HsaINT1026408 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000112541 | PDE10A
Description
phosphodiesterase 10A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8772]
Coordinates
chr6:165543440-165576449:-
Coord C1 exon
chr6:165576412-165576449
Coord A exon
chr6:165543569-165576411
Coord C2 exon
chr6:165543440-165543568
Length
32843 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TCTTTTCAATTCTTTTACAGGTT
3' ss Score
11.53
Exon sequences
Seq C1 exon
AATGAGGATAGAAGAGAGGAAATCCCAACATTTAACAG
Seq A exon
GTGAGTAGAGGACACGAAGCCAGCAAAAGAAATTTAGAAGGGACATTCAGATAGACAGGAAGCAAACTAGTACTCTATAGCTCTGTTTTGATCTGCCAATTCATTAAAATTATCAATTGATGAGAACTTTGTTTTGTTCACACCTTGACTCTTTTTGGTGCCAACCTTCAGTCAAGCCCCCTACAGTATCATTGACAGGGTTTCATTGCACCGAAAAGTTTACAGTGTTTCATACTGGATGGGTTAGTTTTAATGGCTTTTGAGGATTTCTGTGGTGTTCTAGTTGGGTGATTTTTCCCTTTATTTTTCATAGGGTGGGTTACATATTTGCTTTAGGCAAATTTATTATTGGCTAAATGACCTGCTTTACCATGTTATGTAGGAGAAATTTCCAAGAAACTAACGGATTAGTTAACAATATCTGATACTACTGAGACCAAGGGAGATGAAGACTGAGATAATGATATTTAGCAATTTGGAAAGTTGGTTTAACCAAAAAATGATTTTAACCAAAGAATGATATCCAGTCTCCAGTAACAATATCTGATACTACTGAGACCAAGGGAGATGAAGACTGAGATAATGATATTTAGCAATTTGGAAAGTTGGTTTAACCAAAAAATGATTTTAGTGCAGTTATGGGGAATGAAATCATTGGGTGATTATTAACACATGAATTAGAATTAAGGACATTAAAATAAGCACTGGACTACTCTTTTGACTTTGATGGTGAAAGAAAAATAGAAGGTGTGATGGGTTTACCAGGTGTGAAGGATGTTTTGTTGTTGTTGATCATGTTTCAGGATTGGTGGAAGTGTTAGTGTCTTAGAAATCTTTACATTAAAAGGGGCAAGGAGAGTTTGAAGACATGAGACATAAAGGGGAAATAACTGAGTGAGCAAGGAAAAGAAGGAATCAAGAACCAAAAAAGAGAGCCAGCTGAGTTAGGAGAGAAGCTAGAAAGTGGGTAGAGGTTCAGAGAAACATTGGAGGGGAAAAATAAAGGATCCTCTGAGTAACAAAAGGCTAGGTCACGTGTCAGGGTGATCATGCTGTGTCCGGATGCTTAGTAGTAATGGAACAGTCTTGGTCTGGCTGCTGTGGGATCAGTATAGGGAGCCATCTAAGAGGCAGAAAAGAATTGACATGACTGCATTTTTCTCTAACCAGTTAGAAATGCAGGTCACAAAACTCGAATGATTGGGTTTACCTAGTGTGGGGTGGGACTAAGCAAAGAATTCTGTGGTGCTTGCTGAGGTGTTATTGCAGTAATCGGCAGTGGTCTTTAAACTCAATAATGAGGTGAGGCAAAGTTAATTCAAATGGGAGAGAAACTAGATGAACAGTGACCACAGTGTACAGTTGAGGGCAAATACCTGACTCAAAAGTTATGAAAGGAAGAATGAGGTGTAAGGATAGGATGGTGTCATCAGAGAGGGGAATTTTGTCACAGGAGGGAGTAAATAATTTTTCTACTTATTCATGGTTTATAATGGCATGACCTCTAACCCACATAGAGGAGTAGCAGGGAGCAAATGAATCATATCCTGTTTTAACAGGTAAGCTTGAGGGAATAATAAACAGTTATAATGTAATATCAGAAATCTATTGTTTTATTAGCTGTATGACCAGTATGACAGTTTATGAGGTGTATTAGTTTGAGATAGTTGTAAATCATGGTATAAATGCACTCTCACTTTTAACAAAGAGCTTTTTAATGTACAGTCTGAGCCGAGACTAGTAAGTAAAACTCTTATTTTTGTTATTCAGAATGTACGTGTTGATTACATCGACAAGATTAGTTTTCAAGTAGCAAGTGTGATGTTTCTCTGAATATTTTAAAGTTGTTTTAAAATGATTTTTAAGTCAAGGATAGGTTTTTTGAAAATTAATTTTGAGGTGAAATAGTTTTTATGAGACAGTTTCTGTCTTTAGCAAATTCTCTTTGAATCCCTCAATCCTGGCTCCAGTGGTGTGACTGAGCTCCACTCACCTGAGTGGGTGGAACTCTGTCCCCTGCGTTGGTTAGAGGTGCAAATATTGGTCAACATTTGAAAGCAGTTAACCTATTCCCAATCCCCAAGCACCATTTTTAGTAGAGCTAATATAAGAGGCACACGTACATTTTCTAACAAATTGCTTTTTTTTTTTTTAAAGAATGTAATGGAGTCACTGTTCTGGACTACAACTTTGACATTTATTTGCATAAGTAGGAGTGGAAGTGGTTCTCATATACAGCTAGAACACCCCTTTAAAAGACTCACTTTCTCTTAAGTTTGAGTTTGAAGGCAGAGGCTTTTATTATTATTAATGCCATATGTTGAACAGTTTGTTTTGTTAATAAGTTGCTAAAACCTGCTTCGCTCCTAACTTTAACCTACACTCTCACAATTACAAACACCTTCCTTCCTCCAGGGTTCACACAGTAATGGCCGAAGTGCCAGGCACTATAAGCTGATAAGATAAGAAGCACATGGTGCATTGTCATAAGCCAGGGGTCCCTACTGGGCCGGCTGACGCACACAGTCTTCCCCTGATGTCAGAGGGCCGAGAAGTAGCACCTTGGCTCTTTTCCCAAATTTTGTGCCAGAGCAGGGGAAAAGACTCTTTGTTTGAAAAAGCAGCTATTGAGGTATTTTTTTTTTATTGCTTTTCTTGACTGTAGGCCAGATTCCTGTCTGTTTAAATGGTTTGGTATTATTTCTGAATTGTTTGGCAGAAATAATGTTTGCTAGCAAAGATACATTCAATTCATTACACATAATGTTTTATGATCAGTTCGTTGCCACTTATAAGGCTTTGAATTTGTCATTTTTTGGTGAAAAAGTAAGTGTGGCAAATTTGATGAAAGGCATAGTTCAATATGTCTCATATAAGCTCTTAAACTCTGTCACCAGTATTTGGACAATGAACCCTGTCTTAGTAAATCTATGAGGAGGGGGAAAGCTAAATGTAGACTAGGGTCATTTCAGTAACATTTAATGCCTAACAAGCTGTTTATCTCAATTACTTATTGGCATTTATACTGAAATATGAAAAATGTTAGATTCATGAGATGGAACTGTTCAAGACTAGTAGTAATCTACTAATGCATAGGCCAAACGCACTCTCTACTGATTAAAAAAAAAAAAAAAACCCAGACATCAGAACATGCTCTACGGCCAAATTGTCATCATAGTGAAAAGTCTGCGCAGTACATTATTCTATAAAATGTCGTTTAACTATTTTAATGGCTCCTTATGAAGTCCTAAAGAATGAAGATAATTACAAACCTGTAATTTTATGGCTGCCTTGTTGAAAAGGGCAGACCAAGGTGCCTATATCAGGATGAAAGACCTGAAAATCTAAATAGCCTAGCATATTATATATAAAACTTTTAGTCATTAATTATGAGATTAGCTCAGATTAGTGAAATATAGCAAGTTTTGCATTGTCATCTAAACTTGAAATTTTAACGTGAACGCTAGTTGAACAAAGTTGGCAGTGAGAATTGTGAATTACAATTAGCACTCTACAGAATGGTGAGACATACTGGAAGTAAAGCTGAGGATGACTGCTTTTTGGTTTGTTTGTTTGAGACAGGGTCTCATTCTGTCGCCCACGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCGTGGCTCACTGCAGCTTCAACCTCCCTGAGCTCAGGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCCGGGGTTTCACCATGTTGCTCAGGCTGGTCTCAAACTCCTAAGGCTCAAACAGGCCTCCAGCCTTGGCTTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGAGTGAGCCACGGCACCCAGCCGAGTGACTATTTAATGTTTACATTTTTGTCACCAAGGAAGCAAAAGAGTTTTAGCAATTTAGAAATGCCACTGAATTGTTAAAATGACATTTTGGATTAAGGTATTTTACAGAAACCACTTTATAACAATGTCATATTGTATCTTTTGATGAATGTTTTGTTGACTGGGTATAAACTAATTTTTTTATACTTAGGTGGTAATAAGAGCTGATATTTTCTGAGTTTTTTAAAGCAACTTTCATATATGAAGTGTAGAGATTATTATTATCTCCATTTTTCAAATGAGGAAATTGAGGCATAGAAATGTTAAGTGATGTATTTCAGTAATTCTGTAAGTGGTAGAGCTAAGAGTACCTTGGTAGTCGTCTTCGATAATTAGAATTTTATGTTTTAAATTAAATGCTGCCGTAGAGACCAGAATAATAATTCCACATTTCTTCAAGCACTAAACTTGCTCTCATGAAATGATTAAGTATTAGGGAAGGAAATCAGAGTTTTAGAGGTAATAGGTTACATACATGAAACTTTCAAGAAAGCGGAAGTGCCATATTTAAATCTTTCTCTGATGTAAAGATAAGCGGACACAATTCTTCTGTGCTTCACTGCTCTGTGCAGTAAGTTCATGTTAGTAGGGTGCACAGCTTAGATGCCTGTGTTTCTACTCATAGCATTTCTTAGTCACTAGGGACAATTTGGCTCCTAAATATTAAGAAAGAATTAGCAGCTGTTACAGTGGAGGGACAAGATGTTTGACAGCAGCATAGCAAGTTGGGGGCTGTGTAATGAATGATCTGAAGTGGAACAGCTATAGTGTCAGCAAGTGAATAGAAACTTTTGAAGTATTTGCAGCACAGCTTCAAACAGTGTAGCGTGACTGTGGATTATGAGAAAATAAATACAGGCAGGTCAACTGGTACTAAACACTTAAGAATGGGGATTTCTTTTTAAAAGCAAACTCAGTTTGCCTAAGAGGTGAAGTGTAATGCTTCCAAAGGGTATCACAATGTGTGAAAGTGGCTGAGGTCACAAATGAGAGAACTATCTCTTCAAGAACAAAATGTGAAGAAAACTGTCTTAGGAACTCTGGCCTGTCTCACTCAGATAACATTATCCATAGCAGTGATACTGACTACTCAGATAACATTTTCCATAGCAGTGATACTGACTCTCAAGCATAGGAATGTTTAGAGTATCTCATTGATGATG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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000112541:ENST00000366882:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.493 A=NA C2=0.169
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains