HsaINT0121855 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000112541 | PDE10A
Description
phosphodiesterase 10A [Source:HGNC Symbol;Acc:8772]
Coordinates
chr6:165895803-165957056:-
Coord C1 exon
chr6:165956928-165957056
Coord A exon
chr6:165895832-165956927
Coord C2 exon
chr6:165895803-165895831
Length
61096 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
TCTTCCTTCTCTATCCCCAGATG
3' ss Score
12.55
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTGACAGATGAAAAAGTGAAGGCATATCTTTCTCTTCACCCCCAGGTATTAGATGAATTTGTATCTGAAAGTGTTAGTGCAGAGACAGTAGAGAAATGGCTGAAGAGGAAGAACAACAAATCAGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGAATCAGCTCCTAAGGAAGTCAGCAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000112541-PDE10A:NM_001130690:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.159 A=NA C2=0.887
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF072008=Mod_r=FE(59.7=100),PF147691=CLAMP=FE(51.8=100)
A:
NA
C2:
PF072008=Mod_r=FE(12.5=100),PF147691=CLAMP=FE(10.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)