GgaINT1018808 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000000733 | MYO7A
Description
myosin VIIA [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7606]
Coordinates
chr1:192414385-192434800:-
Coord C1 exon
chr1:192434743-192434800
Coord A exon
chr1:192414499-192434742
Coord C2 exon
chr1:192414385-192414498
Length
20244 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
AGTCTACCCTTTGTTTGCAGGGG
3' ss Score
7.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCATTCCTGGTGATTGCTGATGTGTTTATTCAGGAACCATGGTCATCCTACGACAG
Seq A exon
GTGAGCGAAGCATTCCCCTCTTTAGCATTTCTAATTTTACCCCATCGCCCCCAGGACTAAGAAGACTTCTTTGGGGGAAGGGTCGAATCAGGCTATTTTTATCCTATTCTATTTCTCTAAAAGGACTGTTACAAGATGCAGGGATACTCATTAGCCTTAATCCTTGATTGGCTTAGAGGAAATCATTGCTCCGTGTGTGTAGTCCAGATTAACCTCATGCAGTGTTCTGCTTCTATTTTCTCATCCGGGATGGCCCAGGAGCTGCACGTGAGTCCTCGATATGCAGAAGAACAAGCCAACTTTTTGCCAGCCATGAAGAATATTTACTGCATAAACTGATTTCTGATTTCAGGTAGCAGTGCTGCTTTGGCTGTGTAAGAGAAGGAGGGGTTTCACACATTTAAAAAGAATTGATGCATTAAGCTGTAGATTCAGAAATCATTTAGGGCTTCAAACTAGTTTTCCCTGTGTCTGGGCATAGTTTGAATCATGGAATCATAGAATATTTAAGATTGGAAGGGCTACTAAGATCAAGTCCAACCATCACCAATCCCCACCATGCCCACTAAACCATGTCCCCCAGTGCCACATCTGCACAGTTCCTGAACACCTCCAAGGATGGTGACTCCACCACCTCCCTGTTCAGCTTCCTATAGGCTTTTTTAGAGCAGATAGTTATTTTCTCCTCAGACTTCTTAGTTCATCTGCACAGGGTTTTGAGAGTATATAAGGAATCCTGAAGTGAACTCCTAAAAGTTATCAACACTATTTGATACAGTATTTTGAGATTAAAACATTTAATTACAAGACAAGAAAAGCACTAAACCTCCAAACAACCTGAGATTTTCAAAAAGCTCTTCCATTTTCACAAGGAAGTGGTGGAGTCTCTGTCCCTGGGGGTGCTGCAGAACCATGTGGCACCAAGGGATGTGGTTAAGTGGGCATGATAAGAATGGGTTGGGTTTGGACTAGATGATCAAAGTGGTCTTTTCCAGTCATAAAGATTCCATGATTCTATGATTCTGTTCTCTATTTTGGTGCTGAGCAAGTTTTTGCTGACAAATATCAGTTTACATAGAACTGGACATTTCTTGCAAATCTCTCTGTAGCATGTTGGGGTGATCAAGGACCTTCATACTGAAATATGGGAAGGCTACCGAATTGTTTTGAGATCACTTTACATGGTTTACCACACTCAGAGCAGGGTACGCAGCACCACATCCAGGGGCTTCTGGAGATCTCCAAGGTTGGCTCTGTGCAGCTAAGGATGGAGGGCAGTGAACAGCACCAAGCAAGGAGAAGGAAACACTCAGGGCTCCTACCCTGCTTCTTGTACTTTCCATTCAGTAATTCAGAAGAAAAGACAATATTGTTCCCCAGGAGGGGCCCACAGGGAGCCAAACTTATCAGCTTTAGTCACTAGCAAATTACTGATGACAACTTCATTTCCACGTACAAAGTAAGGGAAGGAATAAAAGGGTAGCTTCCCAAATTCCTGCCTTGGCAGCCAGACAAATTCATTTGGCTTGGCAGCACAGCAGCAGTTTGTTTCTGCATGTTCTGCCTTTTATTTAAAGCAGAGATGTTTTGAGAGTTGGATCTGAGACCAGGAGAGCATGGTGGAGAGTGCCTGGAGAGTGGAACATCACCACTTCACAATGAGTGGGGTTTGCCAAGCTCATCACTGTTCTGATGGCAAAGAAAGAAGATCTGTCGCTTGAAACATGGCCATTTTTGCCAACTCCCTCTTCTTCCTTGTGTGGACAACACTAACATCACATATTTTTATAGCTATGGTGTCTCAGTGCTCTAGATGTCCTGTAGACCAAGAGAAATAGCTTTCAGTTGCACCAGAGAAGGTTCAGGACAGATATTCGAGAAAATTTCTTCTCCAAAAGAGTGGCAATGCATTGGCACAGGCTGCCCAGGGAGGTGGTGGAGTCACCGCTTCTTGGAAGTGTTCAAGAACCATGGAGATGTGGCACTGAGGGACATGGTCAGTGCAGATGGGTGGGGATGGATTGGGGTTGAGCCTGGGGATCTTAGAGGTCTTTTCCAACCTTAATGATTCTACGATTCTATGGTAAATCAAAAAAATTTATCTCCTGGGGAATAAAACGTGAAAGTATTTCCTGTAGGACCAGGTTCAACGTTCTGTGAACGTTGGCATGAGATCTTAACTGGATCACTCTGGTCTCCTGACAACATCCAGTGCATGCAAGGAGAATAGCTACTCTTACGAGTTTCTCCCAATGTTAACAGCCTGCCAACCAACTCTCGAGGTTATAGACAGAGAAGTAGAATTAGGAATGAAAAGAAACTACACAGACCTAAGTTAACCATGTAGGTATAACCAAAGCTCACCCAGAAGTGAAGGTCCTGAGGGTTCAAGCATTGCCTAAGTGCCTCCTGCTATAAAGCTCTTGTTTAGTTTAACATGGAGGTGAAATGCACGTAGATGAAGGTGTCTCCAACTAATCTCAAGCCTTGTAGGAGCAAAAGCTTGGTTGGAAAACTTCAACTCTGCTTGTCTGGCTCAGCAGTGCTCCTTGTGAGGTTGTATTTGGGGGGCAATGCCAAAACCTCCCTCTTTCTCTGCAGCATTTCACTCCGCAAAGTCTGTACCACCTCTGGCATTCTTTGAGCACAATACACAAAACTGAGCATTAAACATGCAAAACAGAAATGTCAACACCACAAAAGCCTCTGTGAGGATCCCTTTGCATTAATATTTAAGTGCTTGAATATGTTCAGCTTGGAGTCTCCATCTGATTGTGGAATTAGTTTATGGTAATGATTTAGATAGGGTTGAAAACCAGCTTGAAAGAAATTGAGCAAAATAACAAATGCTTTCTTTGTATCCTGGTTCTTGAACTTTCCCTATTTCCAGTCTGGTGAGGGTTACCTTTGGAAGGCAGCTAATGTTCGTTTGATAATTTCTAACAGTGTATGTATAAGTCCCTGGAGAGAAGACAAAAACCTTGCTTGGCTCAAGAAGATAGAACTGGAGCTCCCTTTCTAGGACTGGAGAGTGATGCAATGAATCTAGAGCAGCTTGGGGCATGGAGTGACAGCAATGGGAGAGTGACAGAGAAGAGAACCATGTGACAGCTCAAGAAGCATCCCTGTTGATTGCAGGGAAGCTGGACTAGCTGATATTTAGTGGTCCCTTCCAACCCAAATGATTTTGTGCTTCTATGATTTTACAAGCTTGCAATCAAAACCTTGTACCTACACCCAACATCATTTCAGCTTTAAACCTCCCAAAATAAGTCCGACGTGAATAACACTGTCCTTGACATGTTCACATTTGTGTTTTCTGAAGGTATTTGTGGCTTCCTGATAGCTACCTTTTCCTATGCCAGCCTAGGCTTTTGACTAAAATTGCTCTTTCTCCTCCTTGCCATTTCTACAGTGTTTATGTAGTGAGCAGTCACTTTCCCTCCCAGCCTTGATATTGACTGAAATCCTCTAAAACCTTTATTTTAAACTCATAAAACAAACTCCCCATTCCTCTTGTGACAGTAGCAGCCCTTTCTGCACCTGCCCCAGTTTAATTTCTTTTTCCTAACACCAGAATTGCACACAGTGCTGCAGATGAAAGAGATTTGTGCAGTTCATTAACGAGCAAGAATAGATTTTGTGATCGACAGCATTCACAGCAACGCTCCAGGAGATGTTTTTCCTTCCTGGGAGTAAGAATAGAAGAGAGAAGAATTTGAAATCTCTCAGTCCATTCACAGACATCTCCCAGCTGGGCTCTGTGAGCACTCTTTTCACCTGGAGCTGACACACATTGTTCTGGCCCAGGCTGATATCAGATAATAAGCATTCAGCTTTGCATCTCCAAGTGATTCATCGTGCTATATGTTTTGACAGCAGGAAGGGGCAGGGGAGAAAACAAGCCTTATTGTAGGTTTTCTCAGGGCTGATCTGTAATCATGTTATTATAAAAAGCAAAATGTGAGCCCACTGTTTGGATTCTCTTTCTCATAAACACTGAATAATTTAAGTCTTCTCCCACTTAGGCCTTGTATGTGTCTGATCTATGAGTATGAGGCTTCCCTGGATAGCTGTAATTCAGCAATGAGAAGTCCAGCACAAGCCAACCAAAGGGCACATTTGCATATAGATTGAAACACGAATCATTGGGAGCCATTCATTAGTTGCAGTGCTCAAGACATTTGGCATTTTAACAGCTCTCTGCATCAAATCCTTTCCATCAGATTTATGGGACAATTAAAGTGCTGGGGTAGCTGTGTGCAGAAAATGAAGCTGCAGGCTAGGGAGATGTTCTTGTAGTGCTATAGCTGCGGAATATAAATTGCATGATGTCAAAGAAAGATACTGCAAGCAATCTCAGTCCTGGTATGGAGATATCCTGCCTCAGAGAGAGCCTGTCTGAAACACTTGTTCCTGCTGGTTGATATCTTAGACAAGCTCCCAGAATCCATCTTTCCCAAAGTCTAATTGCTGTTTGATCTCAACAGAAGGAAAATGTGGAGTGAGAGCTGTTATATCTGGGGGTGTTTTCTTTTGATTTTGCAAGAGGCATTAGCAAAATACCCAATCAATGGGACCTTCATTTGAAGGTACAGGATATCATGAAGCACCCAATAATAAAATTTATCCTGAATCAATCTTGGGACGTTGGGTTTCTCAAGGCAAGGCCTACGTCGCTGGGTACAACTCTTAGAAGATACCTTGTCTTGCTTGATGGTAACTTCTGTCTGTCAGAGCCCTTTAAGATGTCATTTAACTTGCTGAGACATGAGGTCTAGAGCAAATAGAGAAATTCAGCCCCTTCAAGGCACATTTTTCTTTTAAGCCTTCCAACTCACAGCCCAACTCTGGAGGAGTTGTGCTGTTTGTATAAGCTTTCTGTAAAGAAAATTATAGAACCCTAGAATTGTTTGAGTTGGAAGGGACCCTTAAAGGTCATCTAGTCCAACTCCCTTGCAAAGAATAGGGACATCTACAGCTTCATCAAGTTGCTTAGA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Seq C2 exon
GGGGATTATGTGTGGATGGACCTCAAAACCGGTCGGGAATTCGATGTTCCCATTGGAGCGGTGGTTAAACTGTGTGACTCTGGGCAGATCCAAGTTGTGGATGATGAAGGCAAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000000733:ENSGALT00000001046:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]