GgaINT0132145 @ galGal3
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr19:305626-308431:-
Coord C1 exon
chr19:308106-308431
Coord A exon
chr19:305754-308105
Coord C2 exon
chr19:305626-305753
Length
2352 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAATAATC
5' ss Score
-7.55
3' ss Seq
CTCTGACTTGTCTCCTTCAGCAG
3' ss Score
7.48
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTGGCTCTCTGAAGAGAGGCCTTGCTTCGCAGTGCCCCGATGACTGCTCAAACAAGAGGTCACGCACCTCCTCCATGAGCTCCCTCAACAATACGTACACAAGTGGAATCCCCAGCTCCCTGCGCAATGCCATCGCCAGCTCCTACAGCTCCAGCCGGGGCCTCACGCAGGTAGGAAGCACTCCTGAGGGCACCACTGCAGCCGTGCACAGCACACAGCAGCTCGACCCTTTGGGACCACCACGTGACTCAAACCCCACAGCAGCTGTGGGGCGAGAAGGTGTCACTGGAGTGACAAGATCCAGGGAAAAGGAAGGAGATAAAA
Seq A exon
ATAATCCCTTTTATGCGCTGCCACCTTTCCAGCTGGAGTCAGCATGGATCACAGCCATGTGTTCCCGCTCTGAACCACGTCCCCTTGGCAGCTGCAGAGCTGTAGTAAAACAGTGCTTGAATGGACAGGCCTGCGGGTGTGATGGTGGGACATCATCGTGGCTAGCAGAGCTGTGCTGTCTCTGAAAAAATAGCATGGAGGAAGCCTTGGGAATGGTGGGTTTCCTCTGAGAGGAGTGAGGTTGAAATCCTTGGAGTGGGATCTGTCCTCTGGCAGGGGCAGGTGGCAGCACCTGAGGCCACCAGGCAGCTCTGCCTGCGCTGTGCGATGGCCACGGCTGTGCCTGACCAGCAGCATCCCCCCTCCTGTCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTTGAGACGTCACCTGGCAACTTGGAGCATGCTGGTCCAGGGGTAGTGGTGGTTCTGCTGCCCTGAATGGGTTTTCAGGTGATGAGCAAGAGATGCTGTGCACCAGCAGATGCATGGGAGCTGGCTTGCAAGAGGGAGCCCTACGGCTGCCCCAGGACCTACTGTCAGCCTCAGGGCAAGGCGTGCCATGCTGGAAGAACCATGATCAGATTCCAGGCTGGGCCTGTTCCCATGTTTTCTCAGTCTAAGCGAGCAGGACATCCTGTGTCCATCACAACTAGCTGCCCAGGTCCTGTGGTGCAGCACTAGATGTGGCTCTTGTAGCCTGCCTGGCTTGTGGTTCAGGTAGACAGATTGCAAGAGCAATTTGGAAGTGTGGAAGTGGGGAAGGAGTTACTGCCCCACTGAAGGCTGGCAGGCATCAGGTACCAGACTGCCCCAGGATGTGCTACAGACAGCTGCTCTTCGGGCTCTTGAAGCCTTGTCCTCAGCTCATAGCTGTATCCCTGGCTCTGCCCTCAGACTGGGTCATCCAGAGAGGAGTTGGAAGGGATGGCCCTCCTGGCATGAGACGGACCGTTCCTCTGCCCAGAGCTGGCTCTGACTTGTCTCCTTCAG
Seq C2 exon
CAGTGGTGGAGATGCCTGTGCGGAGGAAGCGTGGTTCCCTGAGCCCACCATCTGCATCGGGGAGCAGTGGCAAGCGCAAGCGGAAGATCCAGTTGCTGTCGTCTCGCCGGGGGGACCAGCTGGCACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000021694:ENSGALT00000001368:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.930
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF152291=POM121=FE(51.7=100)
A:
NA
C2:
PF152291=POM121=FE(19.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]