RnoINT0162015 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000017644 | Usp6nl
Description
USP6 N-terminal like [Source:RGD Symbol;Acc:1311786]
Coordinates
chr17:75807529-75813430:-
Coord C1 exon
chr17:75813348-75813430
Coord A exon
chr17:75807569-75813347
Coord C2 exon
chr17:75807529-75807568
Length
5779 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
GTGTTTGTTGTTCTCTGCAGTGA
3' ss Score
9.92
Exon sequences
Seq C1 exon
GGACGGGAAGGTGCAGAGATCGAGCCCTGGGAAGATGCTGATTATCTTGTTTACAAAGTCACCGATAGATTTGGCTTTTTACA
Seq A exon
GTAAGTCACAGATTAAAAGCTGTCATTTCTCAGTTATAATCTTAGGTTGGTCATGTGTTATTAATTTTTTTCTAAGATGCCAGGAGTGATCTACTATCTTTCTGGTTCCCAGCATTTTTAACCACTGTGGCTTAAATTAGGCTATAGTTAAGAATATAACCTATACCATCTTTGTGTTTTGTATGGAGCACAATCGGTGTGTAAATGAATTATATTAATAATTTAACAGAGTTAAATGTACATGAATAACATATTTTTAAAATATTATAAAACATTTAATTTTATGGATGAATTTTTAAAATAACTTGCAATTAGAAAATGAGTGTTACACAACCTAAAAATGAACAATGAAAAAAACACCAAATGGATCTTCCTTATAGTTGTAAATTAATCCTGATACTGCTTCTCAAAATTAACTCGATCTGTCCTGTGCTCTGTAGAGACTTGAGCGGGGTAGACTACCAGTTATTCAGTCAGAAGATTTTGACTCATAAAGCTATCCTGTAAACTAAAGTCCATCTGGTGGTTAGGTCCTAGTGCTGTCTAAATTGTGTGTGTCTTTTAGCAGTGTGAGTTCATTTTGTCTGGATTCTGGTCAGCGAATGATTTCATACATCATCTAGAGAAAAGAATCAAAATTACATTATATTTTGTAAGTGTGTTGAAGCTTTGAAGAAATCAGGTGTGTGAACATTTCATGAAGCTCTTGTTACGTTTAGAGCTGGTGCTGTCTGAAGCCAGAGGACGGAGCAAAGCCTATGCCCCGTCCCTGTCCGCAGCTCCCGCCTTCCTTGTTCATTTGTTCCTCCTTCTGTTCTTCCACCTCCCTCCCCTCCTCCCTTTCCTCCTTTTTCTCTCCTTCTCCCTCTTTTGTCATTAGACTGCTACAACTGTGATGAGAAGCCATTGACATTTGTTTTAGTCAAGCACAGACCTGGGTGTGGATCACATTTTAAAGGACAATTTGAGGATAAAGGCTTAAGCTCAGTAGGTCACAGGTTTCATCTGTTCATTAGAAAGTTGAAGAAAAGATCTTTGGATTCTGTACTAGATTTTGATTTAGAAGACAGGATGTAACTCAGTTCATTTTGACCATTCCATCCATATAATTTGTGTTTTTAATAATCAGTATAGTGCAGATGGTATGAGAAGCATTTAAAAACCTCTACTTTCCAAAAGGGTGTATTAGTTACCTAAACTTCCTTTCATGTCAGTTGAAACAAATTAAAGTCATACAAATAAGTTCTTACCCAGGATCCAAACTTGTATCTGTCAGTTAAAAAGTTGTAGTTTATTTTGTTTGTTTGTTGTTTTAGTTTAAAGAATTTTTTCAAGTTTGGGCTGAGGTCTCTCGGCTGTAGTGGGGGGAGAAATCAGTCAATAATGTAGGTTGATAATCTTAGTTAATATCACTGAGTATTTCCTGTATGCCGGGCAGGGTTCTAAGCAGTTACTATTCTCTGGGTTCTAGATGGTGAACCTGCCTTCAGGTGATTGACAGGTCAGCTCCTAGGACAGGCTGTAGGGTAGGTCTCACTTCAGAGCCATGTTGCTATTGCTTCCTACTATGCCCTTCTTTTGTTTTAATGAGAACGATACAGGACGAGCGCTGTGAAGTGCCTACCCAGGAGACCGAAATGCCTGCTTCTAACAACACAGCATGGGGACCATACCTGTGAAAGTGAAACTGGCAGGTCCCAGTTCTCATGATGTCTGTCACATTTAGGTTTAAAGCCTGCTTTACGCTGGGATCCCAAAGCAAGACACAGATGAGAACAGTGCTGGAGACGAGGATTCCAGTGTGAGGCTCGGCTGTAGTAACTGGTATTTGTTACAGTGTCCGCTCTGAGTGACGCTTTCCCCAGTTTCCAGCCCATGGCTGTTATTGCTTGCCACAGTACAGAGGACTGTGTCATACTGTTGGAGAAAAGTTTTTGGTGTGAGCATCTAGATTCCACTAGAGGTGGTATCTGTCATGCCTTGATCAAAAGAGCACCTCTCCTGTCTTAGCTATGTGTAAGGGGTTTGATTGCTGCTGCAATTGAAATTAGATTTTAAATTCATTGTCAGTGCAATGTGATGCGATGTGATACGGTACGGTACAGTACAATGCAATAAAAAGACAACCTCCCAGCCTTCTGGGTATGCTGAGTATACCCTGGATGTACAAGAAGCACCCAGTGATGTAAACTAAGATTGCTATGCTATAGGAAGGAGTGACAAAAGTTCACACAGTATAGGATTGACTTAGTTTGCTAACAGAGTTCACAGTAAGTATAAAAGCTGTTACCAAACCAGCCTGCGCACTGGAAAAGTGGAGCTTGCTTTAGGAGGTTGGAGAACTTTAAATGTTTAGCAGAAACTGGCTACCACAGTCTTCTGAACAAAAGAATGTCCGGTATTTGGATAACGATAGATAATGTTTTTAGGTCACAAGTTTTTAATAGAAGAGAGAATTAAGAGGAAACTGTACCAAAAATAGAGGAGGTCAGATAAAACTAAGCATTAGATGTTCAACTACTTATCCAGATTGATGTATTTGTGAAATGTAGTGGGGTCACCCTGCTGGTTCCCGTGCCTGTAAGAGATGGCGAGTGGGGCGCTCTTGCTTTCAGGGTTATCCATTTTGGTTAGAAAGGTGGGAGAACTCTGTTACCGATCTTAGATGCAGATTTTAACTAGGTGGAAGCTAAACTTAAATTTGCATCAAAACTGAAAATGAACCATATCAATATATCCAACTTAACTGACTTTAACTATTTCAACAAAGTGGGTTCCAAATGAATGTTTATTTGACATTTTAAAAAGAGTTCACATGAATTGTTGGGAGACGACAGACAGCAGCAGGAATACATGTAACGCCTAATCCAGGAGAAACCCGTGCCAGCCAAAGCCTTTGTCTTTCTTCCGATTACTGCTGGTTTACTCAGGGTTAATAAGAAGGAGCTGCTCCTCTGTTGTAGAAAGTTTTTAATCTCTGGGGGAGGAGGGGTTCTTCCCCACCTTTTATCACTCAGCTCCCAGATCAAAGATACACGACCTTTATATTCATAATAAGCCTGAATCAGCACTACAGCTGGGCAGAGATCTTCTCTCTGAGCTATTAGAATCTATTTCCCATCAATAACTATGGCCATGTTGTCATAACTTCCCTAACACATGACATCTTCTCCAGGCAGCACCCCTACCCCCTTCGTCTGCCCAGCTCTAGGCTGTAGGCAGTTTTATTCACCAATTGGGGTAACCTGGGCATTTTCTCGTCCCCGGGGGCAACCAGTACAGGTATTTAGCATTACAATCCACAGCACTGGGATTGAGAGGACCTCAGCACTTGTCAGCTGAGTGTTGTGTCTGAGCAGTCCACATGTACCTACCAAGTCCTGTCCTCTAAGGCAAGGGAGACATGGCAGTCCTTTGTTAGCAGCAGCCAGACACTAAATGTCCTTGTCAAATGACTAGCTGTGCTGCTGTAGGGGAAACAAGCCTAGAAGCCAGACAGGATCTAAATGAGTAAGGATGACCGTGTTCCACTAAACTTGCTTTACAAAAACAGAGAGCAAACAGGATTTGACCCATGGACTATGGTTTGCTGACCTGGAGGAGTGTTCATCTGTGTATTCTGACTGTGCTCTTCCCTTGATTCTGCTTGAAGCAGATTTAAGTAGCAAGATACAGACTATTAGAGCCAGTGTGGTGGTACACATTTAATCCCAGCACCTGGAAGGCAGAGGCGGGGCTAGGGGGCAGGGGGCAGGGGGCAGGGGGCAGGGGGCAGGCGGATCTGGAGGAGAAAGAGAAGAAAAAGATGGAGGTCATTGGCATAAGCAGACGGGCCTTTTAGTGCGTACCTCTTTGGTGTCCTCTGATCCCATGGCTGTGAGCCTCAGCTATGCCTGCACAGAGGACGAGGTCTGTAAAGATGAGGGTACACACGACAGAGAAACCCGTGCCAGCCACGGAGTTTTAGGTAGAAACCTTGAGAGGACCCAGTCCTGTCCTGTCACCCATCTTTGAGGTCTGAAGACTACTCCATCCTTAGAATTTCTGTTTTTCTTGACCACAGCGTAGCTAATGATGATATAAATGCGTTGGATTATGTTGTACAGAACTTTTCTGTGTTAGACTGAGTGACTAAATGGAAATGTTTATTTTCTTATCTATGGAAGGAGGGATTTGGGTTTTCTCTCAGTTCCGGTCTGGCTTTATACCACGTTGGTCAGTCCCTTTGCTGTGGCTAAATGGTTCGATCCTGCAAGGACTCTTCAGAGACACAAAGAAGGACACGGAGGATACTAGGCCCATCACTAATAATCCGTCATGTTCTTAGTGGTGCCATTGACATCAAGAGAAAACAGAAGCAAGAAAATGCACGTGTTGCTGCCAGACCATTCATACTGTTGAGAAAGCTGCAAAGTCAGCTTTGTTTATCTGCTGTCTTCATTTATCTATCACTGACAGTTAGTCGAGAGTCTCAGGATACTTTAATGTTAGAGGCGATAGCATACACAAACCAGAGAAATGGTTTTGTTCTTTTCTATACTAAAAAAATGACAGCAAAGTTTTCTTTATTTTATAGATTAAAAGGGGGAGGTTTTTTTTAAATTCACCGGCTCATTGAAAGACAACTTTTCTTTCCTTTTCTCTTCTTTTCTCTTTTGATATTGGGAATTAAACCTAGGGCTGCATTCATTCCAGGCACATACCATACCCTACCACCAAATTACATCTTTAGTGTCTGTGTGTTTGTCTGTGTGAATGATGCACACACTCAGTCAAATGTATGAGTTCGTGTGTATACATGTTCACATGTGTGTATGCATGCATGTAGAAGCCAGAGGTCAACATTGAATGTTTCTCAGAAGCCATCAAGCCAGATTTTTTTTCCCCTTCAGTCTAGGTTTCTCATTGGACCTTGCAACCCAGCCAGTTAGAGTAGGCCGGCTGGCCAGTGCGCCCCAAAGACCTGTCTCTGCCTTCCTGGCGAATGCCACCATGCCTTT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Seq C2 exon
TGAGGAGGAGCTCCCGTATCCTAACGCAGCCGCGGACCGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000017644:ENSRNOT00000046266:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]