GgaINT1011666 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000003164 | DNM3
Description
dynamin 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29125]
Coordinates
chr8:4514809-4531202:-
Coord C1 exon
chr8:4530966-4531202
Coord A exon
chr8:4514870-4530965
Coord C2 exon
chr8:4514809-4514869
Length
16096 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
TCCTCTTGCTTTGTCTGCAGGCG
3' ss Score
10.62
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GCGAGCTGATACCGATGGCTCCTCCCGTCCAGACAGTCCTCCACTCTTGCTTGATATATGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000003164:ENSGALT00000005010:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.867
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]