MmuINT0051813 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000040265 | Dnm3
Description
dynamin 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1341299]
Coordinates
chr1:161987302-162011104:-
Coord C1 exon
chr1:162010868-162011104
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr1:161987302-161992091
Length
18776 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
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10.34
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000040265:ENSMUST00000086074:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types