MmuINT1001192 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000090260 | 2810442N19Rik
Description
RIKEN cDNA 2810442N19 gene [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1920003]
Coordinates
chr1:162005436-162016485:+
Coord C1 exon
chr1:162005436-162005822
Coord A exon
chr1:162005823-162016319
Coord C2 exon
chr1:162016320-162016485
Length
10497 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATAT
5' ss Score
7.3
3' ss Seq
TTTACTTTGTTCTCTTTAAGGTT
3' ss Score
11.61
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000090260:ENSMUST00000161583:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types