACCCTCACTGTAAAAGATTTTTTCCTTGTATCTAACCTAAATCTACCCTCTCAGAGCTTGAAGCCATTTTCCCTTGTTCTATCACTACAGACCCTGCTAAAAAGTCTGTCCCCTTCTTTCCTGTAGCTCCCCTTTAGATATTGAAGGGCCACTATCAAGTCACCTTGCAGCTGTCTCTTCTCCAGGCTGATAAGCCCCAGCTCTCTCAGCCTGTCCTCATAGGAGAGGTGTTCCATCTGTGGATAATTTCTGTGGCCCTTCTCTGGACACACTCCAACAGGTCCATGTCTCTCCTGTACTGAGGACACCACATCTGAACACAGTACTCCAGGTGAGGCCTCACCAGCACAGAGCAGAGGGGCAGGATCACCTCCCTCGACCTGCTGGCCACACTTTTGATGCAGCCCAGGATACAGTTGACTTTCTGGGGTGCAAAAGGACACTGCTGGCACATGTCCAGCTTGACATCCACCTGTTACGGGTAGGTTTTTTGGCAGGGCTGTGCTCAATCTTTCATCACCCAGAATCCACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAGAGTTGGTAGCTCTGATCCCGGCAAAACAAACCACCGCTGGTAGCGTGGTTTTTTTGTTTGCAAGCAGCAGATTACGCGCAGAAAAAAAGGATCTCAAGAAGATCCTTTGGATCACAAAAAAAAAGCCCGCTCATTAGGCGGGTTAAATTCCCGGGTACTGCAGCCGATTCATTAATGCAGGTTAACCTGGCTTATCGAAATGTAAAACGACGGCCAGTAGACCGGCAGATCTGATATCATCGCCACTGTGGTGGAATTCTGGATTGCCTGCAGCTAACTGTGCTACTTCTCTAGCAGATGTCTGGGTCACTGAAGTCCCCATCAGGATGAGTGCTTGCGATTGCAACACCTCCTTTATCTGGAAGTAGAAGACCTCATCCACAGGGTCCTCTTGATTGGATGACCTGTAGTAAACACTGATCACAAGGCTCCCTCAGTAACTGTTGCGCAGGCTCATGACTGTTCTTTACATACAGCTCTTCACATTCTATTTCTTTCCTTGTATAGATAGCAACACCCCCACCCCTCCTTCCTCACCTGTCGCTTCTGAACAGCTTGTAGTCATAAATAGCCACATTCCAGCTGTGGGAATCATCCCACCAGGTTTCGGTGATGACAACTATATCATGATTTTCAAGAAGGACAGGAGCTGGAAGGTCCTCCTGTTTGTTTCCCAAGCTGCATGCATTGTTGTAGAGGTACTTCATCTGAGCAGCTGGTCTTGTCACTTCCTTAAAGGGTAACTCCTTAGTTTCGTCTAGGTATTTCCCTTGAATTTCCCCATTGCCTTCTTCTGTTGCCCCAGCAATGACTGTCTCATCATCATAGAGTTCTGTATGCATTGCGTTGCTGCTAGCACCTCTCAGTGCAGCAGGTCCCTCAAGGCCCCTGCCAGCACCCTGCCCCTCTATTATAGTTACGCCTTCCCACACCTTATCATGGGAAGGCTCACTATCCCCCTGGCCCCCTTCACACCTAGTTTAAAGCCCTCCCAACAAGCCCTGGTAGCTTTTCTCCTAGCTTTTCCCCTTAGCTTTTCCTTTGAATCAAGTTGGGGTAATTTATGTAGAGGAAAGCAGGTAGGTGGCTTTGACCACAGAGAATTTCTTGAAGATGCCCTCACCCTCTTTAGAAGGCTGTTAGGATAGCACAGTCACAGTTGAGTTAGATGGACAGAGCTGAGGATGGAATGGGATAGGGTTTGTGAAGTGATCTGCAACCTTTGTGACAAGATAATGGGATGTTAGCAACATCTTAAACCACTTCTGAGGATTTTTAAAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTAAGAATCTCTGTCTTTTGTCCTTTCTGTCATACCTTACACCCTCTGGTATCAG
Seq C2 exon
GGAGTCCAGCAGAGGAGTCTGTGTCCTTAACGTTGCCTCCAAATACGGTTGAAGGTTCAGTGAGAGCTACTGTCTCAGTCACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000019254:ENSGALT00000023052:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.207
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF105694=Thiol-ester_cl=PU(32.3=52.6)
A:
NA
C2:
PF105694=Thiol-ester_cl=PD(64.5=69.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]