GgaINT0125238 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008736 | PNPLA7
Description
NA
Coordinates
chr17:2068533-2075748:+
Coord C1 exon
chr17:2068533-2068689
Coord A exon
chr17:2068690-2075631
Coord C2 exon
chr17:2075632-2075748
Length
6942 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGG
5' ss Score
7.61
3' ss Seq
GGTTCTTTTTTTCTTTTCAGGTT
3' ss Score
11.68
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGGTGCTCCCAGGTCGGGCTTATCAGGGCGCTGATTGAAGCTGGCATCCCCGTGGATATGATTGGAGGAACGTCCATCGGCGCTTTCATGAGCGCTCTGTACGCAGAAGAACGCAGCTACAATCAGATGAGGATCAAAGCCAGGCAGTGGGCCATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTATGAATTCAGTGTTTAAGACTATTCTAGACTTGACGTATCCAATAACCTCAATGTTTTCTGGAGCAGCTTTTAACAACAGCATCAGCAACATCTTCAAGGATAAGCAGATTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008736:ENSGALT00000014216:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0173417=Patatin=FE(31.1=100)
A:
NA
C2:
PF0173417=Patatin=FE(22.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]