RnoINT0053554 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000007242 | Ehmt1
Description
euchromatic histone lysine methyltransferase 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1307588]
Coordinates
chr3:2051009-2057737:-
Coord C1 exon
chr3:2057181-2057737
Coord A exon
chr3:2051181-2057180
Coord C2 exon
chr3:2051009-2051180
Length
6000 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAATT
5' ss Score
5.99
3' ss Seq
ACTTGTTTTTTGTTTTGAAGCAC
3' ss Score
7.62
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACACTTATGGCTGCTGATGAAGGTTCCACAGAGAAGCAAGCAGGAGAGACTCCTATGGCTGCAGATGGAGAAACCAATGGGTCTTGTGAAAAGAGTGGCGATATCAGCCATCCAAATGCACCCAAACATACTCAGGAGAACACAAGAGCTAGCCCACAGGAAGGCACCAACAGAGTATCTCGGGTGGCGGAAAATGGGGTTTCAGAAAGAGACACAGAAGTGGGGAAGCAAAACCATGTTACAGCTGACGACTTCATGCAGACGTCTGTCATTGGAAGCAATGGATATTTCTTAAATAAACCAGCCCTGCAGGGACAGCCCTTGAGGACTCCCAACACTCTAAATTCCTCGCTTCCTGGTCATGCCGCAAAAACGCTTCCTGGAGGAGCCAGTAAGTGCAGGACTCCAAGTGCACTTCCTCAGACACCAACCACAGCACCCACTGTGCCTGGGGAAGGGAGTGCAGACACAGAGGACAGAAAGCCTACAGCCTCGGGCACTGATGTCAGGGTTCACAGGGCACGCAAGACCATGCCGAAGTCCATCCTGGGCCTG
Seq A exon
GTAATTTTGTCTTCTTTTCTTTCTCCTCCTTTGCATTAATGAAAACTAATAGACTTTATTCAACAATGGGAAAAGCTAATTAATGGCCATCGTCATCAGTAGGTAGACAACAGGCACAACCAAGGCAGACCACAGCAGCTTTTTAAAAGGCTTTTCTTCATTCTAAGATGAGTCATCTGTCAAGAAACAACAACCCCCCATCCCCACCCCTACCCCCCACAGGGTTTTTCTCCGTAGCCCTAGCTGTCCTGAAACTAGCTCTGTAGACCAGGCTGACCTCCAACTCACAGATCCACCTGCCTCTGCCTCTGAGTACTAGGTCAAAGGCATGAACCACCACTGCCTTCGGAAAACTACTTTTTCTTCTGCCCTTTCTGAAAGGCTTGCCTTGTTCAGGGTTACTGAGAGCAAGATGTGTCCTGTGCTGTGGCCCCGAGTGAGCGCACTGCCTCCCTCTCTGTAGCACTCGGCCTATGTGTTTTAGAATGGAGTACTGCTATTTTGTTTCCCGATATGGGTTTAGCCTGGGTGGATTCTACATTCACGGTCACGCTCCAGTGTGATTCCTAGTGCCCTACATGTGCAGACCATTTGCTGTTTTCTTTGTAGCCTTTGGGGCTTTATGCTTGGAACTTTTTCTCAGGATTCTGTCAGTCTGTGGGTTTGTAAGGTCAGCTCCAGAAACATGTAATGTATAATGTGTGGTTGCTTATTTCCTTCCCAGAGAATCCCTTGTGTGAGCACCATGTCTTTTGTGTCCTTGTATAATGGTTCCTTGCCTATTTTCTACCTCCTGCATGATGTATTAGATGTATTAAATGTAGATGTATTACAATATTACCTGTTTTTTTTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTTTTCAGAGCTGGGGACTGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGCAAGGGCTGTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCCTTTACCTGTATTTTAATACTCTAGATTTCTGGTTAGTCATTTTAATTTTAATTTTTTTTTAATAGGGTCTTAGCTCAAATAGGACTCAGACTCAAATTCCTGTTATGCCTGCCCCTACCTTCCAAATTCTGAAGTTGTGGCTATATGCCACCATGCTCAACTCATATTTCATCTTACCACACACAGTTATGAGGCTAAAGAGGTGGGTCAATGAGTAAAGTGTTTGCTGAGTGAAAATGAACCCGAATTTCTCCCACGTTGCTCACATAAAAGCTGGGCACAGTGTCACATGCTTGTGCTTCTAGTGTCACTGTGGAGGAAAGGAGGCAGACTCGGTTGTGCTGGCCAGCCAGGCTAACTGAATCAGTAAGCTGCAGGTTCAGTTGAGAGAGTCTTTCAAAATATCAGGTGGGGAAGTAATTTGGGAACAAAATCTAGCATTATTAATCTTTGACGTATAGATTGACACCCCTTCCTTCTTTCATACACAGATGCAGAGACATGATGATGACGGATGTGTTGGTAGAGACATTACAATTCTTCCACAGTCTTTAAGGGTTCTGAGTTCTCAGAGAAGTTCTGTTTGATGCAACAGCTTTTGATTGATGGGTTTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTTTTTTTTGCAAGAGTGCTTGTGGCAGGAGTATCTTTGTGGTACTGGTGCAGATTGCCCAAGTGCTATGTGTGTGTCAGTAGTCACTGACTTGGGTATAGGGTAGGGCTGCTTGCCACTAGACCACTTTGCAGTATGGAGTCCCACAGCCATCAGGTGTTCTGCCCTCTTGCCAAGCATTCATGCGCTTCAACCTTAAGGAGCACCAGTTGGTCACCTTGGTCTTCAGCTTGGCAGCCTGTTAAATGGAGGAGTCTGTATTGCCTGGCCATACGAGGTCACCAGCCTGTTAACTACGTCTGCGCCATTTGTAACACACATGTAACATCTCCCGCAAAGATAGATTCTACTGACTGAGAAACAACAATCTAGAGTCTAAGATAAACAGGTGGCTGGCTCTACAGATATCACAGTAGTCACCAGGCCACTAACATAGCTGTTGCCAGCCTTCTGGGGAGAAAACAGGCTGTGCATTTCTTCCTGTGAAGAGACAGTTATGTGTGTTTAATATCCTGGTTTCCTACGTGTCTCTGAGCACAAAGACCATGCGCCCTCCCTTGGTAGCTGCTCATCCAGAGGACCCTGGGCTGGTTCCTAGCATTTGTATTACGTGGGTCACACCACCTGTAACTTTAGCTCCATGAACTCAGATGCTTCTGGCTGCCTCAGGGACCTGCATTGATTCCACATACTCATATTCAGACTAACTCACCTACATATAATTAACTATACATTTTTAAGAAAACAAAGTGAGGTAATTGGTAATTCCAGGACTCAGGAGATAGAGATGGGTGGATGTGAATTCTAGGACAGCTAGGGACACATAGAGGAATTTTTGCCTCAGAAAAACAGCCAAACAAAACACAAATAAAGCAGAGAGAGGATAACAAAGGGTGAATATACTTAGAATACATTATATGTATATGTGAAATATCATAATGCATCCTGTTATGTATAATTAAAATATAATAATAGTAAAAGAAAGACTCTGAGACTATTAAAAATTATATATTAGAATATGATAGTAGAAAAAGACCCAAGAAAGTTAACAGGAAGCTTAAGACATAATATTAATGCATATATGTGCATTTTCCAGTATTCTCATTTGAAAAGTTTCAAAATTACATTTTATTTGTTTATTCATTTATTATACATGAGTAAGTTTGCACCTATACAGTACATGTGTGCCATAGTCACATGGGCAACTTGCAGAACTTGGCTCTGTCCTTCCACAGTGTTGGTCTTGGAGATTGAATGTAGGTCATCCGTTGTAGTGGACATCAAGCTTTACTGTTGGAGCTGCCTGGCCTCTGGTGTCCTTGCCAGCTTGTGTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGGTGGTCTGTGTCAGTGCCTCGCCAGGATTGGACTTGCATGTCTTGAACTTGCTCTTCTCTGTGCTCATTTGCCGACTCTATTGTTCATGGATAAATACCTTTTATTATAAAGTATTTTATAATCTTTTAAGATTTCTCTTGCTTCCCTTTCCTACCCTTTATATACTCAGTGCTGGTTTTCAACCCAGTAGGCAAGCCCCTCTACCACTGAGGTAAATAAATTCTCAGCTCCAGGATCTCTGGGTAAGGACTCTCTCTCAGTGAGGCTCCCTGTCAGTTATGAGACATTTGTCCCATTCACATCTGTTCATGTCCCCGGTCCTGCTCTTTTCATTCCCTCCTAGGTGTCCAGGGCTTGTCTTGTACTTGCTAGGCAGACCTGGCTTGCTTCAAACAGTGATCTTTCTGCTTCTGTCTTCTGAGTTAGTGTGTCCAGTTGTGGGCAGTTACAGCTGTCATGAGTACTTAGGTTGCCTGGAGATAATTTTTCCTATTCTGTGTTAAGAGTATGATTGCCATGGTGTGCAGCAGCTCTTTTCTCTGTGTCCTGCCTGCTAGTCTTACAGTTGCTTCCCACCTTACCCTAGTTTTTCATTTAGATGAACTGAAGTTTGATGTGTTATTTCAATTAATTCAGCTGACCAATTTTATGTTCAAGGCTGTGTTCTTGGTATCCTTTGTGAGAGCTCTTCCCTTGACCTAGATCTTTAAAGTTTCTCCAGCTTCATTCCTGTTTGGATTATACATGCTTTTATGAGTTGTTTGTAGTAGTTCTCTGCTTTTCTTTCTGGGTCTGCTTCTGCAGATCCTACATGTTCTAACTAATTCAATTTAGATGTGTAGTGGGAGACGGTTGTACCATGCCATATGGGAGAGATTGGTTCTTGTTGTATAAGTACCGCGCGCTAACCGATTGCGCCACTGGAGCTCCTGGTTCTTGTTAATGATGGAATTCAGTGTTGAGTTCTGATTGCAATGAATTGTCAGTCTGAGAACTCACATTGCTGCCCAGTTCTGTCTGGGTAGAATCCTGACCAGTTAATGCTAGTAGGTGGATGAGAAGGGGATGTGTCTATATGTGTGTTTGGGGGTGGAAATTGGGGGTAACGAGTGTGTGGGTGCGTGTGGGTGGGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGTGTATTCTCTCTTGTATATGGTATGAGGTAAGAGGTCTCCTTTCACCTCTATCTCTTTTTTATTTTTACTTTTTATTTGATTATATTCATCCATCCATTCAATCCATCCAATTCATCTGAGACACTGGTTCACTGGCCTGGAACCTAGTGTGTAACCACTTGGGCCTCAAACTCATTGAGATCCTCTGCCTCCTCTGCGTTGGGATTAAAGGAGTGTGCTACAATATCTCCTAGGATATTCAGATACCTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTAAGATTTATTTATTTTATATATGCGAGTACACTGTTGCCCTCTTCAGACTCACCAGAAGAGGGCATTGGATGCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCGGGGGATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAACAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAGATACCTTTCTTTAAACTTAAAAAACCTTTTATTTTGCATATGCATGTTTTACTTGCATATCTATCTGTGCACCATGTGCATTGCAGTACCCACAGAGGCCAGAGGAGGGTGTTTAATTCCCCTTGGACTGGAGTTACAAATGGTTGTAAGCTACGATGTGGCTGCTGGAAATTGAGGCAGGATCCTCTGTAAGAGTAGCCAGAGCTCTTAACTACTGAGCTATCTCTCCAGCCCTTTTTCTTCTTTAAGGATGGGGTCTCACTAGGCCCTGGCCTAGATCCATCTACCGCTGCCTCCCAGGGTGCTAGGATTAAAGTCCTGTACCACCACACCTGTCATACTTCATTCTTTTATATGTGGATATCTTAGATTTCAGAAACTGTGTGTGCTGAAGAAAGCCTTGTCTTT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Seq C2 exon
CACGCAGCCAGTAAAGACCATAGAGAAGTTCAAGACCATAAGGAACCAAAAGAGGATATCAACAGAAACATTTCTGAATGTGGACGACAGCAGCTTTTACCAACTTTCCCAGCCCTCCACCAGTCGCTACCTCAGAATCAATGCTACATGGCCACCACAAAGTCCCAGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000007242:ENSRNOT00000066777:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.952
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]