GgaINT1021018 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011537 | PDE10A
Description
phosphodiesterase 10A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8772]
Coordinates
chr3:42534990-42566320:+
Coord C1 exon
chr3:42534990-42535118
Coord A exon
chr3:42535119-42566291
Coord C2 exon
chr3:42566292-42566320
Length
31173 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TTTGTTTTGTTTCCTCATAGATG
3' ss Score
10.41
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGAATCGACTCCTAAAGAAGTCAGCAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011537:ENSGALT00000018810:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.233 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]