GgaINT0126638 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008472 | F1P2X9_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr17:2440245-2449833:+
Coord C1 exon
chr17:2440245-2440801
Coord A exon
chr17:2440802-2449655
Coord C2 exon
chr17:2449656-2449833
Length
8854 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAATG
5' ss Score
5.67
3' ss Seq
AACTTTGTTTTGTTTTCCAGCAT
3' ss Score
8.78
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTCAATGCCATGGCTGCGGATGAAAGTGCTACAGAAAAGCAAGTGGGGGAACCAAAAATGGCTGTAGACGGTGAAACCAACGGTTCCTGTGAGCACGGCGAGGCTGGGAGCCACCCAAACCCAGCAAAAAACACTCAGGACAATACGAAAGTGAGCCAGCAGGACTCTAGTACTAAATTAAATAGGATAGCAGAAAATGGCATTTCTGAACGAGATGGTGAGACTGGGAAGCAAAACCATATGAAAGCTAATGACTTCACACAGACTTCTCTAACAGGGAGCAATGGATATATTCTAACCAAGCAGATGGCGCAGGAGCAACCTCTAAGGACTACCAGCACCTTTGCTTCTCTCACTGGCCATGCTGCAAAAACCCTTCCAGGAGGAGCAAGCAAAGGGAGAACTGTGGGCACCTTTTCTCAGATGCAAGCCACGATGCCAACCAAGCTCGGGGAGGGCAGTAAGGACATGGATGCTAAAAAAGCCACTGCTGCTAACGCTGAAGTCAAGGTCCACAGAGCACGGAAGACAATGCCTAAACCCACCCCTAGCCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CATGCAAGTAAAGACCCCAAAGATGGGAGAGACAGCAGAGATCAAAAAGAATCTAAAGAGGAAGGCAACAAAAACATCCTGGAGTTTGGGAAGCCGTTGCCATTGCCCTCTCTCCCGGGCCTTCACCAGTCACTACCTCAGAACCAGAGCTATGTGGCCACCTCGAAGTCGCAGACGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008472:ENSGALT00000013807:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]