GgaINT0123154 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006706 | USP6NL
Description
USP6 N-terminal-like protein [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001026011]
Coordinates
chr1:5937907-5953881:-
Coord C1 exon
chr1:5953799-5953881
Coord A exon
chr1:5937947-5953798
Coord C2 exon
chr1:5937907-5937946
Length
15852 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
ATTTTCTTCTTTGTTTTCAGTCC
3' ss Score
10.2
Exon sequences
Seq C1 exon
GGACGGGATGGTGCACAGATAGAACCATGGGAAGATGCTGACTATCGCCTGTACAAGGTTACAGATAGATTTGGGTTTCTACA
Seq A exon
GTAAGTAGCTATACTGAAAAGAGTATAAGAGTTTATTACTATTACTATTTGTATTTTTTATTGTAATGCCTATTTGGTGAAAGTATTTGTAATACCTTTTTGTAGATCTTCTGGAAACTTTGCTATGCAAATTTTTTGCTATGTGATCTTTCACTGTGCTTTTCAGTTCAATTTTTAGCTTTTTTAGTTCTGTAATGTGATCATGTATGGGGACTGAAATGTTTTTTAATTATTTGGGAATAAAAATTGATTATCTGTACAGATATTTTAAGCTCAATTAAATTGCAGATAAAGTTTGTTTTTCAGTAACTGTGTTACATGTGAACAAACTTTACATTTTTGGAAGGAAATTTTAAAATTTTATTCATATGTTGACCTTTAAATTTTAAAAAAAGTTATAGGTTACATAGTAGCTATACATGAATAACTATATATCCTTCAAAGATGAATGTCATTCAACCTCATTTTTTAACTATCCCTACTGAAATCTCTTGCTGATTTTGGTCCAAACATTGCATCAAGAAAAGTGAGAAAACACCAGAATCTGGTCAAGTTCCCCTAATAATCTCCCAATGATCTCACTTTTGGCAAATAAAGATGATAGCATTAAATTGTATTAGAATTTCTGTGGCTGGCAAATGGAAAAATCCAATAAGCAGAAACTGAACTTAAATTGATTTGCCACTTCTGGTAATATCCAGCCAAGAGTTTTTGCCATTTTTGGAATTTGGTGTTTGTTTGAATATATGAAGTACAGTTAGGCTCTCCAGTGAAAGCAGAGATGAGTATAAAACTTAATTTCTAACTAAACATTTTTGTACTGTTTGGTGTATGACTTGCAAATAGTTGGTAAACTACAGCTACACTACTACATATCTGGTATTGTAGCTGTCATTGTAGGCATTCCTAAGGTAGAACAGACACCAGAATGATTTCTTGTGCACAAGTAAGTCACTTCTAAGTTCAACACTGAACTTCACTGGGAACTTCTGTTTCCACTTCAATGGGAACAGAGATGAGTACCTTCAGATTTCCCAGTGGATTCTTGATTTAGGTAGCCATGCAAACTCCTGAAACTTCCGTGTTACTTGTATTGTGGTATTTCCCTTTCTATAAATGAAGCACGGAAGAGTGTTATTACTGTCTGCTACAATTGCTACTGCTATTGGTCTCTTTAGGAGTCTTGGATTTTGTAGCTCCAATGTCATGTGTCTGAGGTGCAGTGATGGAAATGCAGCTTAGCAAAATAAAATATGGCAATTTCTGGACTCCTGTAGCACTAACTTTAAACTACTTATGTACCTTTACGTCACACTATGGTCTTTTTTTTTATTGTTATTAGACAGTGTAGGTGTACATTAGTCATTAGACAATACTTCCTTTCCATTAACATAATTAGTCACTAATATGAAGTCCATACAGTGTTCATATAGCCAGCTTCAAGGGTTGAAATTGGAAAGATTTATGATACATGAACACTGCACAAATTAATGATGTATATGGATATTCCATGTCTTCACTAATTCTGTGATACTCATGCTTACATGTTGACCTATGTCTCTTCATAAGGCAGATTTCTCCTGAGAGTGCTGTTAAGGCTGCTTTATTATCTGTAAAGCAAATTCATTACAAATGGCAGTTCTCTTTTCCTGAGAGATAAAATCTCTCTTAATAGGAAGATTACAATTAGGACAAGTGTATCAGATGTCTTTTTAGGGAAAGATCTACATTACAGTATAGACTCTGACTATGGTCTGAGTTCACTTTTACTGCAGTACTGACCCTCCCTGCTTCGAAAAGAATTTGAAACTAAGCAGCATGAATGCAGCACGTACCAAAAGCCTCAAAAATTGCCTCAGTGGTTATCATCCAAGACTATTCAATGAAACCTTTAAGGTGCCAAATCAGCACTGCAGTGAGCAGTTAGTGAGAGAGTTAAAAATCTTCAGCTGATTGCTTGGCATGTACTGCCTGCAGTTCCTTACTGAGTTGTCAGGACTTGTAATCCCTCCTGACCCATCTATCCTGCTTACATTGAGAGTTAACAAAACAGTCTGATACACGTTGAAAACTAAAAATCTGGGGACAGTACCGAACTTTTGTAATCTCGTTGAGGTTTACAATGATTTGTAATCTTGCTGACAATGACTTTTTAAAAAATGCTCAATAGCTGAAAAACGTCTTTGTATCAAAAGGATACTGGCTGCGGGGAACCTGGCAAAAAACTGGGGCTTGCTTGCCCAAGCAGTGGCCCTGGTTGCCATCAGGAGTTCATAAACTTCTCCTTGATGTGCTCTGTTTGCTGCTTTCCTTGTCTGAGTGTGCGTCTGACACGTAGCTGTTAGGGCAGGATAACAAGGTTGTTTTGAATTGAAGCACTCTGGTGATATGCCACATTAGGGACAGAGAAGGTTGTAGAGAAAATAAAGATGAGATACTTATAAAGAGCAGTTTCGGTCTAGTTTTATGATACTTTGGTTGTTCCTGTGTCTTTATTTGTGTGTCAAAGTAGGATGTAGTAAACCTAGGGAGCCTGAAGACATTTACACTTTTATTGTCTTTCTGTGATGCTGGTAGAAGCAGGTAAACTGTTTAGATTTTCTTTTGAGAACACACAGTGGCAGAGGGAAGATGCCTTTTTATGTAACAGTTTAGAAATTGCCAGTGAATGGAAACAAATATGCTATAACCTTTCAGACAAACTATCTTACCTTAAGGGTAACCTTCTTGTGAGACCCACTGATGAAATATCTGTTGGGCAGTTTTGGTCACTTCTAATGGTCGTTATGGCATTAATGTTTGCAGTCTTTACTTACCATTCTGCTGTAACATTTTTATAAATATGCCTTAGGAATACAATTTAAATTGTTCTCTGAAGTACCATTTTTTTTATTTTTTTCCACAAGTGAGTATGGAAGTTGTACTTGGCTTTGAATAGTAAAAGGAAATTGGTGTGGACAGAGTATTAAAACAACTCTTAAAAACAAAGAGAACAAAACAGAGTTAATGCCTTCTGAATTCAGGGAACAAGAAACAAAGTACAGTGAAAAGTACAAATACATTATTGTAAGTATGGATTGTTTGAAATTAATAATGGGAAGTTGGCTATGAGGAAAGAGATTTCCAGCAGGCATGCTAAGCTGTGACATAACTCTCTGAGGAGCTGAAGGGATCTCTCTCTTGAGATGCTTAATGCCAGATTGTACAAAACAGAGCGATGCACTGATTGAGGAATGCTGTCAGTGGGACAGACATACAGAGATGTGCCATGTTCTGAGTACAGTCTAGCTCTGGAAAGTCACTTGTGAGGATGGAAACTGAGGCACTGACCAAAGGGTCTGGTGTTTTCTAGATGTGTTGGTGCCTGAATGCTGTGAACGAGGTTGTTGTACAGCCTCACAGCATGTTTGCTTAGCTCTGTAAGGTTGAGGATGTATTTGAAAAGATCTATCTTCAGTGCCTGTTTTCCAAGGGAAAAAGGCTGTTTCAGAGTTCAGAGTTCCCCAACGACTTGGATTGTCCCTGAGGGAGTTGAGATTATGTCTCCTTTTCATACTGCATTATCATGTGCCATTTCAAGTTGGTCAGTAGCTCTTCATGCACTACAGTGTAGCACTTCCAGTCCTGTTACATTCATCTCCCTTTGAATAGCACAAAGAAAGGTGAACTAGCATTGGTTGCTTGGTAATACTTTTAAATTCAGTCTTAGTTGCAGTAGCACTATTCATCTTAGAAACTAATAGAGACTGTTGGTCTTTCTCAATGTCATCTGGTGTACATGGATTGGTGCCAACTAAAGCTTTATTGTTCAGGTACGTAATGTTTGTCTACAGAAACTTGTGTCAGGGAGCTTATCTTAGTCTTGAGAGAACAGACCAGTACATTTCTATTAGGTGTGATCTGGTTGCTTGTAATCCTAAAAGTGACTATGCCAAAAAACTACAGCCACGGTCCCCGTTCTGTAAATTGTCTGAGAATCCTGGTGGACTCCTGATTTCATGTTAACAGTGCCAGAATGCTGAACAGGAGGACTGTTGTGAAAAATGCCAGTCATTCATAAAAAGAACTTTTTTCCTCCAGGAAGTTTAGCACCAGTGTTTCTATGTGCAGTCTACCAGTCTTTTGATAAAATTGGGTATTCTTGGCTATAAAACTTGTGCTTGAAATTGTATCTGACTGATATTTTGTTCTGTACTTGTGGTTGGAATACAGATCTAGCATACTGTCTCAAGAGACCACCTCAGTGCTCAGATAAACCTTACACTCTATGTCTTTTTCAAGCAAGTAGTTTAGGAATTGGAGAAATGTCTCAGATGTCTTCACAGGTATTCATAATAAGAAACTGTTCCAGCTGTTTTTGGAAATGGAAAAGATTGAATGAGTCTGGTATTCATAGAAGAAGGTTGTTTTGTATTTTTTTTTTATTTTGTCATGGATACGTTGTGGATTTTGGATCAACTGTGTGTCAGAATATTTCATTATTTTTCTCTAGATTTAGTAGGCAAAAAAAATAATTGTATATTCTGAGTATGAAATTAAGGGACCAAAACTTAGCAATTAAAAGAAAAAGAGAAAAAGATTGAACAGAAAACCTAAACAAGACCTCAGCCCAAGGAAACCAAGCTCCAAACACCCTGCATCCAGCAGAAAAAGTAATTCCTTTCTCTATTATCTTGAAATCTGGCTAGGCATTAAAGTATTCTTAAACTTTTCACTGTGATCTCTTCTGTCAGAGAAACATCACCTTACACGTACTTCTTCCATTTGCTTTTTGCAATCATTGAGAGGGGAAGAGCTTCAGTAAAGGACTGAAAAGAATTTCTTCATGTTTAAAAGTGAATAGCAGACATTCCAGTAATGCCTTAGGATCTAGGATTTCCCCCTTCCCCCTCCCTGAATTCTTCAGGTCATTTCTTACTGCCGTGGGATGCTTAAATTAAGAAAGAGAACTAATACGGTGTTCATGGGGCAATGGTGAATCCTCTATCACTCTTAAGAGT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Seq C2 exon
TCCAGAGGAGCTTCCTGTCCATGATGCAGCAATAGAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006706:ENSGALT00000010845:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.048
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]