GgaINT0145718 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002672 | SBNO2
Description
NA
Coordinates
chr28:2429377-2442828:-
Coord C1 exon
chr28:2442705-2442828
Coord A exon
chr28:2429542-2442704
Coord C2 exon
chr28:2429377-2429541
Length
13163 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
GGTCATTTCTTTCATTTCAGGAC
3' ss Score
9.04
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAATATTTTAATTCCTCTCACGATTTTTATATGAATCCCATCAGCAGACCACATTTCTTGGATACAAACTATGCATCTGTGGACCCCACTGACTTCTTACCAAAAAATGGTGATTTTCCTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GACTCTTCATACCTCGATGAGCTCTCCAACAATAACTCTCTCTTCTCATCTCCTGCGGATTCCCTCTCTGACATTGTGGATGCAAAGGACTGCTTGCCTGCTGACAGCCTGAACCACGTGCCAACCATATGGGATGTAAACACGTCACAGCAGAACCAAACAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002672:ENSGALT00000004211:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.468 A=NA C2=0.558
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]