GgaINT1009964 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016155 | COL19A1
Description
collagen, type XIX, alpha 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2196]
Coordinates
chr3:82350847-82359431:-
Coord C1 exon
chr3:82359378-82359431
Coord A exon
chr3:82350901-82359377
Coord C2 exon
chr3:82350847-82350900
Length
8477 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCCGTGAGT
5' ss Score
8.4
3' ss Seq
TACATGTTTCTTCTTTACAGGGT
3' ss Score
10.1
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAAGAAGAGGCAAGCCAGGCCTCCCTGGAAAACCGGGACCGCCAGGACCTCCC
Seq A exon
GTGAGTATCGAGCAAGGGGATGGGAAATATTCACCCCATCCTTTGTTAGTGTTTTTCTAAGTGCTTATCTAAGCCTGGTTATAGTTGAAAACTGTTGATCAGTGCTCTGCTGTATCAGATGGCTACTAGGCCCAGCCTTTTTATACAGTAGAGATGAAAGGTCTGTGTCCACAAACATGCAAGAATGCACAGAACAATACAGAAGGGAATAACCAAGATGCTAACTGCTGTGGACGAAACATTAGATGTCTGGCATTTCAAAGAGAGACCAGCCATGTATACTAAATGGGAATACTGTGCATTCATTCACTTTACAAAACGCGTGATGCTCTGTAGAAGATGGGATAATTTCTGTCTCAGAGGGGTAATTTGAAAGATGAAGGACTTTGTGAAGCATGTGCCAACTGCCTGAATGGCAGGGAGGATTATACCCAACACTGGAATGAGCACTCAGCTGTGGTTTAGATGAGTTTACTGAAGAATTAAAAAGATTAGGGAATACATGACTCTATGAACAGATTTATGATATGAAGCACTAACGGTTTTAACTCAGATCTAAGAGGTTTGGGATTTATTTTTTAAGAGATACGTGATTTTAAATTTGAAATCAAGCATGAATCTGGGCTATCTTAACCTATGATGAATGCAGTCTTCTTCTGGTAGAGGAAGACTTGGTCATATTTATAAAATTCCCTATATATTGTATTGTAAAATGCTATTGTGCACAAATATAAAACAGCTGTTAATTTGTGGAATATGTGAGCTGCTGCTGCTTCGCATTCACAGTATCAAACAAGGATTTCATGGTTCCTTTTTCTGCTTATCTGAAATAGATAAAGGTCAGCAGTTTGCATGTCAAAACATTTTATTCATGTACTTCAAGCTTAGAGGGAGTGAAATCTTCTAGGTTTATTTCTAGAGAAGAGAATCTTGCTGCATTAAATAGAATTAGTAAATTGAAATAGATACCATTTACAATTATCTAGAAACATAGCCCACCCCTTAAATGTTACAAATCACTTTTATTTCCCTTTTTCGTTGGGGAAAGAAAAAAGAAAGAAAGAAAAAAAAAAGTGCTCAGGAAGAAATTGATAATTATGTTCATTTATCCTGTGTACAACTTAATAGCTAAAAATTCCTGCTCCTCCTCTCCTACTCGTTGTCATATTGAAGCCTTGTTTGTTTGAGTGTTTTGTACGCCATGAGTTACTACTGCTAAAATGATACTGCAGACTCAGGGGTGTCCAAACAGAGGGAAGGAGTGAGTGATGCAGAATCTTTCTTAATACAAATAAATAAATAAGTAAATAAATAAATAAAAGGCCTTTAAAATTTAGAAAATAGAAAATAAAAACACAGAAGAGACAAAATGCTTAACTTTTTATGAACCAGTGAAAAACTGTGTCTGTTACAGATTTCTGCCATCGTAGGTGTGCTCGCAGGTCAGGCTTGGGAAGATGTGTGGCCTTTGACAGGTTCACCAGAAACAATGAGTGGAAGCTAAATTGCACTTTTATTATTTAAGACTATTTCAGATTTTCCTACAGCAATGCAAAGCTCCCCTTTATCAGCATAGTAGGATCCATTCAAGGAGCACTGTATGGGGACTGTACCCTAGCACCGCTTTATCAAGCAAGCGTTCCTCAAGCAGGCATGGTCTAAATATTGGTTAAAAACATTTGTTTCTGATATAACCATCTTGATACAGTCCTTATTTTGGATACAGCTACACCAGCATCTTGAATTCTTTTTCCACGGCTGAGAAAATAACCTATGAGAAAAATGCTGTATATGGAGTAATGCTTATTAATATGCATTGGCAGCATCCCCATATTTATAGTGCTGAAGCTTGTACATACTCAAAAGATTTTAACAGGATTCATCGTTTGTCCTCTCTTTTTTAAGGCTCAGAACGCCATGGATTTTGCTGTATGGTTCTTACCATTACCCCTCTGCTTCCAACAGTAGTGTCAGCCTCCTCATGAATATGGATACGGCCTCTGCTTTGGCCTCAGAACTATCACTCCCACAGCCTGGTTGCTATCATAAATTTGGCATGCATAGGGTACAAAATGCTTAACAAACTGACTTAACGTGTGAAAATTAGGCTCACTACAGTCTGGAGTTTTCTCCAGAAAAAGTAAACTTGGTGTTTGATGCTTCAGAAAAATAAGAAAGTTTTCTTTCAGGAAAGGAAGATGAAATTAATTTTTAGATCAGCTACAGACTGGGTGTTATCTGTTCATGTGTTCATGCTGTGTGGTACTTTAATATTAGAAAAAACATCCAAGTGCTCGGCAATGACAAAATAAAACCAAAAAAAAAACTGTAAGATGGAAAATTCTGCCTCCTTGAGGACACTGGAGAGCAGATGTTAGGATACTCGAGCAGTTTGATATAAAGCACAGTGCTGAAAAAAGAGGGGGGAAGGAAGGATATAAATCACATTCTAAGCAGTCCAAAGGGCTATAAATTGGATGTTACTAAGGGGTGTGCATTTTGATAAATCAAAATAATTTTCAGCTACTTCTGGCATCGCAGCGATTAAGGTTTACTTGGTTTTCTCAGTCTAACTCTTCAAACACTTTCTCAATTCTCCTATTATTTTTTTTTCTTTTTTTCGGCTAGCCTGATTTCTGGGGATTTTTTTTCCCCATAGTAAAATTGACGTTTATAGTGAGTTTCCAGTCCCTTAATATCATCTGCACATCTTTGGTTAAAAACCTGCATCACTGTGTCCATAATGTAGATCTATTGGCAAGTGCTGATTGAGCGACTTGGTTTAAGTGGGACTCTCTGTGCATCTTCTTCCAGGAGTCCTTTTCTGTGTCATTTTTTTCCTTTGGTGCAAACAAGGCTTCATGTTGCACCAGGGGAGATTTAGATTAGATATAAGAAAAGACTTTTTCTCTCAGAGAGTGGTCAGGCACTGGAATGGCCTGCCCAGGGAGGTGGTGGGGTCGCCATCCCTGGCAGTGTTCAAGAGGCATCTGGATGAGGAGCTATGAGAGATGGTTTAGTGGCTTGTGGCACCAATGGTAATGGGAGGACGGTTGGACTACATGATCTTGTGGGTCCTTTACTACCTTGTGATTCTATGATTGTATGATAAATCCTGTGCCCACAGCAGTCAAAGTCCATGAGTATTGTAGACTTTTAAAATCTACTGTTATTCCCTTCTGGTTCAGAATTCACAGATTGCATCCATGTTTCTGATGTTGTTTTTGAGTACTATTCTACATACCATCTCACTACTAGGAAGCTGAGATGTGTGCTCCCACGTGTCACCCTCCAGTGTGCAACAATTTAAGCTGAAAACAAGGAGTCCAAATGGTTTAAGTAGAACAGCAGCTCCCTCTAGTGCTTGTCGATTGCCTCCTCCCTTTTAGAAAGTCTAGAGAACTGTCTGTAGCTTCTGTAAAATACGCTATTCCTTTTTCCCTCATAAACATTCTGGATATTATGAGTGTGAAGTAAAAATCTCCATACCCTTCAAATGTATTTCATACATTTTCCTACATGCATTTTCTTCTAAAATCCTGTGAAACAGATGCTGTCTCTTTTACATACTGTTATTTTGTATGGTTTTATGTTGAATTCAAAGCCATGATTTTATAAAACAACAACAAAAAAATACTCTCTTAGTAGGATGCTATGAGATTCTAAGTAGAGCATTTTGATCTCACTGCAAAGCTGAACTGAATGCTTTGTGCAGTAGTTGCTAACAAAAATATCTGCAGGACTTAACATCGCAGAAGGGGTATAGCATACCTTTTTTTAAAAAGTGTTTAATTCATAATTTTTCTGGTTACAGCACCAATACATTTATTTTCCTTTCAGTAGTTAAATGTATGGAAGGTGTCTGAACTTAACTTTTGTATGCTGTTGGCCTAGTGATTCACTTGCCAAATTCTCTAACTTTCCCTTAGACTTAGTCAAAGTGCTTTTCTGATCAAGGCCTGAAGAATCTCTGCTTGCTTTCTGTTTAGAGTTCTGTTAAGTGAATGTCACTTGTGTTTCTACTAGTGAACTAGAGATTCTATTGTGTTTCTAAACTGCATGGCATCTGGCATTGGTTTACATATTTTGGTTGTTTGTGGGAGATGCTGACACTGAAACAGGATAGTATAGGACACATTATGGATTTAGTGAAACCTTTCTAAGGTATAGAGTTTATATTTTTGTTTTATTTCAGTAAGTAGGACAGCAAAAAAAAAATTCTGGTTTCTCCACTAGAGGTTAACTTGATCTCTTCTGTTCCAGTTTTCTCTGTCTCTGCTGGAGCAGCTAGGACTGAATAATTTCCATTTCTAAATAGTTCCCATTACAGTGGATCATCAAATTGTTTCAAAAACAAAGAACAGTAAGCTAGAATTGTTCTATATACTTCTACAAGCATAGCAGCATTCTCTGCAATGAGTCAGAGTAAGATTTCTGCCCAGTATAACTGTTTGGCAGAAGAGAAATACTGTCAACATTATTATTTAAAGCCATGAAGCATATGATTTGGCCAAGTGTCATCTTGTCTAAGAAGCTGTATGTGGCAGAGCATGCAAATAAATGTTGAGTCACCTAAATCATAGGTTAACACACTGCAATCAAGATTATTCATCCTCTTATATCTCTTCTGTTTTCTATCAAAATTTTCAAAGTTATTGTTTACAACCAGAATGAATATACTTTACTTTTCCTGTGTTCCCAGAAGTTTCTTTAACTGGGGATCTGAAGCATCAAATTCTTTATATCAAGAACTGGTTCACCAGGGTTCATCATCTCCCTTTGCAAGGGTCTGAACTTTGTCTTTATCGATGAAATCATTCTTTCTTCAAAGATTAGCATGAGGTCTCCTTAAAGTCTTAAACTGAAATAAGGTTTATTTTTTGTTTGTGTTCCATACAGGGCAGTGGAGAAGTTCACAGCCTACTTGAGTTCCTTCATTTAATTCCATACAATTTTGGTCCCTCTTATTCAATATGTATGTCAGTGCCACCAGTGCAGTT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Seq C2 exon
GGTCCTTCTGGATTAGAAGGAATTCTGGATTCATTGAACAGGCATTATAATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016155:ENSGALT00000026059:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=FE(28.3=100)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PD(13.3=44.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]