HsaINT0038324 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000082293 | COL19A1
Description
collagen type XIX alpha 1 chain [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2196]
Coordinates
chr6:70102169-70121942:+
Coord C1 exon
chr6:70102169-70102222
Coord A exon
chr6:70102223-70121879
Coord C2 exon
chr6:70121880-70121942
Length
19657 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTGAGT
5' ss Score
7.21
3' ss Seq
TTGATTTGTTTATAATACAGGGA
3' ss Score
5.16
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAAGACGAGGGAAAACAGGACCTCCCGGAAAACCAGGACCCCCAGGACCACCT
Seq A exon
GTGAGTAAACAATACAATGACTGTCCCTTTAAAGAGTCTGTCTTTATGTCTGTGTGTTTACCTAAGGATTATTTTACTCCCCTGTAGATAATGATTTCCTTTATTCTACTGTTTAGAATGACTGGTTTCAGCATTTGGATGAGTAGTTCATACTCTCTATATTCCTAACTCCATCATCACCACAAACCAAGAGATGAGGGAGGCTGGTAATTGTCCATACACCTCACCCACTTCTTTATTACACAAATGGCAATAACAGTAGTGTCTGCTTGAACATCCCAAGCCAAGTGTCCAGATAGATGAATCCTGTTCTGAACCTACCTGAACACCATCTTCTAGATTTCTTAACATCCAGGCTGTTAGAAAATCAGACATCTGGGGAAGCATATCCACTTTTCTTGATATGAAACTATTTTGTTAGTATAATTTCATGATTTGGTAAAAAGTGCTATAAAGATCATCTAACCAGTTAGCTTATCTGGATCCTTTACCCCAAGCTTCTAGAAAAAAAAAATATTCAATTTCTTGTAGTTCTGGTAACTCTGCAGCCTATGAGAGTCTGGTTTGTGTCCAAGCTGCTCCACTGACACTGCACTCTCTGTGGTCACCAACAATCTCTGCATTGCAGATTCCCTGAGCACTTTTCAGGCTTCTTCTTACTTTACTGCTACACAGAAATGTATACTATTGACTGCTCTCTCCTTGAAACTCCCTATTCTGTTGGTTTAGCAACATTGGGTTTTTTTCTCCTATGCCTGGGGCCATCTTTTTGTCTCCATTAACAGCTTTTCTTCTACCCCCTACATGTTGGATGGATTAATGAATGCCAGTTTTTTATTTCAACCCAGACATTGTTGCTGAGTCCCAGGCTGGTACATTCCTTTATTTTTTAGTATCTCCACTTGGAAGTCTCCTAGCTACCACAAAAGTATAATGTCCAAAACTAATCTCTAAAAATAATCCTAGATTTTTTTGTTCTTCATCCTCTTCATCTAAACAGTCTCTAAATCATATCAGTTCTACATCCCAGTAGCCCACAAATCCTCTCCGTCTTCACTGTCAACGGCCTTAGTTTAGACCTCTGTCAATTTGAACCTATATTTTTGAAGTCATCTGAGAGCTGGTCTCATTGCCTCTACCTTCTCCAAGTGGAGCAAAACCTCTAAATCATGACAGCATCTAGGTGGGCTTGGATGGCTTAAAATTCTCTAAAAGCTTAAAACTATTTGATTTTAAATTCCTCAATCGCTTCTTTTTTCTTCAAGAAAGATGGATTCCACATCCTCTACATGCCATTCTGGGCCCTTCATGGTTTGCCTTTTACCTGCCTTGGCCTATCCTCCTCTATGCCCTTCCTTCTTTTGTAATCAGTAATCTTCGCTTACTATTTCAAAAATGCCATCACTTGCAAATGTTCTCCAGTAGGCCTATATATGCTTCTCTCTATCTTCATGACTCAGCTCAAACATTTCTCCTATAGAAGCTTTGCCAGTGCTCTCAGCATTTGAGGTTTCCTCCCATGGTCCTGTATCTTACACCTCGGACAGACACGGCATGTTACTTTGGACTCTTATTTTCCTCATCTGTCTGACCACTGCACTGTGACTTTTTTGAACCTCTATTTTCTCACCATTGCTTAGAACAGTCTCTAGCCTATAGCATGTGATTATTGTTTATTTAATGACTGAGTAACAAATGAATATATTTTGTAGACGAAAAAATTAAAACCAGGTAAGTGACCTAAAGACCAAAAACACCCTGCACCACCACTAGAGGGCCTCAACCCAGTACCCTAGGAATCTCTTAGGATGTGCTCACCTGCCAAAAATGAACATGATTGCTGTCCTGTCATTGATTTCATTTCACTTTAGCCATTCTAGTGGATTGTCCTATTAACAATGCATTGGTGCCAATTGATATTTGTTATATAAAAGCACATTGGGGGAATGAGGGGGTGAGGAAGCATGAGCTGGGTGTCTGCATTAGTCCATTCTCATACTGCTATGAAGAACTACCTGAGACTGGGTAACTTATAAAGAAAAGAGGCTTAATTGACTCACAGTTCCACAGGTTGTTCAGGAGGCATGACTGGGAAGGTCTCAGGAAACTTACAGTCATGGCAGAAGGGAGAAGGGGAAGCAAGCACATCTTCACATGGCAGCAGGAAAGAGCGAGTGTGAAGCGGGAAGTGCACTTTTAAGCAACCTAATCTCGTGAGAACTCACTCACAAGACAGCACTAGGGGGATAGTGCTAAACCATTAGAAACCACCCTCTTGACCCAATCACCTCCCACCAGGTTCCTCCCCCAGCACTGAAGACTACAATTTAACATGAGATTTGGTTGGGGACGCAGAGCCAAACCATATCAGTATGCTAGAATCTAGTCTTTTAAAGGCATCAGTTTTGTTGATTTTTATTTCAAAGTTTTAGGCAAAACAGAGAACACATTGTAAGATCTTTAAAATAATTGTTTCATGCTTTAAAGAAGAAAAGCTGGTGAATGCTAACAGGCAAGATTAGACCTTCGTGTAGTTTTCTAAACCTATGATGCTGCTTTTAAGACAGGCTAATTGTTGTCTCAAAGGAGGAATTTGAATGTTGAAGGCCTTTATGACAAGCTTGCCAAATGTGTAGGAGAGAAGAGGATTACACCGAATTCTGGAATGAGTTCTCAACTATAGATCAAATGAGTTTACTGAAGAATTCAGAAGATTAAAAAACATGTGACTGTATGATAGGATTTATAATATTCAATTCCGCAGACTTTAGTTTGTTGCCAGAGTGTTTGGGGGAGAGAGGTGCTTATTTTTATTTCAAATATAGATTTAGAACTTAAACTCAGCTATGGGTCTGACACACAGTGTTCATTAAATCCTGGGAACATAATATTTGAAAAAAATGGTTTATTAACTTTTTAAATATAATAAAATACCCAATTTGTTAGAAAAATTAGGAAAAAATCTATGCAGAAGACAAAGTGTTTACTTTGGTGGCATGATCTCGGCTCACTGCACCCTCTGCCTCCCAGATTCAAGCAATTCTCCAGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGCTGCGCACCACCACGCCCAGCCAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTACCATGTTGGCCAGGATGGTCTCGATCTCTTGACCTCGTGATCCACTCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGTGCCTGGCCAGTATTCACTATTTTTAAAGTATCAGCAGAGCACTTGTTATCTCTTAGGATTTCCCAGGGAGCTATTTGTATTTTATTACAATTTACAAATAGCTTAAGAGATGTTCCCCCTTAATTGTGGACATTTTTAGATCAAAACATTATTGTTTTTCATTTATATTTCTTTTCCAACATTGAACCCTTTATGACATGCATCTTACTTTATAGCAAGAAGGAAGTCAAGAAGAGAACAAGAGACGGGTTGGTAGGATCTACAGTTTTTCTAATTGTTACTGGAGTTAGTATATACCTCGCCCCAGTGGCCAGTATGTGAGAATCCTGAAGCATGTGTTAGAATATCTTATGAAAATGTGAAATGTATTTTTTAAAAAATTTTAATTTTGTCTCTTGTCAAACAGTAATTAAATACTATGTAATATCCCTCAAATAAGTGAATATTTTATATCATTTAAACATTATGTTTGAGCAATTAGTCTTTAGGAAAGTTGGAGGGAGACTTTATTCTAGTCAGCATGATTGTCTGCAAAGAACAAAGGAATAGGAATTACCAGGAGGCATGATTTTTTTATTTTTTTAATAACAGCATACTTTATAAGAAAATGTTCTTCCCTTTGGGGGTTTAAGATGTTTCTGAAATCAAACATAGTGTTGTTATTCGGGGGAGTGTCAGTGAAGACTTTAAAAATCTTGAATTGAAGGGACTCTAAGTCCCCAATGGCCTGAAGCAATTCAAATAAAGTGTTTTAACCAGTCCTTCTACTTGATTATTTGTTCTGAAGCCAAATTAGTATATTCTCAGTTTCTTACAAAATGTTTGTACCAAAAGGACAACTTGTTTACCAAAATAATTTCTGACAAATAGCTAAGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAGAGGACAACGTTTTGTCCCCTGAGACATTATATCTCCTAGGGAAAAAAGATTTCTAATAATGGAAAATTTACTAACACTAGTTTTATTAAACTAACATTATTAAATTATCTTTGTGAATCAGTGTTTCATGGAAAGTCATGTATATCACTCCAATTTAGCTTAACTATTATTCAATAGCAACTTTTTGTGTCTTTAGGACTTATTTGAAATTTATACACATGCAATATGCATATAATGAAACTATTCTTAATCAGAGTGCTTGTCATTGAACAGTGACTAACCTGGTTAACAGAGCTAGCTACAATGTATTTTTGTAAAGTATTTGTCCAATTCCTTGTTAAAAACCAGAGCTGATCTTACCTATACAAAGGAAAAAGCTCCCAAAGTGTCCCATGTAACTTCTGCTATCTTGTCCTAAGCGAATATTCTTCATTGGAGGGAAACTATTACATAGAGATCTCTTGGATTTATTTCAATACATAAAGATTACGACTGAGAACAGTTTTTCAGTATGAGAGGGCTAAGCATCTCCCTCGGGAAGGAAATAGCACTAACTCCTGAGGAAACAGGTTCAGAGGAAAGAGGGATGAAGCAGACCAGGAGAATGTATTACCATCACGAGCTCTGCATTAAGTACTGTATTTCCAGTGTCTTAGGGAATCCTTACAACTATCTTGAAAAGTAGAAATTATCTTCATTTTATAATGGGGTAAATGATACTTGGAAATGTCAAGTAACTTACCCAAGATGACACAAGCAGTGAAGACAGAACTGAAACACAGGAACTGATCCCTAAACCTTTATTCTGCCAGACTTCAGGTGTGAAAGACAAGCTTCTAGTTTACAGTTCAACTAAGA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Seq C2 exon
GGACCTCCTGGAATACAAGGAATACACCAAACTCTTGGTGGATATTATAACAAGGATAACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000082293:ENST00000620364:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=FE(27.0=100)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PD(22.2=66.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development