GgaINT1001337 @ galGal4
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr17:594585-605082:-
Coord C1 exon
chr17:604979-605082
Coord A exon
chr17:594944-604978
Coord C2 exon
chr17:594585-594943
Length
10035 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTATGT
5' ss Score
5.19
3' ss Seq
GCATTTTCTCTTCCCTGCAGGTT
3' ss Score
12.91
Exon sequences
Seq C1 exon
AGGGAGACATTGCTACGGCAGCTGGAGACGAATCAGCTGGATATTGATGCGACTTTGGAGGAACTGTCAGTGCAGCAAGAGACAGAAGATCAAAACTACGAACT
Seq A exon
GTATGTCACTGAGCAATCTTTTCTAACTGTTTTGTTGCAGTCTGGGTATCATACAAATGTTGTATAGCCCTAGCTATGGCTTGTGGCCAGGCTGAGGTAGTCAGTGAGTGACATTTAGGGTTTCTTTGGAAGTCGTAAAATGTCGCTTTAAGTGATGTCTCCCAGAATAAAGCATGAAGCAAGCAGTTTGGGATCCCTGTCAAAGGGTCTGTTGCCTACAAGCTACAAGCATGTGACCTATGGGAGGGCAGTGGAGGTGGAGCTGAGCAGTACACCTGGAAGTAGTACATGATAATGGGGTTATAGATAAGTATGTTGTAGCCTCTGATGCTGAAAGGGGATATTTTCCATCTCTGTAGTGTTCAGCATGCAAGTTGATTCCTTTTCTTCTAGCTGTGGCATTCTTGAGTATGGTGTGTCTTGTGAAAGGCAGCAACTGATAGCTACAACGTGGTTGTCTTTTGTTCCCTCTGAATACTTTTAGTCTCCTCAGAGTACTTCTGGTTTGAAGCAGAGACTGTTTTCCTGCTGCCTTATGTTTGTTCAGTGCCTCATCTGTTTGTTTGCTGCTTGAAATGAGCATTTGCCAGAGTTAGCCCTGCAAAGCCAGTGCATCTGTATCACAGTGAACTGGAGCCTCTTCGGATTTGTATGATGTTAGCGAATGGATTCCATGAAGTCCTACTGCAAGGTCTTTATTTCACTGACCTGCAAGGCGAGTCAACCCCAGAATGGTTTGGGAGAAGATTCTTTACAGGCAACTCAGCTGGAAGTTGGAATCAATGATTATGAAATATTCATGCACAGCCATTTGAAAGCACTTTTAGACCAAGTTTCAAATTCTGTAACCTGGTCAGTGTGTTTTCCTTCATGAGAGCACTGAAATTGCCCATATAAACACAAAGCATTACTGTTTCCAGAGCAGTCACCTCACTCCATTCTTTAGTGATTGGCTCATTGCCTTGTGCCTTCAGCATTTCTCTTGATGTCCCTTCCCAAAGGGCTGGGCTGCAAGGGCTGTATTGTCAGGTTGATTTCCAGTCTTTTTTCATTCTCCATCAGTGATAGGAGGATACTTAAAAGAATTGAGACTTGGCAGAGCTATTCCAAACTCACACCAGAGGATCTTACTGCTTAGTCATTGTTCTCCTGTACCTTACACCTTATGCTTTAGCATTTGCTGGACCATCTCATGAAAACTATTTTCTACCAATATCCACTTCTGGATTCTTTTTTTTTTTTTTTCTTCTCCACGTGAGTGAGTCGGACTTACTCTGAGAAGCATCTGCTCAAAACCAGAGCTCAAAGGAAGCAGCAGGGGATGGGATGGGGCTGATCTAGTAGGATAGCAGGACCTTCTAATTCCAGCAGTGGATGTTTTACTGGATCCTTCCATCCAGTGTAACATCATCATACAACATTTCTCATAATATTGGGTGCTTCCACTGCAAGAGAGTGCTCTTCCTGTAGCACCTACTCCTGCAGAAGTACTGTAGTTACTAAAGAACATAATTTACAATGTGTCAGCATCCAGAATCCTAAGGCCAAGCAGGCCACATTGGTGCAGGCAGAATGCACAATAAATCAAAGGTATGTGCTTGCCTTTTGCAACCTCAAAATACCTTTCATGCACTGTGTTGTGGAAAATACCACTTCCGTATGTTGGAAATATCCAAATAATTTTGTCAGGACGGTATCTCTGATAAAAGCAGATTTTATTCGCGATTGCAAATGGCGGGCGTCCCACAAGCAGGAGAGTGCGCTTATGGACACGATATGACAGCTTTTGTACCTTGTTTCCCCCCCTTGCCTCCCGTGTTTCCCCACTGGCTGGGTACTCCAGGTTCACAATCTTATCAAAAGGTTTATATTTGTTAATTACTTGTTAATTCGTGTGTTATCTCCAAGATGTCTCAGTACTCTTCTCATTCGTATTGTTATGGTGATTTTCTTCAGAGTCTTTGTTAGACAAAGAGTACTGAGGGGGGGTGCCAGATCTTCCTCAGTACCTTCTTCAGGCACTCCCTAAGGCATGTCACAAATTGTCCTTTCAATTTGTGCAGGATATTCTTGCAATATGTGTGACATATATATTTTCATGCTGGCTATACATAAGTTGTTACTAGCTTATATATGTATGCTGTTAATTATTCAACTTCTCCTTTAATTCTCTGTTACTCAGGTCCTGTCTATCCAGCACCAAAAGCTAATAGTTTTCCAACATCAAGGGGTTTTTCATTTGTAAAGATATCTATTACATCTAACTTGCCTTTAACTGAAGGCCCAGAAGTTTTTCAGATGGCTGGACAGACAGGAGCTTCAGTCTTTGTGCTTAGAACTTGCTCCATCTACCTAATCTCTATGGATGGAGATATATATATATGTATGTGTGTGTGTATATATATATATACATATATATGCTACATATATATGTATGTATGTATTACTTTACTTATATACTGAGTATGCGTTGTTGAGGAAGGTTTATCTAGAGGATAAGCAATGAAAACTATCAGAGAACCCCAATAAAGTAGAAAGACCCCTGAAAAGAACTATTAGCCGTAATAAAGGACCGAGATGGTAGCAGAGGCCATGAAATTAACAAAATTCTTATCTTGTTCTGATGCAGAAACAACATTCAGTTCCCACACGTAGAATCCCCAGGATCATCTGCAGAAACTCCAAAGCCAGATAATCATTTACCCTGTGTCAGTTCTCTGTTGTTTCCCAAACCAGCTAATGAGCACAGGAACGTGATGTTTGTGCACCTGAAGTACTACAAAGACACACATAGCCTGGCTGGGCAGAAAACTGCCCTTCTGTGCTGCAGAGATCTCCTGTAGCAAGGGACTGCAGCTTAGCTGCTGGGGAGAGCTTGCACTGCAGGTGACTAACTGCATTGTTGGGCTGCATAATTGGCTAAACATGGCATAGGAAATATCTTGGCAACGATAGCTGTGAGGCTGAATATGAGCCAGCAGTGTGCCCAGGTGGCCAAGAAGGCCAATGGCATCCTGGCTTGTATCAGGAATGGTGTGGCAAGCAGGACTAGGAAAGTCATCCTGCCCCCGTACTCGGCATTGGTGAGGCCTCTCCTCGAATACTGTGTTCAGTTTTGGGCACCTCAGTACAGAAAGGACAGTGAGGTGCTGGAGCAGGTCCAAAGAAGGGCAACAAGGCTTGTGAAGGGCTTGGAGAATATGCCCTATGAGGAGAGACTGAAGGAACTGGGGCTGTTTAGTCTGGGGAAAAAAAGAAGCTGAGGGGAGACGTTATTGCTCTCTTCCAATATCTGAAAGGTGATTGCAGTGGGAGTGGGGTTGTTTTCTTCTCACTGGTGACAGGTGACAGGACGAGGGGAAATGGCCTTAAGTTGTGCCAGGGTAAGTTTAGGTTGGATATTAGGAAACACTTCTTTACAGAAAGGGTTGTTAGGCACTGGAGTGGGCTCCCCAGGGAGGTGGTTGAGTCACCATCCCTGAATGTGCTTTAAAAATCGTTAGGATGTGGTGCTCAGGGAAATGATTTAGCAGTGGGTTGTTAGTTAGGGAAGTATGGTTAGGTTGTGATTGGACTTGATGATCTTTAATGTCTTTTCCAACCTGAGTGATTCTATGATTCTATTAAAAGAAAAAAATTTCCTAGGATCCTGGTTTGGTAGATGAACTGACCTTTTTATGCAACTGACCAAATCCTGCTTTCACTTGAGCTACAGCAAGTTGGTCTGCATACTCGGGCCAATGTTCTTTGTTTTCAGAAAGTAATTTTTTTTTTTTTTTTAAGAGAAGTGTCTTTAAAGTATCTGTGGATGCTTCCTGTCTTAAGTCGCTGATCCCAGAAGAAAAACACCAGGCTCTGTCATGACTGAGTACTTTGACCACACTGACTAAAATACAGCATTATTCTAGAGCTTCTGAGTTTTTGTCTGCACCCCAGCTAGAGATGAAGAGTGCTTCAGAGGTGCACCAGAAGTACCAGGCAGGGATCAGAACTTGCAGTTGAAGCAGGATTTCATGCTCCTTAATAGGGCTTGGAAAGGTCCTTGCATCCTTGCTTGACAGCTGCCCATCCTCTTGTCTTGAGAATATTGTTTTTAATGTGCTACTGTGGTCCTTGTCAAAATGAACACCTGGTGTATTGTACTTTGACGCTCACCTTGTTTAAAGCACGTGGGTTGATACAGTGTAAGTTGTTGTCCCTTCACAGATGGGAAACCCTAGTGTTGGTTGCTTGGTTTACTTGGAGCTTTGATGTTGGTCACCACGATTGTTCAGCATGGGGAGGTGTCTGCAGGGCTGGGTGCTGCATCACCTGCTCTGAGGTGGTTCCTGCTGTCCTTGTGTTCTCCAGCTCCAACAGTGCCATCAGTCAGGCAGTGGAACAAGGCAGGATGGCCATGCTGGGACAGCTCAGTTATTTCATTCACCCGTGTGTGTGTCTGCTGGCTGCTGGCAGAATGACTGATGCTAAATTTGGATCAGTGAGAACAGAAGGAGCACAAGAACTCTTCATCCTGCTGTGGCTGGGTACCTGAGGACAAAACGTCATTGCTCTAAATTGTGCATCCCAAAGAAAACACGAGGTGGCACACAACTCTGCCTCATCTGGCTTATGTAAGCAGTCCCTTGGCAGCTGCTGGCCAGGCTTTGCCTGTGTAAGATGTGTTTGGAGGCTTCCAGCTCTTTCCTTGTGCTTGGTCTCTGCCTGTTGCACCTCTTGCTCTGATACTTTCCCTGTCCTATCTCAGGTTTTGCATTTTCAGTGCTGCTAAATCATGTCTAAGCCCTCCTTCAGTTGCAGAATTCTTATTAAGTAATCGCTGTTCTGACTGTTCTGAATTTGTAATTTGCTCAATTTTCCCATGTTTGTGTCCATCTTACCTCATGTCATAAGGAAAACTTTTTATGTGTTGTGTTTGTTGAATTACTGCATGTGTTTTCCCTCACTGAGTGGTACTCATGGAGCAGTGTTTTTAGGGAATTATGGAAGCTCTTCCTGCA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CTACTGATTATATTTGCATTTTCTCTTCCCTGCAG
Seq C2 exon
GTTCCTTGAAATGATGGAAGCCCGAAGTCGAGGGCACGCATCGCCACTGACAACAAATGGGCAAAGCCCTTCCTCCGGCTCCCAGTCACCCATAGTACCTCCGAGCTCCACATCGACGGGCAGCTCCAGTCCTGGCACCCCACAGCCCCCACAGCCACCTTCCACAAGCTCCACCGTCTCTCCTGAACCCCCCTCATCTTTCTCACCAGTGCCTGCACCTGAGGCCCAGCCACCACACGCGCCTCTGCCAGCTGCTGCTTCCCCAGCCCCTCCAGCAGCAGCCCCACCGCCGAAGCGCAGCATCATTTCACGGCTCTTTGGGACATCTCCTGCGCCAGAGCCCTCTCCTCCCCAGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008984:ENSGALT00000014614:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.476 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0465211=DUF605=FE(9.6=100)
A:
NA
C2:
PF0465211=DUF605=FE(33.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]