GgaINT0136493 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002602 | CSMD2
Description
NA
Coordinates
chr23:5043907-5049656:+
Coord C1 exon
chr23:5043907-5044028
Coord A exon
chr23:5044029-5049552
Coord C2 exon
chr23:5049553-5049656
Length
5524 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGT
5' ss Score
10.29
3' ss Seq
ACACACTGCATCTTTGCCAGGTT
3' ss Score
5.86
Exon sequences
Seq C1 exon
CACGGATGTGTGATATGTACCTCCGTGGTCCCAGCGGTGTGATAACCTCCCCCAACTATCCCGTCCAATACGATAACAATGCCTACTGCGTGTGGGTCATCACGGCGCTCAACCCAGCCAAG
Seq A exon
GTAGGTCTTGGAGATGCGTTGTGCCATCGTTTTGTTGCCTTCACTGACACAGTGTGGAGCTGTGCTCCTTCACAGCACGATGCTCTGCTGTTCTGCCCTTCAGGTTTCTGTTTATGAAGTCGTACCCCCCCCTCTCTCCATGGGCTTCTCACATGTGGTCCCCAGCTGCCTTTACAGACTGTGACGTGTCACGTTCTGCCAGTGCTGAAAAGTCAGGTTACTAAAGGATGTCCTTAAAAGTGAACGTAATTATTTTTAATCGAAACCTCTTTGATATCTTGGCGAGAATGGTGGTGGAACACTGAACGGCTTAGCAGAGCATCTCCCCAAGCCAGTGCTCAGCTGGGGCAGGGAAGCTGTGCCAGAAATCCTTGTTTCTCACTTCTTTCTGGATGGTAGCTGGCCCATAACCAGCGGGGATCTCAGCTCCCAGACAAGTATTTCTCTTCATTGCCATTTATGCAGTATTTAAAGTTAATTAAAAAGTCCCTTCTGTGTTTACTCACGTTTGGAACATTGGAGGTTGGTGGTGATGGGTTTTTTTTTCCCTGTTGGTCAACACGTACAGTATGGAAGGGTTCAAATTCACTGCCACTGATCCATCCAAGGCCCGGCTGCCTTGGCCTTCCTGAGTTGAAGTCCTTCCCATTTTCCACTGGCGCAGGAAAACAAGGCTCAGAGCCTCTTATCTCTTCTTCCCTCCTTGCAGACTCTGCCTGCTCCTCTCCTCCAGATCTGTACGGGAAATAAAAACAAAAAGGACTCTGTTGCTGTGTAGCTCAACACACCCCGAGGTATTCACCACTCTTGAAAGAAAACAGTTTTCATTCTTCTCCGTGCCTGGATTCCTCCTAACATAATTTTCATTAGTTCAGGAGCAAACCTTGCATTCCAAGGCACTGAGCTCATGTGCTTATCCAGTCAATTATTTCTTGGTCCTTGCCTCCAGACAGCCTTGCATTTTGGCACTCAGCCTTATGCTGCCGATCCAAGGAAGTCATTTCACAGACATGATGGTGTCCCAGGATCTCATCGTTCGCGAGAAGTTGTTCCAGTCTGTAGGAATGCTGGCAGCCATCCACATTGCAGCCTGCTTTCTGCCACTGGTGGGATGTAGCAGGGCAGGATGGGCTGCTGAGTTCTGCTGCTTTCCCCCCGTTGACCTCAGTTTGAAGCCCTTTAATAAGTAAACATCATTGCTGGATTGCAATTTTAATGAGGGGTATTCCTATGTTCCTATTTCAGAATGAGTTTGTATTTAAAGGGCTGTCATTAGCTGGTTTGGCTGCACGGGAGCCTAGTAATGACCCAAATTCTGGGAAGCTGGATTGTGAAATCAGGATATTGTTCCGGTACTCATTTATTAGGAGTGATTTACTGGTTAATCAGACTCAGGAGGTTCTCCTTCATCAGGGTAATGTGCAAGTGGAGAGAGACCTCATGTAACTGCAGCCACTACTGCTCAGGTGTCAGCTGTGTCTCAGCCTGTGGCCCGCAGACCCTCAGACGTATGTTGCCTGTGTATGGACAGGCTGTTAAATACATCAGCTTTTTGGGCTGTGATGTATGTATTATATCCCTTTCTTTTTGTACATCTTTGTCTTTCAAATATGAGCAAAATCCCAATTTCTTGAATAAAATTAAAATAATCCTGGCTTTAGACATAAATGGTGGTGGGTTAACCTGGATATGGGTTGCAGGCAGTCTGACTCTCCAGCTTAGGAAGGAGGAGAAGGCAATTAAACACCAAGGAATGATTACGGGCCGTTCTGGCTGCTTTGTTGACCCTTTTTTCACATTGCTTTAGGGTTGAGTTTTTGGAGTCTCATGTTCAGATCTGTTCATTTTCTGGCTTTCCTGCCAGCCTCGTGCCTAGCCCAGATGGTAGCAGCAAACTTTCTCTGCTCCTTCAGCAGTGCCATAGGACAGACTTCTCCTTCTGGAAGCTTCCTGGGCACGCTGGCTCATTTTTCAGAAACTCACAGCCTTTTTCAATAGAGTCTGAGTTTCTCCTCTTCCCCTCTCGGGTCCTTCTTGAGCTTTTAAACCTGTTTGGTCATCAGCTGTTGGTAGGGAAACCAGATCTGTTCCTTAGCTTTTGTACATCACAAAGTGAACTGCAATTGTCCAGATCCTTTCCTTTCAGTACACAATAGCAGGTTGACTGGAACTTCTGCTCCATGCATACACCGTATAGAGGTGTAGCACAACAGAACTAAGAAGGATGGGTTGATAAGTCAGCAGTTTGTGTTAACTGTCTGTGAAAAGACGGCTGGCTTCCTTTTCTTTGAAGTGATAAATAGTTAATTAGCAACATCAGTTTATAAAGGGTTTCTGAGAGGGTTTGTTTGCTGAGTGTTTCATCCTGGAAGTGTGATTTACAGGTAGGGAACTTCTGTGTCCCTTTGAAGCGAAGGCTGAGAGGAATGCTCTGATTGTTTTGGGAAAGGCACTGCTGTGCATGCGTGTTCATTGCACGGTGCTCTGCATGCTCACATTACTTGGAGCTGTAGAAGAGTGCAGCCTGACAGCTCTCCTCTGCATGGGAGCCCAGGCAAGGCGCAGGAGTAAATGGGAAACAGCAGCATGGAATCCATTGCCATAAGAATGCGTAAAGAGTTCATCAAGGCTCCAGATGCCAAAGCTGTGCAGAGAGGACCCGATCTCGTGGGTGAATGTACAAGATGCCAGGTCGGTTCAGTGGCACAGGCAGCTCCTGTCATCCAAACAGCAATCCCTGGTGCTGGCATTGTGGGCAGGTGTGGCCGCTCACAGTGCTGCAAGGCGTGCACAGCCCCGCGTAAAGGTGGGCGTTGCTGGGATCTGTGTTCTAATGCCTGCTCAGTCCCTGCTATTCCTGCCTCACAAATCAACAAGTGCTGTTTCTGGAACGTACCTGGACAGGTAGAACTCTTCCCTTAAGGCCCATGTTAGAAACATGTTGCTAAACTGGCGGGCTCACCTCCCTGACTCATGTTGCTTTTGTGCAAAGGGGTGATAGCATCACTGCACGTCCCCCAGCAGGGGTGAGGGAGGAGTGGAAGACGAATTAACTAAAACGCCTGTAAAATACTTTGAAGATTAAAGCATTATGGGCCAGAGCTGAAGCCTGCTGAAGTCAGTGGTAATCTTTTCATTGACTTGAGTGGTCTTTGGATTGGGTCCTGTTCTATGGAGCTTTTAATATGAGCGATGGGAAAACCACCGAGCTGAATTTAGAACTCATTTGCAAGTCATCTGTTCTATATTTGGAAAAGAACTGTGAGCCAGATTCTGTGAGCTACATAATCCCCTCGAAGTTTGCTCAGAAACCCACATAAACAGCATTAGGGGCACAGTGCTCCTCAGCTGACAGCTCGGAGTTATTTCCTATACAGAGGATGACATAGAAAAGCTATTTGGGGGAGCATTGAGGGCTGATGGGTGGGTTTTTCTTCCCCAGTCTTTGGTGCCGTGGGAATTAATTTCAACCACACTGGAAAAATAAATCACTGGGGAGCTGAGAAATGCATATGATAATTGGTGCATTTGCATCAAAACTATTTCTGAACCTTCTCGACATAACAAATGTCACTGGTTGGTATTTCTCCTGGGGTTGTTCTCACCTGGAGCCCGGCTGGCCAAATAAAGCTCTGCCCAAGCTCCTGTGTCATCAGTGGAGAGAGATGGGTCCCTCCAGGGGATGATTCACGGCGATGAGGATGGATGCTTGAGACGGGGGAGGACGGGGGGAGAATGAGTAATGTGAGCTTGTAAAGCATCTGAATCGAACTGCGAGAGGTGCTGCGCTCCACGGAGAGAGCGATTGAGGGGCTGTTCTTCCCATGGATGTGACTGCATTTCAAATCACTTTGCAGTGTGTGAAGCCTGAGAATCAGGTGTCATTTGAAGCCTGTTTTCTCAACTTCGCTAATTGCTTCCTGTCACTTCAGCAGCTTAAAACTGAGGTTTTGTGTCATCCGTGCGTTTGTATGTGCTGGGAGGCCTCGTGTTGTTTAATGAATCATTAAGTAATTTTCAGCCTATAGCCCAAACAGGAAAGGAAAATGGATAAATAAGTATTATATTCAGCATCCTGCTCCGGAGCCACAAGGTTAGTCTTCAATATACTGGGATGTAATTAGTTATTTAATTAGGGTCAGACTCCCTAGAATGCGGTTTACTTGAACGAGTGGTTTAACTAATGATGTGTGCTGTTTTACAGCCCTGTGTTCTTTGTATTAATTACGTTATTCCGTCATTACATGGCTTAATAATAATCTGCACGCGTTAATATTTTGATACTACCGGCTGAAATTAATGGGTCCAAACTTCAGTGGAGGACCACAAAGGCTGCAGTCCCAGGATCCTGCTGCCTGTGGGTAACACACTGCACTCAGATACCAAACCTGCTTTTCTTTTTAAGCGCATTTAAATAATAGCAGTTGCATCTCTATGTAGAGAGTGGTGGCGCCTGGCAGTTCAATCTGACCTCCATACACACCCATTGTGTTTTAAGAACCCTGAAGCTGTTCGGCGTCTGATGAGTGAATTGAAGTGGTTGAAATTGGGGAGCTCGCAACAGAAAAGTGCTGTCATCTTCCTAGAGGGTACCTGAAGGCCTTGGAGAGAGCACAGACACGTGCTGGTGTTCAGCAGAGCCCCAATGATGGCTGCTGTGGGGTCTGATCGGGGTGGAATTGTGGTGGCACTGTGCGTTCACTGTGCTGAAGGTCCTCAGTGCTGCTTTGGTAACTTCACCTTCAGGTACCAAAAGGTGGCGTGAAGCTGAATTTGGTCCTGGAAGCTGCTGAGAGTTGGGAAGTGCAGTTTGCTTACGGGCACGTGGGTGGAGGGATGAGTGCATTCACGTCTGTGGGCAGTCCTGGGGGTCCTTTCAGAGATGGCTCCTGCTGGTGTCAGTTGGTGTTGTCCACTGATGTAAATTGTAAAGCAATTCTGTAAACTAAGCTCTCTGCCTTTTCTCTTTGCTCACTCTTCTCCAAGGCCGGATTTAAGGC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Seq C2 exon
GTTATCAAACTCACCTTTGAAGAATTTGAACTGGAGAGAGGGTACGACACCCTGACAGTGGGTGATGGAGGACAAGTGGGAGACCAGAAGTCTGTGCTGTACGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002602:ENSGALT00000033174:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043115=CUB=PU(33.9=90.2)
A:
NA
C2:
PF0043115=CUB=FE(31.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]