GgaINT0136766 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002514 | SFPQ
Description
splicing factor proline/glutamine-rich [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10774]
Coordinates
chr23:4348149-4352202:+
Coord C1 exon
chr23:4348149-4348270
Coord A exon
chr23:4348271-4350865
Coord C2 exon
chr23:4350866-4352202
Length
2595 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAATG
5' ss Score
5.46
3' ss Seq
TGTTAATTCTGTTCCAATAGCGT
3' ss Score
6.67
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCCTTATGCTTCTGCAGCCCAGAAATTTCCACCTCTTGGGGGTGGAGGCGGCATAGGTTATGAAGCTAATCCAGGAGTTGGCCAAGCAGCCATGAGTGGTTCTATGATGGGAAGTGACATG
Seq A exon
GTAATGTATCCTGTGATGGCTTTAGTTTAGCACAAGAGAAAAGTTGCAGTTGGAAATGAAGTTCTGTGTTCGGTTGTGTAAATTTCACTGTTAACTGCTGACTTTCTTGTCAGGTGTTTAACATGGAAGAGTAGTTTGGCATTATGTAGTACTAGTTTAGTTAACCATTGCGGTAGTTTACGCAGTTGGAAGTTGTTTGTAACTGAATTCAAATGTGCTGTTAAGCATATTTGCAATTAACTCTGACCTTATTGGACGTGAGAAATTCTGCATCACAGTTAGGCTTGGAAGGATTTTTATAAATTCTAGAGATTATGATGATTTTCAGAATTAAAATAACAGTAGTAGCTGTTGAGTAACGTGACATTCTGTATGGGCAAGTGAGATCATTGTTCTCCTTTCCACAGTTGAACGTTGCATTTATTTTGGCCCTTCCAAGCCTTGTTAGAATTGATGCATGCTGTTAAGAGATATGCTGTTAATTCAGAAATCTGCGAACGTCTCTTTAAGCAGCAGATTAACTTAAATGATGGGGAACAGCGTATCACTTACTCTATATGCTGATGTTTGCTATAGAAAAGCAGAAATGCTATTTTTTGGTTTTTTTCCTCAAGTCTTAGGCATGTTCCAGTGGTCTGACTGTAGCCATTTTGTGGTTCCTGATCCACAGGGAATGAAATGATAGCCTGTTCTTGTTGCTTTCTCTTTGTTGGGGATGACTGTAGGTAGAGTTTATTAAAGCTGCTGCATATCTCGTGCTCCGAGGTATGATTCCAAGCTGTACTATTTTTGGCACACTATATGTGTGAATGGGCTTTGAGCGTGCTTGGTGTTATCACACTGAAGCAATGCTGATACAGGTTAAAGAAATGCTTACTGGGTATAATGGAAAGCTGTTGGTTTAGGTGGTGATACTAGCGTGCTTTCACCCTCCTTGTAAGGGGTGTACTGTGTTGCACAAGCTGAACTAAGTGATTTTTTGGGTGGGTTTAGGCCTCTGGCTTAACTCTGTGAGCTACCATAATAGCTTATCAAATATCTTCTGTTTTTATGGGAACTGTGTCTTTGAAACCATAACTTTGCAGAGCCGCAACGATTCAGTAGACAGTGCTGGTGGCCTTAATGTGTCTATAGTCTACTGATATATTTAGGCAGTTCTTGAGCTTCCAGCAAATAGTTAGGCAGTCTGTGGTAAATGCTGTGAACATTTTTCTCCTCTGGAAATTCGTGGTACAGGTGCATGCTGAACGAGTGTAATACTTGAAAACGTGTGACAGTAAGATGGCCTTGAGTTTCTTAGAATGGGGGATCTCTGCCACACAGTGCTGTCACAGTTATTGGGCTGACATCTTTATGAGGAGGAGGAGGTAGACTTAAGCTGCCATGAACTAGGCAGGAAAAAAAATTGGTAGCATTTGACATGCCTTACTTGGGAGGATTGAAACTGACTTTCTGAATTGGGGTCTGAGTTTTCAGTTGCAGGTACCTTTTGTAACAAACAGCCCACCATTGTTCTGTTACTTGGTAGCAGAAAACGTGCTTGAAATGAAAGTTGATAGCTTTTTGTTAAAAATTTGGCAGTTCTGTACATTGAATGCTGATCACAACTACTGTTACAGGAGCTGAATGAAGTACATGCAATGAGAAGTACTAGCAAAAATATCTGAAGTCTCTGCTTTATTGCAGGGTGACTTAGCTTTTACATCTTGGTGTGAAACCTTTCAACACTGAAGTTGTGAATTTTTCCAAGAGCTTGTGATGAAGGTGGGGTGGGAAGGGATACATTGACTGGATGCACACAGCCCTTTGTGCATAGTTCTAACCTGAAACGGAATAAGTTGTGGTTCTCTGAACACACATTGCATATACAGCAGCAGTTTCGGAGTATGTGGGATTGAATAAAAGCAAGTCTTTTGGTGGAGCAATTGCGTTGGTTAGGTAAATCACTGGTCATGAGCTTTTTCACATTTTTTTTTCTTCTTGTAATCCAGTAGTGCTCACTATCAGTTTTGATTACTGCCTAAGGCCTCTACAGTTTAGTCAGCAGACCGTAGTCTTAACCCCATCTTGAAAAGCACATGGTCTCTATTGCAGCACATGCCATTAACTGGTGAGTAGGCATTCTGTTTACAGTGACATTTCATGAATGTCAGCTCGTACTTCAGTGAACTGAAGAAGCTCTCTCTGGCTAGGCTTGTTTGGAAATGACAGTGATGTAATCTAAGCTTTTATCACACTAAAGGTGAGAAGTTTGCAAGCTATTTGCATTAACTTGGTTGAAAATTGCTAGAGCTCATTGTGAAAAGTTGTTAATTCACATCTGCACTAATGCTTACATTTCTAGCACTGCAGGGAGGATCTGTTCTTTGTAACAGATGTATGAGAATGCATCAAGTGGGAACATACCTCAAGGCATGTATTACAATAAACTAATTTTTAAATTACCCTTTTTTCCTTTCTATGTTCCCGGTACCTGTGGATCGGCTCAATGGTGATTGTATCGACGAACCTTGACTACGGAACCTTCTAAAAATATATACTTAACACACATGGACATCAACTACATATAATGAACTGTTAATTCTGTTCCAATAG
Seq C2 exon
CGTCCTGAACGCTTTGGGCAGGGAGGTGCGGGGCCTGTGGGTGGCCAGGGTCCTAGAGGAATGGGGCCTGGAACACCAACAGGATATGGTAGAGGGAGAGAAGAATACGAAGGCCCAAACAAAAAGCCCCGATTTTAGATGTGACCTGTAGTTTCATTCCAGTTTGTTTTGTCTGTCTTGTTTAGACACCAACTTTTTAATTCTTGCATTTTAGTAAGAAAGCTACGTTTTTATGGATGTTAGAAACTTACTGACCTAATATTTGTAAGTGGTCTGTTTGGGCAAGTACAACTTAATTATGTAATGCAGTGTTTCAAAACAAGTTTAGCTGTTTTTTGATGTATAACGTCCCTAACTTGATGGCAGTGTACATTGTGCCACTGAATTCCCAAAGTGTACCAACTTTTTTTTACTGTGCTTCAAATAAATAGAAAACTAAATGTAGTAACTTTTCTTGCCATTCATGGTTAAATTAAGAGGCTAAATATAAATACCACACCTTCAGCAGTAAACTGAGAGTCTTGCCATAGAGATCCAACTAGACCCAGGGTGTGGAACTGTAGTGAAGAGCTGAGATCTCTTCCCATACTGCCTCTAGCTTAAGACTGGGACAAATAGCTTAACTGCCCAGTAGGCGCAGATTTTTGAACGTTGTGCTGCAATAAGTAAATAAAAGTCTTGCAGATGCTGTCAGATAATGGTAATGAAAGCTCCGCTGCAAGTAATGCAGTATGTAAAGCATTTCTTATCTTAGCTATGGATGATGGGTGGTGGGATGGCTGCACTTACCACCTTGGCAGTTACTGCTTGATACCTTCTAAAGACTTTAAGCAGAAGACTAGCAATGGTTATTTTAAAATAAATCCATAGAAAGACTTCTATTGACTGACTTCCTAACTTACGGGTTATTAATGAGATATTTATATGCTCTTAAGCTGTTTGAGATTACAGGATCTGGCCTTGCTCCGTATTGTATACCTGCCTGAAACTGCTTGGCAAAAAAAAAAACCAGAAGTGCTGCTCAAGTGATTAGGGGAGAACCTGCTAATTCATACTTGTAACTTGCTTATGTCCTCGTGCTAATTGAGTGGACTAATTTGCATAGTTCAGAATTCAATTGTATTATGGGGGCTGCAGGAACTAGTCCTGAATCTTGTAGCTGCTGGATAAATCATAAAATCCTGTATGTAAAATACAGAGAAATGAGCATTCTTGCACGATGGTTATTGTTATTATTGATGTGTAGAGGTAATGCATCAAAAGCAGTATCTAAATCTGGAGTTAATACTGCACCATACAAATAAATTCCCTTTAAGGCTTTTTTGTAGATCTGATGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002514:ENSGALT00000003963:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]