GgaINT0124673 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004485 | DOLPP1
Description
NA
Coordinates
chr17:6033328-6039617:+
Coord C1 exon
chr17:6033328-6033403
Coord A exon
chr17:6033404-6039516
Coord C2 exon
chr17:6039517-6039617
Length
6113 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAG
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
TCTCTTGTTTGTTTCCCTAGGTG
3' ss Score
12.46
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGCCGCAGTCGGAGAGTGCTCGCTCCCCGCTCCGTGGCGGCCGGTCTCCCTCACTCACGTCGAGTATCCCGCAG
Seq A exon
GTAAAGCTCCGCTTCGCCCCCGCCCGACCTCCCCGGTCCTCGCCGCGTTGCTCCTCCGGGCGGGCCCCGCCCGCCGCTCCACGGTACCTCTGAGGGCCAGGCTGGCGGCTGCCAAATAGTGAGCCATTGAGAGGGCGCCCGGAGGCGGCGGGACGCGCGTGCGCGCTGGGGGACGTTGGAGCTTGCTGCGGGATAGTGAGCCGCGAGGGGGACTCGGCGCATGCGCGCTGTGCGGGGCGCTGTGCCTCAGGGGCTGTGGGGATGGGGCCGTGAGGGGGGGTTGAAGGCGAGGTCCTGTCCTCACAGCGGAGTGAGGGCCCTGGGGCCCGGCCCGCCCTCCCCGCCGCCCCTCGGCGCGGTTGGGTGAAGCCCTGAGGTCCCGGTGGCGGTGGTAAATGCCTGTTCACACAGCAGCTGTCACGGCGGTGGGTGGGTCTGGGGGCTCCTCAGGCGCTTTGCGCTGTGCTGAGGCAGAAAGACCTTTCTTTTGTAATGTTCGTAGGCAGAAAATAAGTTAAAGCAGCACGTGAAGTGTCAGGGCGTTAGTCTTGGCTAATCTTTGGTCTGGTCAAAGTCTGAATGTGGTGCTGGTGTTGCTGGTTTGCCTCACTGTTCCCCAGCTTGCCTTGCAGTGTCCTCGGCCGTGCTTTGTTTCAGCAGCAGGGCTTTGGTTCCTGATGCTGCCCTCAGAAGTGCAGTACTGAGAGCTGCTGAAGCGCTTTGGAGTCCGCTGGGCTGAAAGTGCCGACATAGCTGAGAGTTTTGTGACAGAGCACTGAGAAGCACAGTTCCTGTGCACCCCCCATGGTAGCTGTTGGTAGGGTTTTCCTCAGCATTGTGCATAAAAGATCATCCCTTCCTTTTCTGTATGTTTCCTTCACCCTACGTGTTCTTCTGCTGACCTGCTTCTCAAGCGTGCCACTGTGAAAGCTAAGGAGAAGAGAGGGGAATCTTTCCTCGTAGCACAGATTCGTCTCCATCTTCTCTCTTCACCTGAACCTGGCAGTGCAGTGTCCGGTGTGCTCCTCCATGGGCTGTGTTGGGAAATGAGGGTGGTTGAAATCTGCAGGTTTGACTGTGCAACGGTCACCCCACAGACCTTAAGGAATCATCGTCATAGAATCTGTTGAGCTGGAAGGGACCCTGAATGTGAAAGGGACCCCTGAGGAATGTGGCAGGATGATTCTTTTCTCTCGTCATTGACTGCTTTTTTTACAGGCCTGTGCAGAAGGTGGTTGTGTGAGGCAGATAAATCACCACCAGCTTAGGGCTCTGTGTTACAGGGAAGAGCAGTGTGCTGGGCTTGGGTTAAATAAGTGATTCTGGAAGCCCAGAACCAGGGATAAAGGACTGAAGGATTAAAACGTCTCTAGGTATTAAAGTTTCTTCATCCATGCTGATCTAGAAAAATGCATTGCAATAAGATGGTCAGTCTGATGTTTTGCCTTGGATTCAGGGGAAGTGCTCTAACTTTATTTGGAAAGCTGTTATGTTCTGGCCGTGTAGGGCTTAAGTCCAGATCCATTAAGGCTGCTAGATAATATATTTATAAAATAATGATGAGCAGTATGCTCAGTACAGTGGAATTGATGTAACCTTGTGCTGACAGAGAGGGGTCAGAATGAGAAATAGATCCTGCTTTTACCAACATAAATTATTAAACTCTCTTGGCACGTCACGTACTGTGGTGTGACAAACTCTCTTGCTCTTGGCTGATCCCTGGGGCTACTGGCCTGGCATGCAGCGAGCTGAGCCATGGTGGCAACTGACTCTTCAAATCTCTCGTCTTTAAAGACTTCCAGCACAGAACTGCTGTTGTCCCAGCTTTCGTCTGCAGCCAGTGAGTACCCTTCCACTGTGATCAGCTGAAAATCGGCCTTTGCTGATGTTTGTCTGACAGAGGAAGCCTGTTCTTGGGCTTCTGCTAGTGGCTGTGAAAGGGGCAGGTGCCTTCAGAAGGGTGCCCATCTTTCCTGCCTCCCTCTAGTTTCCTTGTCAGTACAGATACTTCAGATATTTGTATGTGGTGCTTGGGTGGCTGCACAGTCTTTGGGGCTTTCTGCAGTGTCAGCTTGGAGGAACAACAGATAAATGCTCTGCTGGAATTATCTGCAAACGGATGGAGCAATGGCATTTTTGAGAACCTAACTGAAAAATTAGTGATAGAAAACATCAAAATCAAAGCTAGAGAAAAGACTAACAGTGGCAGTGCTACTTGACAATGAATTAAAGCATGCTGCTTGAGAGGATGGTCTTTAAAAACATCCTGCTGTCACTTTTCATAGCAGCAACTGTGCTTTTGTGAGACCAAGGGATCATTTGGCACAGTGTCCAGTCCCTGGCAGGTGGGCAGGAGTAATGCTTCTTCTGTATATCTTCCAGTAATGAGTTGGTGATTGCATCAGGATTGTTATGTCCTTTAATGGGTTCGTAAAAGCTATACTCTGATTTTTGTCTCATTGCTCTTTGAACCCATTTCCACTTTGGATCTCTACAGTAGCACTGGCGCTGAGCTTTGTAATAGCTTAATGTTTTTTCTGCTTTTAAGCCCACTGCTCAGTAATTTCATTGGATGCTCTCTATTTCATGTGCACTGAGATGTAACAAATGCTTACTATTTCTCAGGATCATGCATGAACCAGTCCTATTGCATTATGTTTCCTTTTCACTTGAAAACTGGAGTTCCTTGATACAAGTGGCTGCTGTTCCGTTTCTGTTATCTTGATGCTCTTTCTATTTGCCTTTGCTGTGTTTGCTGTTACAGTACATCAGGAATCGCATAATGCTTTTTTTTTTGTGATTTTTGGATCAGTAACTTCTAGCTCTTAAAATGTTCTCCTTGGTTTTTGGACTGCTCCAGAGCACTGGATGCTGCTCTGAAGGTATTGGCTCATGCTAAGCCAGAGGTGATTTTTAACTGAACTAAATCCCACTGCTGTGCGTGTATAATTAGGGCTGTTTTGTTCCATGTGCATTACTTTGCATGGGATGACTTTGTGTTGCAGACTTAAGACACATCTTCAGGGACTTCCTGCCTGTAGGGTGAGTTTCACTGGAGGAGCAACACAGAGTTCTGGGATTTGTCTTTTTCACACTGGACAAACTCTGAGGAGAGAACCCTGCAGTGGCAAACCCCTTCTCTGCAGGATGGCAGAGAATCCTCCTGTTTTCTCTTAGGTATGTTTGCTGTTGTCGGGCAGAGGTGGAGAGGCAAGTGTGCAGAGCTGGCTGAGAGTCAGCCTGTGATGCTCCTATAAGCACATCTGTTCTGCAGGCCCTTGCCCTGATCTGTCCTGCAGGCTCTTACCCTGCTTTCTGCTTAGGGTGGTAGCTCACCAGCTGGGGCTCATTTCACACCTCAGTATTTCTTTGAAACCCAATGATTTGGTTCCTTCAATGCTGGGTTTTATGTTCAGTCTTTCTGCAGAAGTTTGATGTCTGTGTGCCTCGTGGTGTAAATATTTTTATTGTTCCACAGCTTGTGACAGCAGGATATGTGCAAGTAGAGGAAATGGAAATCAGTCGTGAGTACTTACTGGTGTCAGTGCACATGAAACAAAACACACTGTTTGTCTGTGCAACTTGCACCTAGACCAGCAGCAGTGCCACAAGTAGATGTCTCAATAGGAAGCCGCAGTGGTAAAGCCAGGTCTTGTGGTAGGATGTGGGTAGTGCTGTTGATTCACATTTTTCTGATGTGCAGGTTGAGCTGGTGTGGCAAACCTTGCATGTTTCCCCTGAAAGAATGCTGGGTAAAATGTTGAATTAGAGCAGAAGTAAATGCTGAATGAAGGCGGAAGAAATGATGTACTTCTGAGCTACGAGTGGTGTTTCTTCTGTTCATCCTTTGCATGCCTATAATTGAGGTAGTTAGGTTCTTTATTTTTTCATCTTCCTCCTTAAATGATGCTAAATAAACAACCGCAACAAACAAGAACCCAGACTGTGCATTAAATATATTTTTTTCTCTTGCAGTTTCCAGAGATTTTGGTGCTTCTAATGAGGTGTGTTCTCCGTGGTTGTAGGCATTGCTTTGTATTCTCGAGTTGAAGCAAAATTGAACAACTATTGTTACAGAAGGTAGTGTGGAACCTGCTTGCTCGATCTGACTGGACGTGAAGCTGTCAGCTCTCCTGCGATTCCCTGCTCCCTGGGAAGCGGTCCCTGAGTGTGTTGGAGCGTGAGAGTGAGCAGAAGTGACACAAGTTGTCATTCCCTGGGGCTCTGAGCAGTGCTCAACATGGCCCTGCCCTCCGAGCTCCCTCTGCCTGCGCTTCCAGTCATTTCAGAGCTGGTTCAGTTAGTGTAGCTCTGCCTTAACCTGCTAATCTAGTGAGTGCTTTTATGATGGTGTTAATGAGTTTCTGGTGCAGTTTGCAGGGCACAGCCTTCAGTTAATGCACTGCTATTTTGTCACCTCATCTAGAAAGAGCTGCTTCAGAATGTGATTGATTGATTACTGTTGGTTACAGCGATAGGAAATGCTATGGGTACTGTCTCTGTTCTGTTTTAAAGGGACAGTTAAGTGTTGAGGGGGCTGATTTGTGGTGTTGGGTTCAGGTGGGAAATGTGTGCTGGTGGTTTGATTTATTGGGAATGCTCTATGATAACACTGTGGAGGATCCTCAATATGATGTTACTGGTGCTATTTAAGTTAAAGACAACTTCCTGACGTATTCCTCTGTCTGTGCAGGTAATAAACATCCCCCTGCCCTTCCCCAGAAGACAAATAATTTGGTTTCTGTTGACAAAATAATGTCTTGACTACCATAATACTCATGTACCATGGATTTACAGGGAGTGATCTGAAATACAGTGATTCCTCAGTGAGGAACTAACCCTTATTGACAACACTGGAGCTGAGGCTTCTGGAAAGTGTTCCTAAAGCTTTCAGTTTGGGTTGCCTGGTAGCTAATCTCATGAATTTCTTCTTCATTTAAGGTCAGTTCGTAGAGTATAACTTATATGAAGCCGTAAGGGGCATGATGCTCTGTTGTTGG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Seq C2 exon
GTGATTTCTCTGGTCAGCTTTTAGCTTATTTGAGTCTTGGTCCAATATTCATTATTGTTGGCTTTGTAACGCTCATCATATTCAAGAGAGAGCTTCACACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004485:ENSGALT00000007143:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0156916=PAP2=PU(0.8=2.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
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Fruitfly
(dm6)
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