GgaINT1021017 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011537 | PDE10A
Description
phosphodiesterase 10A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8772]
Coordinates
chr3:42467943-42535118:+
Coord C1 exon
chr3:42467943-42467990
Coord A exon
chr3:42467991-42534989
Coord C2 exon
chr3:42534990-42535118
Length
66999 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
ATTAATCTTCTCTCTTGCAGGTT
3' ss Score
11.82
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGAAGGGGCTCATGGATGCAGCAGACCACCAGGAGTTATGTGGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTTAACAGATGAAAAAGTGAAGGCCTATCTTTCCCTTCATCCCCAGGTACTGGATGAGTTTGTGTCAGAGAGTGTAAGTGCGGAAACTGTTGAAAAATGGCTAAAAAGAAAAAACAACAGACAGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011537:ENSGALT00000018810:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.233
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]